Гетьман спробував звернутися до ради, яка зібралася в Германівці на Київщині 11 вересня 1659 р., але мусив утікати. Всі козаки його покинули й перейшли до Юрія Хмельницького. З Виговським залишилися тільки його наймане військо та поляки. Верещагу й Сулиму, яким гетьман звелів прочитати на раді гадяцькі пакти, козаки порубали. Група Цецюри звинуватила Виговського в тому, що він «продав козацьку волю за польські шляхетські привілеї». Рада розійшлася й зібралася через деякий час у Жердеві, поблизу Канева, вже без Виговського. Обрали гетьманом Юрася Хмельницького. Виговський добровільно передав гетьманські клейноди -- булаву та бунчук, але поставив умову, щоб його жінку Олену Виговську з маленьким сином Остапом Юрій Хмельницький випустив із Чигирина.

На той час царська армія оволоділа всім Лівобережжям. її командуючий Трубецькой, виконуючи таємні царські інструкції, закликав Юрася Хмельницького до Переяслава. Тут Трубецькой організував раду, оточивши її 40-тисячним царським військом. Переважали на раді старшини -- прихильники Москви, з правобережних полковників майже ніхто не прибув. Юрій Хмельницький, якого знову було обрано гетьманом, потрапив фактично в становище заручника Трубецького й мусив прийняти так звані переяславські статті, в яких, крім інших обмежень української державності, встановлювався контроль царя над військовою діяльністю козацтва, обмежувалася влада гетьмана й підпорядковувалися численним царським воєводам функції та права старшинської адміністрації.

Майже всіх родичів Виговського було заарештовано: братів -- Данила, Василя, Юрія, небожа Іллю Виговських. Їх забрали до Москви, а потім заслали в Сибір. Данило Виговський вмер по дорозі, в Калузі, не витримавши мордування.

Після ради до Івана Виговського, котрий спинився у Білій Церкві, прибули обозний Носач, полковники Гуляйницький та Дорошенко і вручили колишньому гетьману постанову ради й підписку нового гетьмана Юрія Хмельницького та старшини, що вони видадуть Виговському його дружину й звільнять із полону в Чигирині деяких поляків. Але Юрій Хмельницький зламав своє слово й не випустив Олену Виговську, якій довелося майже рік прожити в Суботові під сторожею, де вона дуже бідувала. Він навіть мав намір видати її з дитиною царському уряду.

Переяславські статті 1659 р. викликали гостре невдоволення козацтва та обурення серед старшини, значна частина якої після цього відійшла від Москви, зокрема й деякі найбільші її прихильники. Утвердившися на Лівобережжі, царський уряд поставив за мету анулювати Гадяцьку угоду й продовжити експансію на Правобережну Україну. Він направив туди, в порушення Віденської угоди з Польщею, 20-тисячну сильно озброєну й вимуштрувану чужоземними офіцерами армію під проводом Василя Шереметьєва, а також 20-тисячний козацький корпус під командуванням полковника Тимоша Цецюри. Гетьман Юрій Хмельницький із 30-тисячним козацьким військом мусив до них приєднатися по дорозі.

Поляки оточили Шереметьєва під містечком Любаром. Після кількаденних боїв Шереметьєв відійшов до Чуднова, де його війська було взято в облогу. Юрія Хмельницького атакували під Слободищами. Козаки відбили атаки, й тоді польний гетьман Юрій Любомирський запропонував переговори. Старшина пішла на них. Тут таки, в полі, уклали Слободищенський трактат на основі Галицької угоди, але без головного, принципового пункту про окреме самостійне «Велике князівство Руське». Узгоджена була тільки автономія України на чолі з гетьманом Юрієм Хмельницьким.

Козацькі частини на чолі з Цецюрою залишили табір царського воєводи, який, довідавшися про договір Юрія Хмельницького з поляками, капітулював. Попередньо він видав кілька тисяч козаків, котрі лишилися в його таборі, татарам у неволю, вимовивши для своєї армії право повернення додому без зброї. Але татари кинулися на неозброєне московське військо, половину вирізали, решту взяли в полон. Сам Шереметьєв 20 років просидів у Криму в неволі.

Серед польських військ під Слободищами, а потім під Чудновим був Іван Виговський із двома полками. Він не втрачав надії реалізувати Гадяцьку угоду. Однак вона хоча і лягла в основу Слободищенського трактату, не містила засадничих статей, якими визначалося окреме, рівне з Польщею «Велике князівство Руське» й забезпечувалася самостійність України.

Польща, взагалі, з самого початку не збиралася виконувати Гадяцьку угоду. Ще в травні 1659 р. у Варшаві на сеймі король і всі стани Речі Посполитої підтвердили присягою Гадяцький договір, надавши невеликій частині козаків шляхетство. Але це відбулося після майже місяця бурхливих дебатів, обурення магнатів і шляхти тим, що Україна домагається урівнення в політичних і державних правах із Польщею. Й тільки цинічне єзуїтське запевнення Беньовського, що треба домогтися прилучення козаків до Польщі, а згодом можна буде й повернути старі порядки, схилило сейм до присяги. Сенатори на чолі з королем свідомо йшли на клятвопорушення, відмову в майбутньому від своєї присяги.

Король щедро обдарував Івана Виговського, який утратив своє гетьманство. Настановив його київським воєводою й сенатором, подарував двоє староста: Любомиль на Холмщині з 25 селами та Барське на Поділлі, де було 30 сіл. До королівських дарувань входила також маєтність у Галичині коло Жидачева: з селами Руда на Стриї, Волиця й Кохавина.

Після Чуднівського погрому царського війська Шереметьєва та підписання Юрком Хмельницьким і старшиною Слободищенського трактату з Польщею, Виговському, нарешті, було повернуто його жінку Олену з сином Остапом. Виговські оселилися спочатку в Руді на Стриї, а потім перебралися в інший свій маєток, у Барі, ближче до козацької України. Іван Виговський не хотів віддалятися від українського політичного життя, уболівав за долю рідного краю.

Україна тоді вже розділилася фактично на дві частини -- Лівобережну й Правобережну. Кожна з них мала свого гетьмана: на Лівобережжі -- демагог і царський прислужник Іван Брюховецький, котрий сам просив царя надіслати воєвод на Україну, а на Правобережжі -- Павло Тетеря. Розумний і освічений, він у минулому виконував дипломатичні доручення Богдана Хмельницького, згодом перейшов на службу до польського короля. Домагаючися булави, умовив Юрія Хмельницького зректися гетьманства і зайняв його посаду правобережного гетьмана під егідою Речі Посполитої. На козацькій раді в Чигирині старшина, підкуплена Тетерею, обрала його гетьманом, а король затвердив це рішення.

За час свого гетьманування Павло Тетеря показав себе прислужником польських магнатів, ненаситним, хитрим, лукавим, немилосердним користолюбцем, який діяв із безмежним егоїзмом і жорстокістю. Народ його ненавидів. В особі Іван Виговського Тетеря вбачав суперника й ворога, претендента на правобережне гетьманство, хоча колись удавав себе за запорозького приятеля й однодумця Виговського, підтримував Гадяцьку угоду. Тетеря був навіть родичем Виговського, сестра якого була першою жінкою Тетері. Крім того, між Виговським і Тетерею, який захопив добро Данила Виговського (брата колишнього гетьмана), виникли й майнові суперечки.

Наприкінці 1664--1664 років польський король зробив останню спробу захопити Лівобережну Україну, напавши на неї з польськими коронними та найманими військами, а також козацькими полками під проводом Тетері. Польща не досягла своєї мети. її війська мусили відступити на Правобережжя. Однак внаслідок цієї агресії на українській землі пролилося багато крові, було спалено багато сіл і містечок. У тилу польських військ на Правобережжі, на Брацлавщині, вибухнуло антипольське повстання, очолене Іваном Сірком. Тут залишилося невелике польське військо, кероване полковником Себастьяном Маховським. Він виступив проти повстанців, але ті його відтіснили і змусили засісти в Білій Церкві, яку обложив зі своїми загонами отаман Сулимка. Повстанці взяли й Лисянку й Ставище на Київщині. Однак на допомогу Маховському прийшов Тетеря з підлеглими йому козаками. Вони розірвали кільце облоги, Сулимка відступив, а потім його загони було розбито під Рокитною, де отаман і загинув. Виговський не втручався у військові дії, які розгорнулися на Правобережжі.

Польські магнати й шляхта недолюблювали Виговського, їм не до вподоби були український патріотизм колишнього козацького гетьмана, його ідеї самостійності України. Виговський, ставши польським воєводою й сенатором, залишався однак активним захисником православ'я, а у 1662 р. вступив до Львівського братства. Ще коли Юрась Хмельницький на раді в Корсуні, у 1662 р., склав свою булаву й постригся в ченці, деякі правобережні козацькі полковники воліли знову обрати Виговського гетьманом, але польські магнати заперечували проти цього.

Вони підтримали звинувачення Тетерею Виговського, що нібито той був організатором повстання на Правобережжі проти Польщі, таємним прибічником московського царя. Тетеря написав листа королю, де додав, що Виговський мовляв є спільником Сірка й має зносини з Москвою. Король не повірив Тетері й написав Виговському прихильного листа, в якому просив його придушити повстання. Тетеря сфальсифікував документи на підтвердження безпідставних звинувачень колишнього гетьмана України й розіслав повсюди листи. Крім того, заручився підтримкою Маховського. Разом вони вирішили знищити Виговського. Заслуговує на увагу, що в минулому Виговський зробив добро цьому польському полковникові -- викупив із неволі двох його небожів.

На початку березня 1664 р. Виговський як київський воєвода видав універсал, скликаючи шляхту київського воєводства на сеймик до Житомира. Однак розіслані повсюди листи Тетері зробили свою справу. Шляхта скрізь уже волала, що Виговський зрадник.

Для з'ясування справи Виговський вирішив побачитися з Тетерею, але не застав його ні в Білій Церкві, ні в Рокитному. Саме в цей час Виговського закликав Маховський «на пораду про важливі речі». Там був і Тетеря. Разом з іще кількома своїми прибічниками вони нібито склали військову раду й засудили Виговського до страти. Він намагався спростувати сфальсифіковані звинувачення, довести, що їхній вирок є кричущим беззаконням і злочином, що його як воєводу й сенатора мають судити тільки король та сенатори.

Але все було даремно. Йому не дозволили написати королю, не виконали навіть прохання Виговського дати йому можливість умерти як годиться християнинові, прислати православного священика, щоб він міг висповідатися й запричаститися. На світанку дев'ятого березня 1664 р. Івана Виговського витягли з хати й на порозі розстріляли. Лиходійний вчинок викликав обурення міщан і козаків Корсуня. Маховський мусив утікати з міста.

Гетьман України Іван Виговський відміряв складне, трагічне життя. Патріот України, він був одним з керівників Визвольної війни, найближчим помічником Богдана у Хмельницького в будівництві Української держави. Діючіи вже як гетьман у надзвичайно тяжких умовах, він за всієї своєї енергії, досвіду й таланту, не зміг, як Богдан Хмельницький, забезпечити підтримку обраного курсу широкими масами і не втримав державного керма у своїх руках. Він побачив початок кривавої Руїни, спробував ще раз прислужитися Україні, але загинув на самому витоку нового етапу свого життя.