textpattern - по большей части применяется как движок для блогов, но, так же, как и вордпресс, может использоваться для создания несложных информационных сайтов. Если вордпресс вам чем-то не нравится, можно рассмотреть данную cms как альтернативу ему.

В соответствии с вышесказанным, закономерно сделать вывод, что для достижения поставленной в работе цели эффективнее всего использовать ПО Drupal, поскольку это мощная и быстро развивающаяся система, не требующая больших трудозатрат при администрировании, для добавления какой-либо новой функции в большинстве случаев достаточно просто подключить новый модуль, и лишь изредка появляется необходимость немного изменить программный код модуля. Дает качественную защиту, как сайта, так и базы. Имеет огромное число готовых модулей, которые можно использовать для нужд необходимых в данной информационной системе.

2. ПОСТРОЕНИЕ МОДУЛЯ КОНТРОЛЯ И ДОСТУПА К БД ДНК-МИКРОЧИПОВ

3. Структура модуля DNA Microarrays Access Control Interface

При написании модуля автором использовалось огромное количество функций. Приводим наиболее значимые из них:

Function dnamicro arraysinter faceinstall()- функция создания базы данных, создания ролей;

Function dnamicro arraysinter faceuninstall()- функция удаления базы данных и использованных таблиц;

Function dnamicro arraysinter faceschema()-функция создания структуры БД;

Function dnamicro arraysinter facemenu()-функция создания меню;

Function addition menu()- функция создания заголовков меню;

Function create new characteristic()- функция создания новых характеристик;

Function dnamicro arraysinter face form()- функция создания форм заполнения и занесения в БД.

Так же использовались уже имеющиеся функции Drupal такие, как:

-функция запросов к БД;

-функция создания таблиц и др.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В ходе данной курсовой работы были решены все поставленные задачи. Были изучены теоретические и практические аспекты построения БД ДНК-микрочипов, а так же рассмотрены существующие БД GEO, ArrayExpress и т.д. Была подробно изучена система управления контентом Drupal, рассмотрены все её главные составляющие, охарактеризованы основные возможности. Было проведено сравнение данной системы с другими подобными CMS, выявлены их достоинства и недостатки. Также были изучены методы создания модуля с помощью CMS Drupal, описана структура этого модуля.

Таким образом, была достигнута цель настоящей курсовой работы - разработан интерфейс контроля и доступа к БД ДНК-микрочипов с помощью CMS Drupal. Для достижения этой цели использовались следующие средства разработки :

язык программирования PHP

сервер Apache

система управления базами данных MySQL

Каждое из этих средств также было подробно рассмотрено.

В итоге была создан уникальный модуль для решения таких задач, как:

а) создание, удаление, редактирование наборов проб;

б) удобное управление метаданными пациента;

в) выборка пациентов по списку имеющихся проб.

Кроме того данная работа представляет возможность дальнейшей разработки программного обеспечения в рамках БД института эпидемиологии и микробиологии имени Н.Ф. Гамалеи. А именно:

1. Написать модуль для получения на кластер данных о наборах пациентов группами

2. Модернизировать имеющийся модуль для управления наборами пациентов и проб, а именно:

1) Проверять соответствие набора проб чипу

2) Строить множество чипов, содержащих данный набор проб

3) Выбирать пациентов гибким поиском по метаданным, генерировать по таким выборкам наборы пациентов

3. Написать модуль для визуализации полученных данных в результате работы и показывать их в веб-интерфейсе:

i. Гистограммы распределений значений пробы в рамках набора пациентов

ii. Ссылки для скачивания соответствующих табличек

4. Разработать интерфейс управления бинарными алгоритмами

i. Просмотр/редактирование алгоритмов из веб-интерфейса

ii. Применение алгоритма к пациенту/пациентам из базы

iii. Применение алгоритма к загруженным через форму пациенту/пациентам

5. Всем работающим скриптам проверять авторизованность пользователя в друпале

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Т. В. Наседкина «Использование биологических микрочипов в онкогематологии» // Онкогематология, N1-2, стр. 25-37. 2006 г.

2. И.К. Гоголевская «Преимплантационная генетическая диагностика: современное состояние и последние научные открытия» Материалы II международного конгресса по преимплантационной генетике (18-24 сентября 1997г., Чикаго, США) // журнал проблемы репродукции, N1, 1999 г. стр. 19-26.

3. Айвазян С.Р., Грановский И.Э., Филиппова В.В., Воронцова Н.И., Малов В.А., Белецкий И.П. Современная лабораторная диагностика острых кишечных инфекций. // Молекулярная медицина. - 2009.-№3.- с.3-8.

4. MishaKapushesky, Ibrahim Emam, Ele Holloway, PavelKurnosov, AndreyZorin, James Malone, Gabriella Rustici, Eleanor Williams, Helen Parkinson and AlvisBrazma «Gene Expression Atlas at the European Bioinformatics Institute» // Nucleic Acids Research, 2010, Vol. 38, Database issue: pp. D690-D698.

5. Aach, J., Rindone, W., Church, G.M. (2000) Systematic management and analysis of yeast gene expression data . GenomeResearch 10: 431-445.

6. Tanya Barrett and Ron Edgar Gene Expression Omnibus (GEO): Microarray data storage, submission, retrieval, and analysis // Methods Enzymol. 2006; 411: 352-369.

7. Tanya Barrett, Dennis B. Troup, Stephen E. Wilhite, Pierre Ledoux, Dmitry Rudnev, Carlos Evangelista, Irene F. Kim, Alexandra Soboleva, Maxim Tomashevsky, Kimberly A. Marshall, Katherine H. Phillippy, Patti M. Sherman, Rolf N. Muertter, and Ron Edgar NCBI GEO: archive for high-throughput functional genomic data //Nucleic Acids Res. 2009 January; 37(Database issue): pp. D885-D890.

8. Jeremy Hubble, Janos Demeter, Heng Jin, Maria Mao, Michael Nitzberg, T. B. K. Reddy, Farrell Wymore, Zachariah K. Zachariah, Gavin Sherlock and Catherine A. Ball Implementation of GenePattern within the Stanford Microarray Database //Nucleic Acids Research, 2009, Vol. 37, Database issue: pp. D898-D901.

9. Patrick J Killion, Gavin Sherlock and Vishwanath R Iyer The Longhorn Array Database (LAD): An Open-Source, MIAME compliant implementation of the Stanford Microarray Database (SMD) // BMC Bioinformatics 2003, 4:32

10. Tomas Hruz, Oliver Laule, Gabor Szabo, et al., “Genevestigator V3: A Reference Expression Database for the Meta-Analysis of Transcriptomes,” Advances in Bioinformatics, vol. 2008, Article ID 420747, 5 pages, 2008.

11. Davis, A.P., Murphy, C.G., Saraceni-Richards, C.A., Rosentstein, M.C., Wiegers, T.C., Mattingly, C.J. Comparative Tosicogenomics Database: a knowledgebase and discovery tool for chemical-gene-disease networks. NucleicAcidsRes2009, 37(Databaseissue): pp. D786_D792.

12. Tim F Rayner, Philippe Rocca-Serra, Paul T Spellman, Helen C Causton, Anna Farne, Ele Holloway, Rafael A Irizarry, Junmin Liu, Donald S Maier, Michael Miller, Kjell Petersen, John Quackenbush, Gavin Sherlock, Christian J StoeckertJr, Joseph White, Patricia L Whetzel, Farrell Wymore, Helen Parkinson, UgisSarkans, Catherine A Ball and AlvisBrazma A simple spreadsheet-based, MIAME-supportive format for microarray data: MAGE-TAB //BMC Bioinformatics 2006, 7:489

13. Ash A. Alizadeh, Michael B. Eisen, R. Eric Davis, Chi Ma, Izidore S. Lossos, Andreas Rosenwald, Jennifer C. Boldrick, HajeerSabet, Truc Tran, Xin Yu, John I. Powell, Liming Yang, Gerald E. Marti, Troy Moore, James Hudson, Jr, Lisheng Lu, David B. Lewis, Robert Tibshirani, Gavin Sherlock, Wing C. Chan, Timothy C. Greiner, Dennis D. Weisenburger, James O. Armitage, Roger Warnke, Ronald Levy, Wyndham Wilson, Michael R. Grever, John C. Byrd, David Botstein, Patrick O. Brown and Louis M. StaudtDistinct types of diffuse large B-cell lymphoma identified by gene expression profiling // Nature 403, 2000, pp. 503-511.

Размещено на Allbest.ru