Поиск и молекулярный анализ бактериофага, активного против уропатогенного штамма E.Coli
Общая характеристика и распространенность бактериофагов, их классификация и типы. Фаготерапия как альтернатива антибиотикам, используемые в ней технологии и характер воздействия. Выработка фаг-нейтрализующих антител и безопасность их применения.
| Рубрика | Биология и естествознание |
| Вид | дипломная работа |
| Язык | русский |
| Дата добавления | 01.02.2018 |
| Размер файла | 1,2 M |
Отправить свою хорошую работу в базу знаний просто. Используйте форму, расположенную ниже
Студенты, аспиранты, молодые ученые, использующие базу знаний в своей учебе и работе, будут вам очень благодарны.
18. Cochlan, W.P., Wikner, J., Steward, G.F., Smith, D.C. and Azam, F. Spatial distribution of viruses, bacteria and chlorophyll a in neritic, oceanic and estuarine environments // Marine Ecology Progress Series. 1993. Vol. 92, №1-2. P. 77-87.
19. Wommack, K.E., Ravel, J., Hill, R.T. and Colwell, R.R. Hybridization analysis of Chesapeake Bay virioplankton // Appl. Environ. Microbiol. 1999. Vol. 65, №1. P. 241-250.
20. Breitbart, M., Salamon, P., Andresen, B., Mahaffy, J.M., Segall, A.M., Mead, D., Azam, F., et al., Genomic analysis of uncultured marine viral communities. // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002. Vol. 99, №22. P. 14250-14255.
21. Merril, C.R. Bacteriophage interactions with higher organisms // Transaction of the New York Academy of Sciences. 1974. Vol 36. P. 265-272.
22. Ashelford, K.E., Norris, S.J., Fry, J.C., Bailey, M.J. and Day, M.J. Seasonal population dynamics and interactions of competing bacteriophages and their host in the rhizosphere // Applied and Environmental Microbiology. 2000. Vol. 66, №10. P. 4193-4199.
23. Gorski, A., Dabrowska, K., Switaіa-Jelen, K., Nowaczyk, M., Weber-Dabrowska, B., Boratynski, J., Wietrzyk, J. and Opolski, A. New insights into the possible role of bacteriophages in host defense and disease. // Med. Immunol. 2003. Vol. 2, №1. P. 2.
24. Ashelford, K.E., Day, M.J. and Fry, J.C. Elevated abundance of bacteriophage infect - ing bacteria in soil //Appl. Environ. Microbiol. 2003. Vol. 69, №1. P. 285-289.
25. Летаров А.В., Голомидова А.К., Тарасян К.К. Экологические основы рациональной фаговой терапии: Acta naturae, 2010. - Т.2. - №1, - С. 66-79.
26. Weinbauer M. Ecology of prokaryotic viruses // FEMS Microbiology Reviews. 2004. Vol. 28, №2. P. 127-181.
27. Bamford D.H. Do viruses form lineages across different domains of life? // Research in Microbiology. 2003. Vol. 154, №4. P. 231-236.
28. Gilmore, M.S. and Hoch, J.A. Antibiotic resistance. A vancomycin surprise // Nature. 1999. Vol.399, №6736. P. 524-527.
29. Smith, T.L., Pearson, M.L., Wilcox, K.R., Cruz, C., Lancaster, M.V., Robinson-Dunn, B., Tenover, F.C., Zervos, M.J. et al. Emergence of vancomycin resistance in Staphylococcus aureus. Glycopeptide-Intermediate Staphylococcus aureus Working
Group. // N. Engl. J. Med. 1999. Vol. 340, №7. P. 493-501.
30. Clarke, T. Drug companies snub antibiotics as pipeline threatens to run dry // Nature. 2003. Vol. 425, №6965. P. 225.
31. Bruynoghe, R. and Maisin, J. Essais de thйrapeutique au moyen du bactйriophage du Staphylocoque // J Compt Rend Soc Biol. 1921. №85. P. 1120-1121.
32. d'Herelle, F., Essai de traоtement de la peste bubonique par le bacteriophage // La Presse Mйd. 1925. №33. P. 1393-1394.
33. d'Herelle, F., Malone, R.H. and Lahiri, M., ЇThe treatment and prophylaxis of infectious diseases of the intestinal tract and of cholera in particular,? in Transaction of the 7th Congress held in British India. Far Eastern Association of Tropical Medicine, Calcutta, Thacker, 1928.
34. Summers, W.C. Bacteriophage Discovered: Felix d'Herelle and the Origins of Molecular Biology. Yale University Press, New Haven, Connecticut, 1999. P. 47-59.
35. Barrow, P.A. and Soothill, J.S., Bacteriophage therapy and prophylaxis: Rediscovery and renewed assessment of potential // Trends in Microbiology. 1997. Vol. 5, №7. P. 268-271.
36. Arnold, L. and Weiss, E. Antigenic properties of bacteriophage. // J Infect Dis. 1924. №34. P. 317 - 327.
37. Larkum, N.W. Bacteriophage as a substitute for typhoid vaccine // J Bacteriol. 1929. №17. P. 42.
38. Weber-Dabrowska, B., Zimecki, M. and Mulczyk, M. Effective phage therapy is associated with normalization of cytokine production by blood cell cultures. // Arch. Immunol. Ther. Exp. (Warsz). 2000. Vol. 48, №1. P. 31-37.
39. Weber-Dabrowska, B., Zimecki, M., Mulczyk, M. and Gorski, A. Effect of phage therapy on the turnover and function of peripheral neutrophils // FEMS Immunol. Med. Microbiol. 2002. Vol. 34, №2. P. 135-138.
40. O'Flaherty S., Ross R.P., Coffey A. Bacteriophage and their lysins for elimination of infectious bacteria: Review article // FEMS Microbiology Reviews. 2009. Vol. 33, №4. P. 801-819.
41. Sulakvelidze A. and Barrow P. Phage therapy in animals and agribusiness. In: Bacteriophages: biology and applications. Eds. Kutter E. and Sulakvelidze A. 2005. P. 335-380. Boca Raton: CRC Press.
42. Cairns B., Timms A.R., Jansen V.A.A., Connerton I.F., Payne R.J.H. Quantitative models of in vitro bacteriophage-host dynamics and their application to phage therapy // PLoS Pathog. 2009. Vol. 5, №1.
43. Babalova, E.G., Katsitadze, K.T., Sakvarelidze, L.A., Imnaishvili, N., Sharashidze, T.G., Badashvili, V.A., Kiknadze, G.P., et al. Preventive value of dried dysentery bacteriophage // Zh Mikrobiol Epidemiol Immunobiol. 1968, №2. P. 143-145.
44. Weber-Dabrowska, B., Dabrowski, M. and Slopek, S. Studies on bacteriophage penetration in patients subjected to phage therapy // Arch Immunol Ther Exp. 1987. Vol. 35, №5. P. 563-568.
45. Bogovazova, G.G., Voroshilova, N.N. and Bondarenko, V.M. The efficacy of Klebsiella pneumoniae bacteriophage in the therapy of experimental Klebsiella infection. // Zh. Mikrobiol. Epidemiol. Immunobiol. 1991. №4. P. 5-8.
46. Bogovazova, G.G., Voroshilova, N.N., Bondarenko, V.M., Gorbatkova, G.A., Afanas'eva, E.V., Kazakova, T.B., Smirnov, V.D., et al. [Immunobiological properties and therapeutic effectiveness of preparations from Klebsiella bacteriophages]. // Zh. Mikrobiol. Epidemiol. Immunobiol. 1992. №3. P. 30-33.
47. Azeredo J., Sutherland I.W. The use of phages for the removal of infectious biofilms. // Current pharmaceutical biotechnology. 2008. Vol. 9, №4. P. 261-266.
48. Cerca N., Oliveira R., Azeredo J. Susceptibility of Staphylococcus epidermidis planktonic cells and biofilms to the lytic action of staphylococcus bacteriophage K // Lett. Appl. Microbiol. 2007. Vol. 45, №3. P. 313-317.
49. Pearl S. et al. Nongenetic individuality in the host-phage interaction // PLoS Biol. 2008. Vol. 6, №5. P. 0957-0964.
50. Lewis K. Multidrug tolerance of biofilms and persister cells // Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2008. №322. P. 107-131.
51. Merrill, M. David, Drake, Leston, D., Lacy, Mark J. Pratt, Jean A. and the ID2 Research Group. Reclaiming instructional design // Educ. Technol. 1996. Vol. 36, №5. P. 5-7.
52. Fogelman, I., Davey, V., Ochs, H.D., Elashoff, M., Feinberg, M.B., Mican, J., Siegel, J.P., et al. Evaluation of CD4+ T cell function In vivo in HIV-infected patients as measured by bacteriophage phiX174 immunization // J Infect Dis. 2000. №182. P. 435-441.
53. Lopez, V., Ochs, H.D., Thuline, H.C., Davis, S.D. and Wedgwood, R.J. Defective antibody response to bacteriophage phichi 174 in Down syndrome // J Pediatr. 1975. №86. P. 207-211.
54. Kucharewicz-Krukowska, A. and Slopek, S. Immunogenic effect of bacteriophage in patients subjected to phage therapy // Arch Immunol Ther Exp (Warsz). 1987. №35. P. 553-561.
55. Adams M. Bacteriophages. // Bacteriophages. 1959. P. 620.
56. Drake, J.W., Charlesworth, B., Charlesworth, D. and Crow, J.F. Rates of spontaneous mutation // Genetics. 1998. Vol. 148, №4. P. 1667-1686.
57. Carlton, R.M. Phage therapy: past history and future prospects. // Arch. Immunol. Ther. Exp. (Warsz). 1999. Vol. 47, №5. P. 267-274.
58. Fischetti V.A. Bacteriophage lysins as effective antibacterials // Current Opinion in Microbiology. 2008. Vol. 11, №5. P. 393-400.
59. Weinbauer, M. Ecology of prokaryotic viruses // FEMS Microbiology Reviews. 2004. Vol. 28, №2. P. 127-181.
60. Bohannan, B.J.M., and R.E. Lenski. Linking genetic change to community evolution: Insights from studies of bacteria and bacteriophage // Ecology Letters. 2000. Vol. 3, №4. P. 362-377.
61. Scott, A.E., A.R. Timms, P.L. Connerton, A. El-Shibiny and I.F. Connerton. Bacteriophage influence Campylobacter jejuni types populating broiler chickens // Environ. Microbiol. 2007. Vol. 9, №9. P. 2341-2353.
62. Dy R.L., Richter C., Salmond G.P., Fineran P.C. Remarkable Mechanisms in Microbes to Resist Phage Infections // Annual Review of Virology. 2014. Vol. 1. P. 307-331.
63. Samson J.E., Magadan A.H., Sabri M., Moineau S. Revenge of the phages: defeating bacterial defences // Nat Rev Microbiol. 2013. Vol. 11, №10. P. 675-687.
64. Hyman P., Abedon S.T. Bacteriophage host range and bacterial resistance // Advances in applied microbiology. 2010. Vol. 70. P. 217-248.
65. Madigan, M.T., Martinko, J.M. and Parker, J. (Eds.) Brock Biology of Microorganisms. Prentice Hall, Upper Saddle River, 2002.
66. Knirel Y.A., Prokhorov N.S., Shashkov A.S., Ovchinnikova O.G., Zdorovenko E.L., Liu B., Kostryukova E.S., Larin A.K., Golomidova A.K., Letarov A.V. Variations in O - Antigen Biosynthesis and O-Acetylation Associated with Altered Phage Sensitivity in Escherichia coli 4s // J Bacteriol. 2015. Vol. 197, №5. P. 905-912.
67. Broeker N.K., Gohlke U., Muller J.J., Uetrecht C., Heinemann U., Seckler R., Barbirz
S. Single aminoacid exchange in bacteriophage HK620 tailspike protein results in thousand-fold increase of its oligosaccharide affinity // Glycobiology. 2013. Vol. 23, №1. - C. 59-68.
68. Casjens S.R., Molineux I.J. Short noncontractile tail machines: adsorption and DNA delivery by podoviruses // Adv Exp Med Biol. 2012. Vol. 726. P. 143-179.
69. Slopek, S., Weber-Dabrowska, B., Dabrowski, M. and Kucharewicz-Krukowska, A. Results of bacteriophage treatment of suppurative bacterial infections. II. Detailed evaluation of the results. // Archivum immunologiae et therapiae experimentalis. 1987. Vol. 31. P. 293-327.
70. Uhr, J.W., Finkelstein, M.S. and Baumann, J.B. Antibody formation. III. The primary and secondary antibody response to bacteriophage phi X 174 in guinea pigs. // J. Exp. Med. 1962. Vol. 115. P. 655-670.
71. Fogelman, I., Davey, V., Ochs, H.D., Elashoff, M., Feinberg, M.B., Mican, J., Siegel, J.P., et al. Evaluation of CD4+ T cell function In vivo in HIV-infected patients as measured by bacteriophage phiX174 immunization // J Infect Dis. 2000. Vol.182. P. 435-441.
72. Ochs, H.D., Davis, S.D. and Wedgwood, R.J. Immunologic responses to bacteriophage phi-X 174 in immunodeficiency diseases // J Clin Invest. 1971. Vol.50. P. 2559-2568.
73. Strauch, E., Lurz, R. and Beutin, L. Characterization of a Shiga toxin-encoding temperate bacteriophage of Shigella sonnei // Infect. Immun. 2001. Vol.69. P. 7588-7595.
74. Ikeda, H. and Tomizawa, J.I. Transducing fragments in generalized transduction by phage P1. I. Molecular origin of the fragments // J Mol Biol. 1965. Vol.14. P. 85-109.
75. Каттер, Э. Бактериофаги. Биология и практическое применение / Э. Каттер, А. Сулаквелидзе. ? М.: Научный мир, 2012. ? С. 547
76. Prystowsky, J., Siddiqui, F., Chosay, J., Shinabarger, D.L., Millichap, J., Peterson, L.R. and Noskin, G.A, Resistance to linezolid: Characterization of mutations in rRNA and comparison of their occurrences in vancomycin-resistant enterococci //Antimicrob Agents Chemother. 2001. Vol. 45. P. 2154-2156.
77. Meladze, G.D., Mebuke, M.G., Chkhetiia, N., Kiknadze, N. and Koguashvili, G.G. [Efficacy of staphylococcal bacteriophage in the treatment of purulent lung and pleural diseases]. // Grudn Khir. 1982. P. 53-56.
78. Sakandelidze, V.M. The combined use of specific phages and antibiotics in different infectious allergoses. Vrach Delo. 1991. Vol.3. P. 60-63.
79. Kochetkova, V.A., Mamontov, A.S., Moskovtseva, R.L., Erastova, E.I., Trofimov, E.I., Popov, M.I. and Dzhubalieva, S.K. [Phagotherapy of postoperative suppurative - inflammatory complications in patients with neoplasms]. // Sov. Med. 1989. №6. P. 23-26.
80. Merril, C.R., Scholl, D. and Adhya, S.L. The prospect for bacteriophage therapy in Western medicine. // Nat. Rev. Drug Discov. 2003. Vol. 2, №6. P. 489-497.
81. Ioseliani, G.D., Meladze, G.D., Chkhetiia, N., Mebuke, M.G. and Kiknadze, N. [Use of bacteriophage and antibiotics for prevention of acute postoperative empyema in chronic suppurative lung diseases]. // Grudn Khir. 1980. P. 63-67.
82. Sakandelidze, V.M. Combined antibacterial treatment of inflammatory processes, Ph.D. thesis, Zhordania Scientific Research Institute of Human Reproduction, Tbilisi, Georgia, 1990.
83. Yao J D C, Moellering R C., Jr. Antimicrobial agents. In: Murray P R, Baron E J, Pfaller M A, Tenover F C, Yolken R H, editors. Manual of clinical microbiology. 7th ed. Washington, D.C.: American Society for Microbiology; 1995. P. 1474-1504.
84. Kamal F., Dennis J.J. Burkholderia cepacia Complex Phage-Antibiotic Synergy (PAS): Antibiotics Stimulate Lytic Phage Activity // Appl. Environ. Microbiol. 2015. Vol. 81, №3. P. 1132-1138.
85. Comeau, A.M., Bertrand, C., Letarov. A., Tetart, F. and Krisch, H.M. Modular architecture of the T4 phage superfamily: A conserved core genome and a plastic periphery // Virology. 2007. Vol. 362.P. 384-396.
86. Huff W., Huff G. Bacteriophage therapy in animal production // Phage Therapy: Current Research and Applications. Jan Borysowski, Ryszard Miedzybrodzki, and Andrzej Gorski, ed. Caister Academic Press, Norfolk, UK. 2014. P. 201-214.
87. Zhukov-Verezhnikov, N.N., Peremitina, L.D., Berillo, E.A., Komissarov, V.P. and Bardymov, V.M. Therapeutic effect of bacteriophage preparations in the complex treatment of suppurative surgical diseases // Sov Med. 1978 P. 64-66.
88. Cislo, M., Dabrowski, M., Weber-Dabrowska, B. and Woyton, A. Bacteriophage treatment of suppurative skin infections. Arch Immunol Ther Exp (Warsz). 1987. Vol.35. P. 175 - 183.
89. Урологические инфекции. Под. ред. N. Grabe. - Европейская ассоциация урологов, 2011.
90. T.A. Oelschlaeger, U. Dobrindt, J. Hacker Pathogenicity islands of uropathogenic E. coli and the evolution of virulence // Int. J. Antimicrob. Agents. 2002. Vol. 19, №6. P. 517-521.
91. Hughes, T.J.R., Feijoo, G.R., Mazzei, L. & Quincy, J.-B. The variational multiscale method - a paradigm for computational mechanics // Comput. Methods Appl. Math. 1998. Vol. 166. P. 3-24.
92. Gallet, R. Shao, Y. and Wang, I. - N. High adsorption rate is detrimental to bacteriophage fitness in a biofilm-like environment. // BMC Evol. Biol. 2009. Vol. 9. P. 241.
93. Сидоренко С.В., Иванов Д.В. Результаты изучения распространения антибиотикорезистентности среди возбудителей внебольничных инфекций мочевыводящих путей. Антибиотики и химиотерапия 2005; №50 (1). - C.3-10.
94. Muratani T., Matsumoto T. Bacterial resistance to antimicrobials in urinary isolates //
International Journal of Antimicrobial Agents. 2004. Vol. 24, №SUPPL. 1.
95. Sahm D.F. et al. Multidrug-resistant urinary tract isolates of Escherichia coli: Prevalence and patient demographics in the United States in 2000 // Antimicrob. Agents Chemother. 2001. Vol. 45, №5. P. 1402-1406.
96. Kahlmeter G. An international survey of the antimicrobial susceptibility of pathogens from uncomplicated urinary tract infections: The ECO.SENS project // J. Antimicrob. Chemother. 2003. Vol. 51, №1. P. 69-76.
97. Pena C, Gudiol C, Tubau F, Saballs M, Pujol M, Dominguez MA, Calatayud L, Ariza J, Gudiol F. Risk-factors for acquisition of extended-spectrum beta-lactamase - producing Escherichia coli among hospitalised patients // Clin Microbiol Infect. 2006. Vol.12. P. 279-284.
98. Sambrook J., W Russell D. Molecular Cloning: A Laboratory Manual // Cold Spring Harb. Lab. Press. Cold Spring Harb. NY. 2001. P. 999.
99. Ackermann H.W. 5500 Phages examined in the electron microscope // Archives of Virology. 2007. Vol. 152, №2. P. 227-243.
100. База данных BLAST [Электронный ресурс] - Режим доступа: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bla st.cgi
101. Ackermann H.-W., Berthiaume L., Kasatiya S.S. Ultrastructure of Vi phages I to VII of Salmonella typhi // Can. J. Microbiol. 1970. Vol. 16, №6. P. 411-413.
102. Werquin M., Ackermann H.-W., Levesque R.C. A Study of 33 Bacteriophages of Rhizobium meliloti. // Appl. Environ. Microbiol. 1988. Vol. 54, №1. P. 188-196.
103. Pickard D. et al. A conserved acetyl esterase domain targets diverse bacteriophages to the Vi capsular receptor of Salmonella enterica serovar typhi // J. Bacteriol. 2010. Vol. 192, №21. P. 5746-5754.
104. Anany H. et al. A Shigella boydii bacteriophage which resembles Salmonella phage ViI. // Virol. J. 2011. Vol. 8, №1. P. 242.
Размещено на Allbest.ru
Подобные документы
Понятие, структура и классификация бактериофагов. Вирулентные и умеренные фаги. Общая схема лизогении – механизма взаимодействия бактериофагов с микробной клеткой. Способы практического использования фагов в медицине, бактериологии и биотехнологиях.
презентация [547,9 K], добавлен 18.03.2014Рекомбинация у бактериофагов – физическое взаимодействие геномов в смешанно-инфицированных клетках. Детальный анализ межтиповых и внутритиповых рекомбинантов полиовирусов. Генетика бактериофагов, связанная с генетическими особенностями бактерий-хозяев.
реферат [39,8 K], добавлен 15.12.2010История открытия и практического применения бактериофагов. Научные подходы к проблеме природы фагов. Морфологические типы фагов, их химический состав, строение и антигенные свойства. Адсорбция фага на клетке. Лизогения и её биологическое значение.
реферат [2,1 M], добавлен 02.11.2009Молекула антитела с двумя идентичными антиген-связывающими участками. Функциональные свойства, строение антител и их многообразие. Проблема получения индивидуальных антител. Роль специфических последовательностей ДНК. Механизмы экспрессии генов антител.
курсовая работа [174,8 K], добавлен 25.05.2009Анализ механизмов прохождения веществ через клеточную мембрану. Основные процессы, с помощью которых вещества проникают через мембрану. Свойства простой и облегченной диффузии. Типы активного транспорта. Ионные каналы, их отличие от поры, градиент.
презентация [282,3 K], добавлен 06.11.2014Исследование и характеристика особенностей синегнойной палочки (Pseudomonas aeruginosa) – условно-патогенного микроорганизма. Определение токсиннейтрализующей активности моноклональных антител. Рассмотрение и анализ пигментов пиоцианина и флюоресцеина.
дипломная работа [1,8 M], добавлен 01.02.2018Вирусы как особая форма жизни, их отличительные признаки и характеристики, состав и общие свойства, распространенность и исследование роли в биосфере. Примеры некоторых наиболее распространенных вирусов человека, характер их негативного воздействия.
презентация [2,8 M], добавлен 14.04.2014Последовательный рассев штамма на агаризованных средах. Колонии, сохранившие высокие ростовые и биосинтетические параметры. Аминокислоты: аланин, валин и лейцин/изолейцин. Смеси молекул с различным количеством включенных атомов дейтерия.
статья [299,4 K], добавлен 23.10.2006Хелатирующие соединения. Строение и комплексообразование ЭДТА. Бактериальная деградация ЭДТА. Кометаболизм. Периодическое культивирование и его условия. Методика приготовления питательных сред. Вычисление энергетического выхода роста штамма LPM-4.
дипломная работа [77,4 K], добавлен 15.12.2008Сущность понятий "антигенная детерминанта", "специфичность антигена". Типы антигенных детерминант белков. Структура и антигенная специфичность гаптенов. Общая структурная характеристика молекул иммуноглобулинов. Аминокислоты, входящие в состав белков.
контрольная работа [115,8 K], добавлен 19.09.2009
