Примерно за две недели до президентских выборов, 24 февраля 2004 года, Путин отправил в отставку правительство Михаила Касьянова, которого в марте сменил Михаил Фрадков. Отставка правительства вызвала удивление в России и за рубежом. Михаил Фрадков в то время был малоизвестным чиновником, который, в отличие от Касьянова, не мог рассматриваться как независимый политик.

Существовала точка зрения, согласно которой назначение Фрадкова должно было удовлетворить требованиям как "силовиков", так и реформаторов, а кроме того, Путин этим назначением якобы пытался продемонстрировать свою независимость от этих группировок. Однако более справедливой представляется другая версия, согласно которой назначение нового премьера ознаменовало собой окончательный разрыв с эпохой Ельцина: Касьянов рассматривался как связующее звено между Путиным и ельцинской администрацией. По мнению приверженцев этой точки зрения, замена Касьянова Фрадковым давала понять, что отныне процесс реформ в России будет идти уже не по "западным правилам", которые установил Ельцин. Одним из направлений новой политики называли консолидацию ветвей власти. Наконец, еще одно объяснение отставке Касьянова за две недели до президентских выборов предложили журналисты американской газеты The Washington Post, специально для этого опросившие большое количество высокопоставленных российских чиновников и политиков. По их словам, соперники Путина на предстоящих выборах, недовольные тем, что Кремль отодвинул их на периферию предвыборной борьбы и по сути отвел им роль фиктивных фигур, вступили в переговоры с целью снять свои кандидатуры накануне голосования. Если бы это произошло, выборы пришлось бы отменить и тогда на месяц, необходимый для организации новых выборов, обязанности президента автоматически перешли бы к премьеру. Путин, по мнению американцев, всегда болезненно опасавшийся соперничества, предпочел устранить саму возможность того, что власть может оказаться в руках излишне независимого и влиятельного Касьянова.

Так или иначе, но, по мнению наблюдателей, уже к концу первого срока Путина в России сформировалась своеобразная модель правления, сохранявшая либеральные элементы, но тяготевшая к резкому усилению государственной власти. Очередное подтверждение этому увидели в том, что на президентских выборах 2004 года Путин действительно не встретил ни одного достойного соперника. 14 марта 2004 года он был переизбран на пост президента, получив 71 процент голосов. Официально вступил в должность 7 мая.

Во второй своей инаугурационной речи Путин, подчеркнув, что цели первого срока - сохранение единства страны и укрепление государства - достигнуты, заявил о необходимости укреплять гражданское общество, реальную многопартийность и личные свободы граждан: "Только свободные люди в свободной стране могут быть по-настоящему успешными", - отметил он. На Западе полагали, что прошедшие выборы не были "ни свободными, ни честными", однако признавали подлинность высокого уровня популярности Путина в стране, обусловленного успехами его первого срока.

В России победа Путина была встречена массовой демонстрацией сторонников молодежного движения "Идущие вместе", выступающего в поддержку президента. Возникновение подобных проправительственных молодежных организаций - сперва "Идущих вместе", а затем "антифашистского" движения "Наши" - стало одной из примет второго президентского срока Путина. По сообщениям прессы, создание и работа этих движений координировались президентской администрацией (назывались имена политтехнологов Глеба Павловского и Марата Гельмана, куратором "Наших" считался заместитель главы администрации Владислав Сурков), а сам Путин несколько раз встречался с молодыми активистами. За лидерство в молодежной поддержке президента даже развернулось соперничество между "Идущими вместе" (позднее "Нашими"), с одной стороны, и "Молодежным Единством" (позднее "Молодой гвардией Единой России") - с другой.

В 2004 году руководство страны столкнулось с целой серией масштабных терактов. В феврале около 40 человек погибли в результате взрыва в московском метрополитене на перегоне между станциями "Павелецкая" и "Автозаводская" - следствие установило, что в одном из вагонов террорист-смертник подорвал себя вместе с пассажирами. 9 мая теракт в Грозном закончился гибелью президента Чечни Ахмада Кадырова. В июне чеченские боевики напали на населенные пункты Назрань и Карабулак в Ингушетии. В августе произошли взрывы двух самолетов - Ту-154 и Ту-134, вылетевших из московского аэропорта "Домодедово", а также террористический акт возле станции метро "Рижская" в Москве. Крупнейший террористический акт произошел 1-3 сентября 2004 года в североосетинском городе Беслан, где в заложники были захвачены более тысячи учеников и учителей средней школы. В ходе незапланированного штурма здания погибли 330 человек, в том числе более ста детей. Вскоре после завершения бесланского кризиса Путина обвинили в безразличном отношении к произошедшему: одним из поводов стала речь, произнесенная президентом 4 сентября, в которой основное внимание было уделено не погибшим детям, а проблемам государственного строительства и внешней угрозы. Позднее появлялись сообщения о том, что Путин якобы пытался запугать матерей погибших школьников и избежать ответственности за произошедшее.

Многие эксперты признавали 2004 год наименее удачным за все время с начала президентства Путина. Отмечалось замедление темпов роста экономики и объема инвестиций. Во внешней политике наблюдалось резкое ухудшение отношений с Западом, грозящее России изоляцией. На постсоветском пространстве возникли большие осложнения в отношениях с Украиной и Грузией. Внутри страны наблюдалось повсеместное снижение всякой оппозиционной активности. Обе палаты парламента, по мнению критиков, практически утратили политический вес. Возможности принимать реальные решения лишилось и правительство: так, несмотря на сопротивление главы МЭРТ Германа Грефа, в августе 2004 года состоялась продажа основного нефтяного актива "ЮКОСа" - компании "Юганскнефтегаз" - "Газпрому" через подставную фирму "Байкалфинансгруп". Западные наблюдатели объясняли кризис вокруг "ЮКОСа" "жаждой власти" российского президента и желанием правящих кругов получить под свой контроль активы компании. Даже прокремлевски настроенные политологи, постаравшиеся по возможности переложить ответственность за неудачи власти с президента на правительство, указывали на рискованность чрезмерного увлечения президента "наведением порядка" в нефтегазовой отрасли. В августе 2004 года Госдума приняла решение о монетизации льгот и отмене многих социальных пособий. Реализация этой реформы в 2005 году нанесла серьезный урон популярности Путина в России и была встречена массовыми акциями протеста по всей стране. Ключевым провалом Путина на внешнеполитическом фронте называли неудачные попытки повлиять на исход прошедших на Украине президентских выборов, завершившихся "оранжевой революцией" - победой Виктора Ющенко, поддерживаемого прозападными силами, над Виктором Януковичем, ориентировавшимся на сближение с Россией.

В то же время 2004 год можно назвать переломным годом президентства Путина. Один из западных исследователей назвал его первым годом "полновластного" правления Путина в России. Именно тогда тенденции к усилению государственного контроля вышли на новый уровень. Западные наблюдатели вообще склонны противопоставлять политику Путина во время первого и второго срока. По их мнению, поначалу Путину приходилось искать баланс между двумя влиятельными силами: с одной стороны, олигархами, с другой - представителями силовых структур. Именно поэтому, считают критики, верх нередко одерживала небольшая группа либералов, сумевшая добиться экономических успехов первого срока. Политику второго срока, напротив, западная пресса связывала с усилением государственного контроля, наступлением государства на независимые СМИ, олигархов, региональные власти, либеральные политические силы и законодательную власть.

Выступая на расширенном заседании правительства 13 сентября 2004 года, вскоре после бесланского теракта, Путин объявил о грядущих изменениях политической системы страны. Главным нововведением должен был стать отказ от прямых выборов глав субъектов федерации. Губернаторы должны были назначаться президентом с последующим утверждением в местных законодательных собраниях. Реформы обосновывались необходимостью усовершенствования государственного механизма страны, столкнувшегося с угрозой международного терроризма: таким образом, поводом для перестройки государственной власти в России стали теракты.

Противники Путина говорили о неконституционности изменений в политической системе страны. Новый курс Путина вызвал критику как в России, так и за рубежом. В частности, группа более чем из ста зарубежных ученых и политиков направила открытое письмо лидерам Европейского Союза и НАТО, в котором российского президента обвиняли в отказе от демократических ценностей и диктаторских амбициях. На Западе политический курс Путина расценивали как угрозу российской демократии и экономике страны и говорили о переходе России к общественно-политической модели, характерной для латиноамериканских стран. По мнению критиков Путина, его политический курс, направленный в авторитарное русло, окончательно определился именно к концу 2004 года, хотя существование авторитарных тенденций отмечалось еще в начале его президентства.

9 мая 2005 года торжества в Москве, посвященные 60-летию победы в Великой Отечественной войне, прошли с невиданным ранее размахом - Россию по приглашению Путина посетил целый ряд глав государств, правительств и международных организаций. Присутствовали лидеры мировых держав - США, Франции, Италии, ФРГ, КНР. Приглашение российского президента было отвергнуто лишь президентами Литвы и Эстонии, считавших, что победа СССР привела к оккупации их стран, а также президентом Грузии Михаилом Саакашвили, открыто проводившим в этот период антироссийскую политическую линию.

Напряженность в отношениях с Украиной и Грузией, в которых в 2003-2004 годах прошли так называемые "цветные революции", стала одним из ключевых вопросов внешней политики России во время второго президентского срока Путина. В российско-украинских отношениях кризис выразился в перебоях с поставками на Украину российского газа в конце 2005 - начале 2006 годов, а в отношениях с Грузией центральную роль играл вопрос о суверенитете непризнанных республик Абхазия и Южная Осетия и присутствии на грузинской территории российских миротворцев. "Цветные революции" и холодность Кремля к новым правительствам наложили негативный отпечаток на отношения России со странам Запада, что еще больше усугублялось фактом союза между Москвой и Минском, в то время как западные демократии резко осуждали режим Александра Лукашенко в Белоруссии. В отношениях c Соединенными Штатами центральное место занимал конфликт вокруг ядерной программы Ирана.

Напряженность в отношениях между Россией и США, как полагали наблюдатели, обещала отразиться на одном из главных событий 2006 года - саммите "Большой восьмерки" в Санкт-Петербурге. В 2006 году Россия председательствовала в "восьмерке", и в числе тем для обсуждения Путин назвал энергобезопасность, борьбу с инфекционными заболеваниями, вопросы образования, нераспространение оружия массового уничтожения, урегулирование региональных конфликтов и борьбу с терроризмом. На состоявшемся в период с 15 по 17 июля саммите основное внимание было уделено вопросам энергетики. Было обнародовано итоговое заявление лидеров "восьмерки", в котором провозглашался "закон трех Э", то есть трех взаимосвязанных задач : энергобезопасность, экономический рост, экология. Был также предложен "Санкт-петербургский план действий" для достижения глобальной энергетической безопасности. Особым успехом для российской стороны наблюдатели сочли включение в итоговый документ пассажа о развитии ядерной энергетики. В ходе саммита лидеры стран "восьмерки" воздержались от открытой критики политического курса Путина, которой в частности ждали от США. В то же время, вопреки ожиданиям российского президента, Буш не выразил готовности поддержать вступление России в ВТО: по данным прессы, причиной разногласий стали вопросы интеллектуальной собственности и пошлин на сельскохозяйственные продукты.

Санкт-петербургский саммит был омрачен начавшимся ливано-израильским конфликтом. Президент России постарался занять взвешенную позицию, выступив и против террористических методов шиитской группировки "Хизбалла", и против "непропорциональной" реакции Израиля. Участники саммита опубликовали совместное заявление по ливанскому кризису, в котором осудили действия группировки "Хизбалла", потребовали от нее немедленного освобождения захваченных боевиками израильских военных и прекращения ударов по израильской территории. Единодушия при разработке документа достичь не удалось: Буш и британский премьер Тони Блэр безоговорочно поддерживали Израиль и требовали осуждения не только "Хизбаллы", но и стоящих за ней режимов в Иране и Сирии. Путин, напротив, утверждал, что начатое Израилем военное вторжение в Ливан было отчасти продиктовано скрытыми интересами Иерусалима, и вместе с президентом Франции Жаком Шираком выступил против упоминания Ирана и Сирии в тексте обращения. В целом, по мнению журналистов, заявление лидеров "восьмерки" было выдержано скорее в "российско-французской тональности".

В ходе ближневосточного кризиса в российском руководстве шли споры о целесообразности участия страны в миротворческой операции в Ливане. На июльском саммите в Санкт-Петербурге Путин не подтвердил, но и не опроверг возможность отправки в регион конфликта российских миротворцев. Ключевую роль в процессе преодоления кризиса российский президент отводил ООН. 11 августа Совет безопасности ООН выпустил резолюцию, в соответствии с которой 14 августа состоялось официальное прекращение огня. Россия призвала все стороны конфликта к строгому соблюдению положений резолюции, а Путин заявил, что резолюция дает шанс на политическое урегулирование кризиса, которое является единственной альтернативой дальнейшему разрастанию конфликта. 11 сентября 2006 года президент распорядился подготовить к отправке в зону конфликта российского инженерно-саперного батальона, который будет действовать самостоятельно, вне рамок коллективной миротворческой операции ООН. Отправка военных началась в октябре.

Во время второго срока Путина приоритеты государственной политики по-прежнему излагались в посланиях к Федеральному Собранию. 26 мая 2004 года были провозглашены три "национальных проекта": преодоление бедности, модернизация вооруженных сил и жилищная реформа. В шестом послании (25 апреля 2005 года) либеральные инициативы в экономической сфере и ориентация на утверждение в России свободного демократического общества соединились с прежним курсом на создание эффективного государственного аппарата. Кроме того, в преддверии 60-летия победы в Великой Отечественной войне Путин упомянул о "солдатах свободы", избавивших мир от фашизма, и отметил историческую роль СССР в победе над Гитлером и его союзниками. В седьмом президентском послании, обнародованном в мае 2006 года, Путин уделил основное внимание двум темам: во-первых, это вопросы демографии и семьи, во-вторых - необходимость модернизации армии. Кроме того, послание содержало критику в адрес США, и некоторые зарубежные наблюдатели сочли его конфронтационным.

Осенью 2006 года начался новый виток напряженности в российско-грузинских отношениях. Толчком для него послужил арест 27 сентября в Грузии четверых российских военных, которые были обвинены в шпионаже. Путин охарактеризовал действия Грузии как "государственный терроризм". Россияне были освобождены 2 октября, однако в тот же день Россия ввела против Грузии всестороннюю блокаду. Параллельно на территории России развернулась кампания против мигрантов из Грузии и их коммерческих предприятий. Осуществлялась депортация грузин, нелегально находившихся на российской территории, и эвакуация из Грузии российских граждан. Грузинское руководство назвало происходящее "мягкой формой этнической чистки". Зарубежные критики увидели в этом кризисе проявление имперских амбиций Путина и его ностальгии по советскому прошлому. Успех Путина видели в том, что он выбрал очень удачный момент для столкновения с Грузией: западные страны, в частности США, с их ослабевающими позициями в Ираке и Афганистане, так и не решились "повысить голос" на Россию.

9 октября 2006 года Северная Корея провела испытание ядерного оружия, зафиксированное зарубежными наблюдателями. Путин осудил действия КНДР, наносящие, по его словам, огромный ущерб процессу нераспространения оружия массового уничтожения. В то же время российский президент занял менее категоричную позицию, чем другие мировые лидеры, и выразил надежду на возвращение Северной Кореи в переговорный процесс.

В 2008 году заканчивается второй президентский срок Путина, что, в соответствии с конституцией, не дает ему возможности баллотироваться на последующих президентских выборах. Тем не менее, вопрос о том, будет ли Путин добиваться для себя третьего срока, широко обсуждался как в России, так и за рубежом. Параллельно общественность занималась поиском потенциальных преемников президента, особенное внимание уделяя заметным кадровым перестановкам, производимых Кремлем. Так, 14 ноября 2005 года глава президентской администрации Дмитрий Медведев был назначен первым вице-премьером и стал отвечать за реализацию "национальных проектов". Министр обороны Сергей Иванов в добавление к своему портфелю получил ранг вице-премьера, что позволило ему играть более весомую роль в координации действий силовых ведомств. Вслед за этими назначениями СМИ и политики заговорили о появлении двух наиболее вероятных преемников, тем более что к этому моменту Путин успел несколько раз заявить о своем намерении отказаться от претензий на третий срок (Позднее отказ вновь прозвучал осенью 2006 года). Некоторые видели в новых назначенцах не конкурентов в борьбе за роль преемника, а возможную связку будущих президента и премьера (Медведев и Иванов соответственно). Кроме того, в назначении Медведева усматривали "мягкую отставку" Фрадкова: ведь ранее именно премьеру поручалось планировать реализацию "нацпроектов". Приоритетные "нацпроекты", а именно "Современное здравоохранение", "Доступное и комфортное жилье", "Качественное образование" и "Развитие АПК", были провозглашены Путиным в сентябре 2005 года. По мнению журналистов, "нацпроекты" могли стать тем полем, где Медведев получил бы возможность показать свое превосходство над предполагаемым соперником - Ивановым. При всем сказанном следует учитывать, что никто на самом деле не был окончательно утвержден в роли преемника Путина и, по мнению наблюдателей, вполне реальна возможность выдвижения некоей совершенно неожиданной фигуры.

Отечественные и зарубежные наблюдатели обращают внимание на активное тиражирование образа Путина в России (порой критики даже приводят сравнение с культом личности Сталина), в частности на большое количество книг, посвященных президенту. К примеру, известна книга школьной учительницы Путина Веры Гуревич, озаглавленная "Владимир Путин. Родители. Друзья. Учителя". Внимание прессы в России и за рубежом также привлекла посвященная Путину песня одной из отечественных поп-групп.

В июле 2006 года Путин впервые пообщался с россиянами и иностранцами в оригинальном формате. На интернет-сайтах поисковой системы "Яндекс" и BBC News принимались вопросы пользователей к президенту Российской Федерации. По замыслу организаторов, это должно было продемонстрировать, какие именно вопросы в наибольшей степени волнуют людей в России и за рубежом. На прошедшей 6 июля конференции выяснилось, что наиболее популярные вопросы к президенту носили курьезный характер: они были посвящены популярному сетевому персонажу Медведу, огромным человекоподобным боевым роботам, пробуждению Ктулху, а также мальчику Никите, которого Путин незадолго до конференции публично поцеловал в живот. Большая часть этих вопросов осталась без ответа. Следует отметить, что эта интернет-конференция была для Путина второй. Первая, с куда меньшим размахом, прошла 6 марта 2001 года. Кроме того, в 2001, 2002, 2003 и 2005 годах для общения президента с жителями России в телеэфире организовывались так называемые прямые линии, по которым люди из разных населенных пунктов могли обратиться с вопросом к Путину.