Молекулярная структура и наследование аллельных вариантов микросателлитных локусов у партеногенетического вида ящериц Darevskia Unisexualis

Рисунок 4 - Нуклеотидные последовательности трёх аллельных вариантов локуса Du215 D. unisexualis.

Относительно единичных устойчивых нуклеотидных замен в прилежащих к микросателлиту областях у локуса Du215(uni) можно сказать то, что все аллельные варианты этого локуса на основании однонуклеотидных замен разделяются на два гаплотипа: A-А и T-G.

Однонуклеотидные замены показаны красным цветом. Звенья микросателлитного кластера показаны зеленым цветом. Фиолетовым цветом выделены совершенный тетрануклеотидный GCAA-повтор и несовершенный GAT-повтор

Локус Du281(uni) представлен сложным микросателлитом, который несет в себе совершенные тетрануклеотидные (GATA)n повторы. Микросателлит содержит несовершенный повтор GAT и ТА вставку (рис. 5). Локус Du281 высокополиморфен, потому что представлен шестью аллельными вариантами. Среди аллелей данного локуса можно выделить два гаплотипа: Т-A-Т и С-G-C.

Рисунок 5 - Нуклеотидные последовательности шести аллельных вариантов локуса Du281 D. unisexualis.

Однонуклеотидные замены показаны красным цветом. Звенья микросателлитного кластера показаны зеленым цветом. Фиолетовым цветом выделены несовершенный GAT-повтор и ТA-вставка

Микросателлитный кластер локуса Du323(uni) у D. unisexualis является сложным и несет в себе, как совершенные повторы: тетрануклеотидные (GATA)n и динуклеотидные (GA)n и (АС)n, так и несовершенный повтор GAT, а аллель Du323(uni)2 несет еще несовершенные вставки, такие как, GGT и GC. По единичным нуклеотидным заменам в прилежащих областях в локусе Du323(uni) выделяют C-C-C-C-T и G-G-A-C- T гаплотипы (рис. 6).



Рисунок 6 - Нуклеотидные последовательности двух аллельных вариантов локуса Du323 D. unisexualis.

Однонуклеотидные замены показаны красным цветом. Звенья микросателлитного кластера показаны зеленым цветом. Фиолетовым цветом выделены несовершенный GAT-повтор и GGT-вставка. Желтым цветом вне микросателлитного кластера - совершенные динуклеотидные повторы (АС) и (GA) с GC- вставкой внутри

Микросателлитный локус Du47G(uni) сложный и представлен тремя аллельными вариантами (рис.7). Данный локус содержит совершенные тетрануклеотидные (GATA)n и (GACA)n повторы и несовершенный повтор GAT. Аллели Du47G(uni)2 и Du47G(uni)3 несут гаплотип A-T-A-G, в локусе также выделяют гаплотип T-C-T-C.

Рисунок 7 - Нуклеотидные последовательности трёх аллельных вариантов локуса Du47G D. unisexualis.

Однонуклеотидные замены показаны красным цветом. Звенья микросателлитного кластера показаны зеленым цветом. Фиолетовым цветом выделены совершенный GACA-повтор и несовершенный GAT- повтор

Анализ внутривидового полиморфизма D. unisexualis по локусам Du215, Du281, Du323 и Du47G

По результатам монолокусного ПЦР-анализа особей из разных популяций партеновида D. unisexualis, показано, что все особи гетерозиготны по исследуемым локусам Du215, Du281, Du323 и Du47G. Данные локусы представлены в популяциях несколькими аллельными вариантами, различными по электрофоретической подвижности продуктов амплификации в интервале 150-250 нуклеотидных пар. Вместе с тем, популяции

D. unisexualis различаются по встречаемости данных аллельных вариантов, а также их сочетаниям.

В таблице 4 показаны результаты монолокусного ПЦР-анализа локуса Du215(uni) популяционных образцов партеногенетического вида D. unisexualis.

Таблица 4 - Встречаемость аллельных вариантов локуса Du215(uni) в популяциях вида D. unisexualis

Популяция	Кол-во особей	Du215 (uni)1	Du215 (uni)2	Du215 (uni)3
Лчап	11	11	-	11
Кучак	10	10	-	10
Загалу	10	10	-	10
Норадуз	17	17	-	17
Такярлу	20	20	20	-

Как видно из данных таблицы 3, локус Du215(uni) представлен тремя аллельными вариантами. Аллель Du215(uni)1 представлен во всех исследованных популяциях, а аллель Du215(uni)3 - в четырех. Аллельный вариант Du215(uni)2 встречается только в популяции Такярлу. Сочетание аллелей Du215(uni)1 + Du215(uni)3 встречается в четырех из пяти популяций, а сочетание Du215(uni)1 + Du215(uni)3 только популяции Такярлу.

Локус Du281(uni) в исследованных популяциях представлен шестью аллельными вариантами, разными по электрофоретической подвижности. Аллельный вариант Du281(uni)6 присутствуют во всех исследованных популяциях, Du281(uni)3 - во всех, кроме Такярлу, а другие четыре аллельных варианта редки и обнаружены в нескольких популяциях (табл. 5). Аллельные варианты Du281(uni)1 и Du281(uni)2 были обнаружены только в популяции Норадуз. Аллель Du281(uni)4 выявлен в популяциях Лчап и Кучак, а аллельный вариант Du281(uni)5 был обнаружен только в популяциях Кучак и Такярлу.

Таблица 5 - Встречаемость аллельных вариантов локуса Du281(uni) в популяциях вида D. unisexualis

Популяция	Кол-во особей	Du281 (uni)1	Du281 (uni)2	Du281 (uni)3	Du281 (uni)4	Du281 (uni)5	Du281 (uni)6
Лчап	11	-	-	11	10	-	1
Кучак	10	-	-	7	7	3	3
Загалу	10	-	-	10	-	-	10
Норадуз	17	15	1	1	-	-	17
Такярлу	20	-	-	-	-	20	20

Как видно из 5й таблицы, аллели Du281(uni)3 и Du281(uni)6 широко распространены в исследованных популяциях. Более редкие сочетания аллелей были выявлены в популяциях Кучак (Du281(uni)4 + Du281(uni)5) и Норадуз (Du281(uni)1 + Du281(uni)2) - представлены четырьмя аллельными вариантами, популяция Лчап (Du281(uni)4 + Du281(uni)6) - тремя аллельными вариантами. В популяции Такярлу выявлено сочетание Du281(uni)5 + Du281(uni)6.

Как видно из данных таблицы 6, локус Du323(uni) представлен двумя аллельными вариантами. В выборке всех популяций обнаружено по два аллельных варианта.



Таблица 6 - Встречаемость аллельных вариантов локуса Du323(uni) в популяциях вида D. unisexualis

Популяция	Кол-во особей	Du323 (uni)1	Du323 (uni)2
Лчап	11	11	11
Кучак	10	10	10
Загалу	10	10	10
Норадуз	17	17	17
Такярлу	20	20	20

По данным таблицы 7, локус Du47G(uni) представлен тремя аллельными вариантами.

Таблица 7 - Встречаемость аллельных вариантов локуса Du47G(uni) в популяциях вида D. unisexualis

Популяция	Кол-во особей	Du47G (uni)1	Du47G (uni)2	Du47G (uni)3
Лчап	11	11	1	10
Кучак	10	10	1	9
Загалу	10	10	2	8
Норадуз	17	17	1	16
Такярлу	20	20	2	18

Все исследованные популяции различаются по частоте встречаемости и сочетанию аллелей этого локуса. Аллели Du215(uni)1, Du323(uni)1 иDu323(uni)2, Du47G(uni)1 и Du47G(uni)3 равномерно распределены во всех пяти популяциях и обнаружены у всех особей. Аллели Du215(uni)2, Du281(uni)1 и Du281(uni)2 оказались редкими и обнаружены только в одной из пяти популяций. Проведенный анализ показал, что наибольшее количество аллелей и их сочетаний встречается у особей популяций Кучак и Норадуз.

Сравнительный анализ структуры аллелей локусов Du215, Du281, Du323 и Du47G у партеногенетического вида D. unisexualis и их ортологов у двуполых родительских видов D. raddei и D.valentini

Партеногенетический вид D. unisexualis возник вследствие межвидовой гибридизации, все исследованные особи гетерозиготны по локусам Du215, Du281, Du323 и Du47G, следовательно, один аллельный вариант получен от материнского вида, другой перешел от отцовского. Ортологичные микросателлитные локусы родительских видов были амплифицированы. Полученные амплификанты были секвенированы.

Показано, что аллели двуполых видов D. raddei и D. valentini весьма разнообразны по структуре микросателлитного кластера, а в случае локусов Du215, Du281, Du323 и Du47G содержат однонуклеотидные вариации вне микросателлитов. По сочетанию этих вариаций и специфической структуре микросателлита можно определить от какого родительского вида унаследован тот или иной аллель каждого локуса партеновида D. unisexualis.

В случае локуса Du215 аллельные варианты с гаплотипом A-А наследованы от материнского вида D. raddei, а родительских аллелей с гаплотипом Т-G выявлено не было. Скорее всего, определить наследование таких аллелей было затруднительно в связи с анализом слишком малой выборки родительского вида D. valentini (табл. 8). Исходя из специфической структуры микросателлитных кластеров, можно предположить, что аллели Du215(uni)2 и Du215(uni)3 партеновида, имеющие простой тип микросателлита без вторичной вставки GAT, наследованы от D.valentini, в отличие от аллеля Du215(uni)1, обладающего более сложной структурой микросателлитного кластера-наследуемого от D.raddei.



Таблица 8 - Структурные особенности аллельных вариантов локуса Du215(uni) D. unisexualis и его ортологов у двуполых родительских видов

Вид	Аллель	Последовательность микросателлита	Гаплотип
D.unisexualis	Du215 (uni)1	5' (GATA)4(GAT)(GATA)7(GCAA)2 3'	А-А
	Du215 (uni)2	5' (GATA)10(GCAA)2 3'	Т-G
	Du215 (uni)3	5' (GATA)9(GCAA)23'	T-G
D. raddei	Du215 (rad)1	5'(GATA)9(GCAA)123'	A-A
	Du215 (rad)2	5'(GATA)8(GAT)(GATA)3(GATT)(GAT)(GATA)3(GCAA)23'	A-A
	Du215 (rad)3	5'(GATA)4(GAT)(GATA)10(GCAA)2 3'	A-A
	Du215 (rad)4	5'(GATT)(GATA)9(GAT)(GATA)4(GCAA)2 3'	A-A
	Du215 (rad)5	5'(GATA)4(GAT)(GATA)9(GCAA)23'	A-A
	Du215 (rad)6	5'(GATA)5(GAT)(GATA)8(GCAA)23'	A-A
	Du215 (rad)7	5'(GATA)(GACA)(GATA)5(GAT)(GATA)6(GCAA)2 3'	A-A
	Du215 (rad)8	5(GATA)7(GAT)(GATA)6(GCAA)23'	A-A
	Du215 (rad)9	5'(GATA)4(GAT)(GATA)8(GCAA)23'	A-A
	Du215 (rad)10	5'(GATA)4(GAT)(GATA)8(GCAA)23'	A-A
	Du215 (rad)11	5'(GATA)4 (GAT)(GATA)7(GCAA)23'	A-A
	Du215 (rad)12	5'(GATA)4(GAT)(GATA)7(GCAA)23'	A-A

Таблица 8 (продолжение)

Вид	Аллель	Последовательность микросателлита	Гаплотип
D. raddei	Du215 (rad)13	5'(GATA)4(GAT)(GATA)7(GCAA)23'	A-A
	Du215 (rad)14	5'(GATT)(GATA)6(GAT)(GATA)4(GCAA)2 3'	A-A
	Du215 (rad)15	5'(GATA)4(GAT)(GATA)2(GAT)(GATA)4 (GCAA)2 3'	A-A
	Du215 (rad)16	5'(GATA)4(GAT)(GATA)6(GCAA)23'	A-A
	Du215 (rad)17	5'(GATA)4(GAT)(GATA)6(GCAA)23'	A-A
	Du215 (rad)18	5'(GATA)4(GAT)(GATA)5(GCAA)23'	A-A
	Du215 (rad)19	5'(GATA)4(GAT)(GATA)4(GCAA)23'	A-A
D. valentini	Du215 (val)1	5'(GACA)(GATA)7(GACA)5(GATA)(GCAA) 3'	А-А
	Du215 (val)2	5'(GATA)5 3'	А- А

Видно, что аллели локуса Du281 партеновида с гаплотипом С-G-С наследованы от отцовского вида D. valentini, а аллели с гаплотипом T-A-Т - от материнского вида D. raddei (табл. 9).

Таблица 9 - Структурные особенности аллельных вариантов локуса Du281(uni) D. unisexualis и его ортологов у двуполых родительских видов

Вид	Аллель	Последовательность микросателлита	Гаплотип
D. raddei	Du281 (rad)1	5'(GATA)7(GAT)(GATA)7(GAT)2GATA(TA)GATA 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)2	5'(GATA)7(GAT)(GATA)7GATA(TA)GATA 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)3	5'(GATA)2(GAGAT)(GATA)4(GACA)3(GATA)3GATA(TA) GATA 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)4	5' (GATA)11(GAT)GATA(TA)GATA 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)5	5' (GATA)10(GAT)GATA(TA)(GATA)2 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)6	5' (GATA)11GATA(TA)GATA 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)7	5' (GATA)10(GAT)GATA(TA)GATA 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)8	5' (GATA)9(GAT)GATA(TA)GATA 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)9	5' (GATA)9GATA(TA)GATA 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)10	5' (GATA)8(GAT)GATA(TA)GATA 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)11	5'(GATA)4(GAAA)(GATA)3(GAT)GATA(TA)GATA 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)12	5' (GATA)11 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)13	5' (GATA)7(GAT)GATA(TA)GATA 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)14	5' (GATA)9(GATA) 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)15	5' (GATA)6(GAT)GATA(TA)GATA 3'	Т-A-Т
	Du281 (rad)16	5' (GATA)7(GATA) 3'	Т-A-Т
D. valentini	Du281 (val)1	5' (GATA)12 3'	С-G-C
	Du281 (val)2	5' (GATA)11 3'	С-G-C
	Du281 (val)3	5' (GATA)10 3'	С-G-C
	Du281 (val)4	5' (GATA)9 3'	С-G-C
	Du281 (val)5	5' (GATA)8 3'	С-G-C

В случае локуса Du323 партеновида D. unisexualis, аллель Du323(uni)1 со сложным микросателлитным кластером наследован от отцовского вида

D. valentini, а аллель Du323(uni)2 - от материнского вида D. raddei (табл. 10).

Таблица 10 - Структурные особенности аллельных вариантов локуса Du323(uni) D. unisexualis и его ортологов у двуполых родительских видов

Вид	Аллель	Последовательность микросателлита	Гаплотип
D. uni- sexualis	Du323 (uni)1	5' (AC)6...(GATA)7(GAT)(GATA)2 (GA)4 3'	C-C-C-C-T
	Du323 (uni)2	5'(AC)4GC...GATA(GGT)(GATA)2(GAT)GATA(GA)4 3'	G-G-A-C-T
D. raddei	Du323 (rad)1	5'(AC)4GC...GATA(GGT)(GATA)3(GAT)(GATATAT) 3'	C-C-A-G-C
	Du323 (rad)2	5'(AC)4GC...(GATA)(GGT)(GATA)2(GAT)(GATATAT) 3'	C-C-A-G-T
D. valentini	Du323 (val)1	5'(AC)6(GATA)15(GAT) 3'	C-C-С-G-T
	Du323 (val)2	5'(AC)6(GATA)14(GAT) 3'	C-C-С-G-T
	Du323 (val)3	5'(AC)6(GATA)10(GAT)(GATA)(GATATAT) 3'	C-C-С-G-T
	Du323 (val)4	5'(AC)6(GATA)4(GAT)(GATA)(GATATAT) 3'	C-C-С-G-T
	Du323 (val)5	5'(AC)6(GATA)5(GAT)(GATA)(GATATAT) 3'	C-C-С-G-T
	Du323 (val)6	5'(AC)6(GATA)5(GACA)(GATA)4(GAT)(GATA)(GATATAT)3'	C-C-С-G-T

Большая часть аллельных вариантов Du47G у D. valentini различаются лишь на одно звено GATA, что может объясняться одношаговым механизмом мутаций в микросателлитах (SSM - single step mutation model). Так же, как и у партеновида D. unisexualis, в тех же локациях у двуполых видов наблюдаются точковые замены, формирующие гаплотипы (табл. 11). Анализ молекулярной структуры позволил установить, что один из гаплотипов D. unisexualis по локусу Du47G (А-Т-А-G) совпадает с гаплотипом, обнаруженным у D. raddei, а второй гаплотип (Т-C-Т-C) близок к гаплотипу (Т-Т-Т-C), встречающемуся у D. valentini. Наличие одинаковых гаплотипов у партеновида и двуполых видов может свидетельствовать об их родстве. В то же время, значительное отличие структуры локуса Du47G партеновида D. unisexualis и родительского вида D. valentini указывает на происшедшую дивергенцию локуса у исходных видов с момента возникновения однополого вида.

Таблица 11 - Структурные особенности аллельных вариантов локуса Du47G(uni) D. unisexualis и его ортологов у двуполых родительских видов

Вид	Аллель	Последовательность микросателлита	Гаплотип
D. unisexualis	Du47G (uni)1	5'(GATA)5(GACA)4(GATA)(GAT)(GATA)23'	T-C-T-C
	Du47G (uni)2	5'(GATA)2(GACA)(GATA)4(GAT)(GATA)23'	A-T-A-G
	Du47G (uni)3	5'(GATA)2(GACA)(GATA)3(GAT)(GATA)23'	A-T-A-G
D. raddei	Du47G (rad)1	5' (GATA)8(GACA)(GATA)3 (GAT)(GATA)2 3'	A-T-A-G
	Du47G (rad)2	5' (GATA)8(GACA)(GATA)(GAT)(GATA)2 3'	T-T-T-C
	Du47G (rad)3	5' (GATA)10 (GAT)(GATA)2 3'	T-T-T-C
	Du47G (rad)4	5' (GATA)3(GACA)(GATA)2 (GAT)(GATA)2 3'	T-T-T-C
	Du47G (rad)5	5' (GATA)2(GACA)(GATA)3(GAT)(GATA)2 3'	A-T-A-G
D. valentini	Du47G (val)1	5'(GATA)5 (GAT)(GATA)14(GACA)GATA(GAT)(GATA)2 3'	T-T-T-C
	Du47G (val)2	5' (GATA)16(GACA)GATA(GAT)(GATA)2 3'	T-T-T-C
	Du47G (val)3	5' (GATA)15(GACA)GATA (GAT)(GATA)2 3'	T-T-T-C
	Du47G (val)4	5' (GATA)14(GACA)GATA(GAT)(GATA)2 3'	T-T-T-C
	Du47G (val)5	5' (GATA)13(GACA)GATA(GAT)(GATA)2 3'	T-T-T-C
	Du47G (val)6	5' (GATA)12(GACA)GATA(GAT)(GATA)2 3'	T-T-T-C
	Du47G (val)7	5' (GATA)11(GACA)GATA(GAT)(GATA)2 3'	T-T-T-C

Таким образом, используя гаплотипические маркеры (однонуклеотидные вариации и строение микросателлита), удалось установить, какие аллели партеновида наследованы от материнского вида, а какие ? от отцовского вида.

Механизмы нестабильности микросателлитных локусов не до конца известны, однако существуют несколько гипотез [84]. Нестабильность микросателлитов обусловливается рядом причин, в основном нуклеотидным составом и характеристикой геномного окружения [85]. Мутационное поведение микросателлитов можно объяснить несколькими основными моделями и их модификациями. В соответствии с моделью пошаговых мутаций (Stepwise mutation model) [86] мутации в микросателлитных локусах являются последствием последовательного добавления или утраты одного повторяющегося звена. Преимущественно варьирование числа повторов коротких последовательностей или длины аллеля объясняют явлением «проскальзывания» ДНК-полимеразы, вызывающих образование шпильки на синтезируемой нити ДНК при репликации или репарации [77]. Модифицированным вариантом данной модели является «two-phase mutation model» [87], предполагающая, что в некоторых микросателлитах мутации происходят либо последовательно, либо скачкообразно, вызывая огромное единовременное увеличение длины повтора, что называют экспансией [88].

Большинство таких изменений в аллелях микросателлитсодержащих локусах (Du47G, Du215, Du281, Du323) D. unisexualis соответствует одноступенчатой модели мутационной изменчивости микросателлитных ДНК [86], а также ее модифицированному варианту [87].

Различия между аллельными вариантами возможно следствие гибридной природой партеновидов [36]. Например, данное происхождение полиморфизма внутри вида по ряду микросателлитных локусов было обнаружено у партеногенетического вида D. rostombekovi [89].

При анализе межаллельных различий микросателлитных ДНК у партеновидов следует учитывать не только их наследование от разных двуполых видов, но и возможные мутации при клональном воспроизводстве.

Ранее микросателлитные мутации были выявлены у партеногенетических потомков первого поколения ящериц D. unisexualis [90]. Эти мутации происходили на ранней стадии эмбриогенеза как делеции или инсерции микросателлитного повтора и обнаруживались в одном или обоих аллелях локуса. При этом однонуклеотидные мутации вне микросателлита обнаружены не были. Согласно полученным данным у локуса Du47G несовершенные микросателлитные звенья наследованы от родительских видов.

Практически во всех исследованных аллельных вариантах четырех микросателлитных локусов партеновида D. unisexualis были выявлены несовершенные вставки различного типа. Вставки типа GAT встречались наиболее часто. Аллельные варианты Du215(uni)1, Du281(uni)/1,2,3,5, а также все аллели локусов Du323 и Du47G несут внутри микросателлитного кластера несовершенные звенья типа GAT. К более редким вставкам можно отнести TA, встречающаяся только в аллельных вариантах Du281(uni)1- Du281(uni)6 локуса Du281(uni), а также вставки GGT и GC, обнаруженные только в аллеле Du323(uni)2. Наиболее вероятно, что возникновение «несовершенных» повторов - результат мутации «сдвига рамки считывания» на неполное мономерное звено. Вставки могли появиться вследствие рекомбинаций или мутации микросателлитного звена типа транзиций и трансверсий [91].

В локусах, содержащих микросателлиты, существуют также более сложные процессы, например, асимметрия распределения мутаций вдоль кластера [92], инсерции и делеции [3], а также большое число точковых мутаций, в основном это замены во фланкирующих последовательностях нуклеотидов [93]. Помимо различий в микросателлитном кластере, аллели (GATA)n-содержащих локусов D. unisexualis, D. valentini и D. raddei отличаются несколькими делециями и инсерциями, а также транзициями и трансверсиями одного и более нуклеотидов в прилежащих к микросателлиту последовательностях ДНК. Предположительно, что они соответствуют горячим точкам мутаций, возникающих на небольшом расстоянии от повторяющихся элементов генома [94].



ВЫВОДЫ

1. С помощью локус-специфической ПЦР выявлены аллельные варианты четырёх микросателлитных локусов (Du215, Du281, Du323, Du47G) в популяциях партеногенетического вида ящериц D. unisexualis. Показано, что популяции данного вида различаются по встречаемости этих аллельных вариантов.

2. Определена молекулярная структура аллельных вариантов локусов Du215, Du281, Du323 и Du47G у особей D. unisexualis. Установлено, что аллели различаются по структуре и размеру микросателлитного кластера, а также фиксированным точковым однонуклеотидным заменам в прилежащих ДНК.

3. Показано наследование аллельных вариантов ортологичных локусов от двуполых родительских видов D. raddei и D. valentini. Данные по гаплотипичеcкому маркированию аллелей изученного партеновида

D. unisexualis соответствуют схеме его происхождения.



СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Ryskov A. P. Genetically unstable microsatellite-containing loci and genome diversity in clonally reproduced unisexual vertebrates / Ed: Kwang Jeon // International Review of Cell and Molecular Biology. ? Elsevier, Academic Press (USA). ? 2008. ? V. 270. ? P. 319?349.

2. Mangiarini L., Sathasivam K., Mathal A., Mott R., Seller M., et al. Instability of highly expanded CAG repeats in mice transgenic for theHuntington's disease mutation. //Nat Genet. -1997. ? №15. ? Р. 197-200.

3. Ellegren H., Lindgren G., Primmer C. R., M?ller A. P. Fitness loss and germline mutations in barn swallows breeding in Chernobyl // Nature. ? 1997. ? V. 389. ? P. 593?596.

4. Даревский И. С. Естественный партеногенез у некоторых подвидов скальных ящериц Lacerta saxicola Eversmann // Доклады Академии Наук СССР. ? 1958. ? Т. 122. ? С. 730?732.

5. Ryskov A.P., Martirosyan I.A., Badaeva T.N., Korchagin V.I., Danielyan F.D., Petrosyan V.G., Darevsky I.S., Tokarskaya O.N. Hyperunstable (TCT/TCC) (n) microsatellite loci in parthenogenetic lizards Darevskia unisexualis (Lacertidae) // Russian journal of genetics. - 2003. ? V. 39 - N. 9 - P. 986-992

6. Malysheva D. N., Tokarskaya O. N., Petrosyan V. G., Danielyan F. D., Darevsky I. S., Ryskov A. P. Genomic variation in parthenogenetic lizard Darevskia armeniaca: evidence from DNA fingerprinting data // Journal of Heredity. ? 2007. ? V. 98. ? N. 2. ? Р. 173?178.

7. Корчагин В. И., Мартиросян И. А., Омельченко А. В., Даревский И. С., Рысков А. П., Токарская О. Н. Изучение аллельного полиморфизма (GATA)n-содержащих локусов партеногенетических ящериц Darevskia unisexualis (сем. Lacertidae) // Генетика. ? 2004. ? Т. 40. ? № 10. ? С. 1?7.

8. Darevsky I. S. Evolution and Ecology of parthenogenesis in reptiles // In: Current Research of biology of amphibians and reptiles. ? Oxford, Ohio. ? 1993. ? P. 209?257.

9. Neaves W. B., Baumann P. Unisexual reproduction among vertebrates// Trends in Genetics. ? 2011. ? V. 27. ? N. 3. ? P. 81?88.

10. Dawley R. M. An introduction to unisexual vertebrates / Eds: Dawley R. M., Bogart J. P. // In: Evolution and ecology of unisexual vertebrates. ? Bull New York State Museum. ? Albany, New York. ?1989. ? V. 466. ? P. 1?8.

11. Гилберт С. Биология развития / C. Гилберт. ? М.: Мир. ? 1993. ? Т. 1. ? 228 с.

12. Даревский И. С. Эволюция и экология партеногенетического размножения у пресмыкающихся / И. С. Даревский // Современные проблемы теории эволюции: сб. науч. тр. ? М.: Наука. ? 1993. ? С. 89?109.

13. Smith M.J. The Evolution of Sex// Cambridge University Press. ?1978. ? P 12-14.

14. Lively C.M. Parasite virulence, host life history, and the costs and benefits of sex// Ecology 91. ? 2010. ? P 3-6.

15. Bi K., Bogart J.P. Time and time aga: unisexual salamanders (genus Ambystoma) are the oldest unisexual vertebrates// BMC Evol. Biol.?2010. ? V. 10. ? P. 238.

16. Neiman M. et al. What can asexual lineage age tell us about the maintenance of sex? // Ann. N. Y. Acad. Sci. 1168. ? 2009. ? P. 185-200.

17. Lutes A.A. et al. Sister chromosome pairing maintains heterozygosity in parthenogenetic lizards. // Nature 464. ? 2010. ? P. 283-286.

18. Bogart J.P. et al. Unisexual salamanders (genus Ambystoma) present a new reproductive mode for eukaryotes. // Genome 50. ? 2007. ? P. 119-136.

19. Астауров Б. Л., Демин Ю. С. Партеногенез у птиц // Онтогенез. ? 1972. ? Т. 3. ? № 2. ? С. 123?141.

20. Olsen M. W. Performance record of a parthenogenetic turkey male // Science. ? 1960. ? V. 132. ? N. 3440. ? P. 1661.

21. Инге-Вечтомов С. Г. Генетика с основами селекции / C. Г. Инге- Вечтомов. ? М.: Высшая школа. ? 1989. ? 591 с.

22. Darevsky I. S., Kupriyanova L. A. Two new all-female lizard species of the genus Leiolepis Cuvier, 1829 from Thailand and Vietnam (Squamata: Sauria: Uromastycinae) // Herpetozoa. ? 1993. ? V. 6. ? N. 1?2. ? P. 3?20.

23. Cole C. J., Townsend C. R. Parthenogenetic lizards as vertebrate systems // Journal of Experimental Zoology Supplement. ? 1990. ? V. 4. ? P. 174?176.

24. Cole C. J., Dessauer H. C., Barrowclough G. F. Hybrid origin of a unisexual species of whiptail lizard, Cnemidophorus neomexicanus, in Western North America: new evidence and a review // American Museum novitates New York, N. Y. // American Museum of Natural History. ? 1988. ? V. 2905. ? P. 1?38.

25. Arribas O. J. Phylogeny and relationships of the mountain lizards of Europe and Near East (Archaeolacerta Merttens, 1921, Sensu Lato) and their relationships among the Eurasian Lacertid lizards // Russian Journal of Herpetology. ? 1999. ? V. 6. ? N. 1. ? P. 1?22.

26. Moritz C., Donnelan S., Adams M., Baverstock P. R. The origin and evolution of parthenogenesis in Heteronotia binoei (Gekkonidae): extensive genotypic diversity among parthenogens // Evolution. ? 1989. ? V. 43. ? P. 994?1003.

27. Коул Чарльз Дж. Однополые ящерицы // В мире науки. ? 1984. ? № 3. ? С. 50?57.

28. Lamatsch D.K. and StoЁck, M. Sperm-dependent parthenogenesis and hybridogenesis in teleost fish. // In Lost Sex (SchoЁn, I. et al., eds). ? 2009. ? P. 399-432.

29. Kearney M. et al. Lost sex in the reptiles: constraints and correlations. // In Lost Sex (SchoЁn, I. et al., eds). ? 2009. ? P. 447-474.

30. Fu J., MacCulloch R. D., Murphy R. W. The parthenogenetic Rock Lizard Lacerta unisexualis: An Example of Limited Genetic Polymorphism // Journal of Molecular Evolution. ? 1998. ? V. 46. ? P. 127?130.

31. Даревский И. С., Кан Н. Г., Рябинина Н. Н., Мартиросян И. А., Токарская О. Н., Гречко В. В., Щербак Н. Н., Даниелян Ф. Д., Рысков А. П. Биологические и молекулярно-генетические характеристики партеногенетического вида ящериц Lacerta armeniaca (Mehely), интродуцированного из Армении на Украину // Доклады Академии Наук. ? 1998. ? Т. 363. ? № 6. ? С. 846?848.

32. Moritz C., Uzzel Т., Spolsky C., Hotz H., Darevsky I. S., Kupriyanova L. A., Danielyan F. The maternal ancestry and approximate age of parthenogenetic species of Caucasian rock lizards (Lacerta: Lacertidae) // Genetica. ? 1992. ? V. 87. ? P. 53?62.

33. Куприянова Л. А. Генетическое разнообразие гибридных однополых видов и форм рода Lacerta (Lacertidae, Reptilia): его возможные цитогенетические механизмы, цитогенетика мейоза природных полиплоидных форм // Цитология. ? 1999. ? Т. 41. ? № 12. ? С. 1038?1047.

34. Darevsky I. S., Kupriyanova L. A., Uzzel T. Parthenogenesis in Reptieles // Biology of the Reptilia. ? 1985. ? V. 15. ? P. 412?526.

35. Жизнь животных. В 6 томах. Земноводные, пресмыкающиеся. Т. Ч. 2., Ред. Зенкевич, Л.А.; Банников, А.Г.; Гиляров М.С. ? М.: Просвещение. ? 1969. ? 445-447с.

36. MacCulloch R. D., Murphy R. W., Kupriyanova L. A., Darevsky I. S. Clonal variation in the parthenogenetic rock lizard Lacerta armeniaca // Genome. ? 1995. ? V. 38. ? P. 1057?1060.

37. Csink A. K., Henikoff S. Something from nothing: the evolution and utility of satellite repeats // Trends in Genetics. ? 1998. ? V. 14. ? P. 200?204.

38. Wyman A., White R. A highly polymorphic locus in human DNA // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. ? 1980. ? V. 77. ? P. 64?74.

39. Jeffreys A. J., Wilson V., Tein S. L. Hypervariable minisatellite regions in human DNA // Nature. ? 1985. ? V. 314. ? P. 67?73.

40. Рысков А. П. Мультилокусный ДНК-фингерпринтинг в генетико- популяционных исследованиях биоразнообразия // Молекулярная биология. ? 1999. ? Т. 33. ? № 6. ? С. 997?1011.

41. Schafer R., Zischler H., Epplen J. T. (CAC)5, a very informative oligonucleotide probe for DNA fingerprinting // Nucleic Acids Research. ? 1988. ? V. 16. ? N. 11. ? P. 5196.

42. Schafer R. The conceptualisation of clinical facts // The International Journal of Psychoanalysis. ? 1994. ? V. 5?6. ? P. 1023?1030.

43. Wells R. D. Molecular basis of genetic instability of triplet repeats // Journal of Biological Chemistry. ? 1996. ? V. 271. ? N. 6. ? P. 2875?2878.

44. Urquhart A., Kimpton C. P., Downes T. J., Gill P. Variation in short tandem repeat sequences - a survey of twelve microsatellite loci for use as forensic identification markers // International Journal of Legal Medecine. ? 1994. ? V. 107. ? P. 13?20.

45. Brinkmann B., Klintschar M., Neuhuber F., Hьhne J., Rolf B. Mutation rate at human microsatellites: influence of the structure and and length of the tandem repeat // American Journal of Human Genetics. ? 1998. ? V. 62. ? P. 1408?1415.

46. Ellegren H. Microsatellite mutations in the germline: implication for evolutionary inference // Trends in genetics. ? 2000. ? V. 16. ? N. 12. ? P. 551?558.

47. La Rota. Nonrandom distribution and frequencies of genomic and EST-derived microsatellite markers in rice wheat and barley // BMC Genomics. ? 2005. ? V. 6. ? P. 23?35.

48. Katti M. V., Ranjekar P. K., Gupta V. S. Differential distribution of simple sequence repeats in eukaryotic genome sequences // Molecular Biology Evolution. ? 2001. ? V. 18. ? P. 1161?1167.

49. Ellegren H. Microsatellites: simple sequences with complex evolution // Genetics. ? 2004. ? V. 5. ? P. 435?445.

50. Wolfgang S., Cho S. Possible role of natural selection in the formation of Tanden-Repetitive noncoding DNA // Genetics. ? 1994. ? V. 136. ? P. 333?341.

51. Toth G., Gaspan Z., Jurka J. Microsatellites in different eukaryotic genomes survey and analysis // Genome Research. ? 2000. ? V. 10. ? P. 967?981.

52. Koreth J., O'leary J. J., McGee J. O. D. Microsatellites and PCR genomic analysis // Journal of Pathology. ? 1996. ? V. 178. ? P. 239?248.

53. Bachtrog D., Wegs S., Zangerl B., Brem C., Schlцtterer C. Distribution of dinucleotide microsatellites in the Drosophila melanogaster genome // Molecular Biology Evolution. ? 1999. ? V. 16. ? P. 602?610.

54. Subramanian S., Mishra R. K., Singh L. Genome-wide analysis of microsatellite repeats in humans: their abundance and density in specific genomic regions // Genome Biology. ? 2003. ? V. 4. ? N. 2. ? P. 13.

55. Himmelreich R., Hilbert H., Plagens H., Pirkl E., Li B. C., Herrmann R. Complete sequence analysis of the genome of the bacterium Mycoplasma pneumoniae // Nucleic Acids Research. ? 1996. ? V. 24. ? P. 4420?4449.

56. Metzgar D., Bytof J., Wills С. Selection against frameshift mutations limits microsatellite expansion in coding DNA // Genome Research. ? 2000. ? V. 10. ? P. 72?80.

57. Nadir E., Hargalit H., Gallily T., Ben-Sasson S. A. Microsatellite spreading in the human genome: Evolutionary mechanisms and structural implications // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. ? 1996. ? V. 93. ? P. 6470?6475.

58. Chambers G. K., MacAvoy E. S. Microsatellites: consensus and controversy // Comparative Biochemical Physiology. ? 2000. ? V. 126. ? P. 455?476.

59. Trifonov E. N. Tuning function of tandemly repeating sequences: a molecular device for fast adaptation // Proceedings of the International Conference on genomics and evolution. ? Costa Rica. ? 1999. ? P. 74.

60. Janzen M. A., Buoen L. B., Zhao F., Louis C. F. Characterization of a swine chromosome-specific centromeric higher-order repeat // Mammal Genome. ? 1999. ? V. 10. ? P. 579?584.

61. Eichler Е. Е. Repetitive conundrums of centromere structure and function // Human Molecular Genetics. ? 1999. ? V. 8. ? P. 151?155.

62. Albaneze V., Biguet N. F., Kiefer H., Bayard E., Mallet J., Meloni R. Quantitative effects on gene silencing by allelic variation in a tetranucleotide micosatellite // Human Molecular Genetics. ? 2001. ? V. 10. ? P. 1785?1792.

63. Wahls W. P., Moore P. D. Homologous recombination enhancement conferred by the Z?DNA motif d(TG)30 is abrogated by simian virus 40 Т antigen binding to adjacent DNA sequences // Molecular and Cellular Biology. ? 1990. ? V. 10. ? P. 794?800.

64. Wang Y. H., Griffin J. Expanded CTG repeats triplet blocks from myotonic dystrophy gene create the strongest known natural nucleosome positioning elements // Genomics. ? 1995. ? V. 25. ? P. 570?573.

65. Liu L., Dybvig K., Panangala V. S., van Santen V. L., French C. T. GAA trinucleotide repeat region regulates M9/pMGA gene expression in Mycoplasma gallisepticum // Infection and Immunity. ? 2000. ? V. 68. ? P. 871?876.

66. Klesert T. R., Otten A. D., Bird T. D., Tapscott S. J. Trinucleotide repeat expansion at the myotonic dystrophy locus reduces expression of DMAHP // Nature Genetics. ? 1997. ? V. 16. ? P. 402?406.

67. Giovannucci E., Stampfer M. J., Krithivas K., Brown M., Brufsky A., Talcott J., Hennekens C. H., Kantoff P. W. The CAG repeat within the androgen receptor gene and its relationship to prostate cancer // Proceedings of National Academy of Sciences. ? 1997. ? V. 94. ? P. 3320?3323.

68. Templeton A. R., Clark A. G., Weiss K. M., Nickerson D. A., Boerwinkle E., Sing C. F. Recombinational and mutational hot spots within the human lipoprotein lipase gene // American Journal of Human Genetics. ? 2000. ? V. 66. ? P. 69?83.

69. Wahls W. P., Wallace L. J., Moore P. D. The Z?DNA motif d(TG)30 promoters reception of information during gene conversion events while stimulating homologous recombination in human cells in culture // Molecular and Cellular Biology. ? 1990. ? V. 10. ? P. 785?793.

70. Treco D., Arnheim N. The evolutionary conserved repetitive sequence d(TG/AC)n promotes reciprocal exchange and generates unusual recombinant tetrads during yeast meiosis // Molecular and Cellular Biology. ? 1986. ? V. 6. ? P. 3934?3947.

71. Biet E., Sun J., Dutreix M. Conserved sequence preference in DNA binding among recombination proteins: an effect of ssDNA secondary structure // Nucleic Acids Research. ? 1999. ? V. 27. ? P. 596?600.

72. Field D., Wills С. Long, polymorphic microsatellite in simple organisms // Proceedings of Royal Society of London Biological Sciences. ? 1996. ? V. 263. ? P. 209?215.

73. Codegoni A. M., Bertoni F., Collela G., Caspani L., Grassi L., DММММ Incalci M., Broggini M. Microsatellite instability and frameshift mutations in genes involved in cell cycle progression or apoptosis in ovarian cancer // Oncology Research. ? 1999. ? V. 11. ? P. 297?301.

74. Bertoni F., Codegoni A. M., Furlan D., Tibiletti M. G., Capella C., Broggini M. CHK1 frameshift mutations in genetically unstable colorectal and endometrial cancers // Genes Chromosomes Cancer. ? 1999. ? V. 26. ? P. 176?180.

75. Зиновьева H. A., Сизарева Е. И., Гладырь E. A., Проскурина Н. В., Шавырина К. М. Некоторые аспекты использования микросателлитов в свиноводстве // Достижения науки и техники АПК. ? 2009. ? С. 14?18.

76. Топиха В. С., Крамаренко С. С., Луговой С. И. Оценка //Свинарство. - 2012. - №. 61. ? С. 5?9.

77. Weber J. L., Wong C. Mutation of human short tandem repeats // Human Molecular Genetic. ? 1993. ? V. 2. ? P. 1123?1128.

78. Zhivotovsky L. A., Rosenberg N. A., Feldman M. W. Features of evolution and expansion of modern humans, inferred from genomewide microsatellite markers // The American Journal of Human Genetics. ? 2003. ? V. 72. ? N. 5. ? P. 1171?1186.

79. Hedrick P. W. Highly variable loci and their interpretation in evolution and conservation // Evolution. ? 1999. ? V. 53. ? N. 2. ? P. 313?318.

80. Wang D. G., Fan J. B., Siao J. C., Berno A., Young P., Sapolsky R., Ghandour G., Perkins N., Winchester E., Spencer J., Kruglyak L., Stein L., Hsie L., Topaloglou T., Hubbell E., Robinson E., Mittmann M., Morris M. S., Shen N., Kilburn D., Rioux J., Nusbaum C., Rozen S., Hudson T. J., Lipshutz R., Chee M., Lander E. S. Large-scale identification, mapping, and genotyping of single- nucleotide polymorphisms in the human genome // Science. ? 1998. ? V. 280. ? P. 1077?1082.

81. Ziegle J. S., Su Y., Corcoran K. P., Nie L., Mayrand P. E., Hoff L. B., McBride L. J., Kronick M. N., Diehl S. R. Application of automated DNA sizing technology for genotyping microsatellite loci // Genomics. ? 1992. ? V. 14. ? N. 4. ? P. 1026?1031.

82. Hilbert P., Lindpaintner K., Beckmann J. S., Serikawa T., Soubrier F., Dubay C., Cartwright P., De Gouyon B., Julier C., Takahasi S., Vincent M., Ganten D., Georges M., Lathrop G. M. Chromosomal mapping of two genetic loci associated with blood-pressure regulation in hereditary hypertensive rats // Nature. ? 1991. ? V. 353. ? N. 6344. ? P. 521?529.

83. Rise M. L., Frankel W. N., Coffin J. M., Seyfried T. N. Genes for epilepsy mapped in the mouse // Science. ? 1991. ? V. 253. ? N. 5020. ? P. 669?673.

84. Pearson C.E., Sinden R.R. Alternative structures in duplex DNA formed within the trinucleotide repeats of the myotonic dystrophy and fragile X loci. // Biochemistry. ? 1996. ?V. 35. ? P. 5041 - 5053.

85. Goldstein D.B., Pollock D.D. Launching microsatellites: a review of mutation processes and methods of phylogenetic inference // Journal of Heredity. ?1997. ?V. 88. ? P. 335 - 342.

86. Ohta T., Kimura M. The model of mutation appropriate to calculate the number of electrophoretically detectable alleles in a genetic population // Genetics Research. ?1973. ?V. 22. ? P. 201 - 204.

87. Di Rienzo A., Peterson A.C., Garza J.C., Valdes A.M., Slatkin M. Mutational processes of simple sequence repeat loci in human populations. // Proceedings of National Academy of Sciences USA. ? 1994. ? V. 91. ?P. 3166 - 3170.

88. Djian P. Evolution of simple repeats in DNA and their relation to human disease. // Cell. ? 1998. ? V. 94. ? P. 155 - 160.

89. Осипов Ф.А., Вергун А.А., Гирнык А.Е., Кутузова Н.М., Рысков А.П. Молекулярно-генетическая характеристика аллельных вариантов микросателлитных локусов Du281, Du215 и Du323 у партеногенетических ящериц Darevskia rostombekovi (сем. Lacertidae) // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. ? 2016. ? № 2. ? С. 58?62.

90. Korchagin V. I., Badaeva T. N., Tokarskaya O. N., Martirosyan I. A. Molecular characterization of allelic variants of (GATA)n microsatellite loci in parthenogenetic lizards Darevskia unisexualis (Lacertidae) // Gene. ? 2007. ? V. 392. ? P. 126?133.

91. Gordenin D.A., Kunkel T.A., Resnick M.A. Repeat expansion - all in a flap? // Nature Genetics. ?1997. ?V. 16. ? P. 24 - 33.

92. Rubinsztein D.C., Leggo J., Coetzee G.A. Irvine, R. A., Buckley, M., Ferguson-Smith, M.A. Sequence variation and size ranges of CAG repeats in the Machado-Joseph disease, spinocerebellar ataxia type 1 and androgen receptor genes. // Human Molecular Genetics. ? 1995. ?V. 4. ?P. 1585 - 1590.

93. Colson I., Goldstein D.B. Evidence for complex mutations at microsatellite loci in Drosophila. // Genetics. ?1999. ?V. 152. ? P. 617 - 627.

94. Brookfield J.E.Y. Genome sequencing: the ripping yarn of the frozen genome. // Current Biology. ? 2003. ?V. 13. ? P. 552 - 553.



УСЛОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ

bp (base pairs) ? пара оснований (п.о.) или пара нуклеотидов (п.н.)

DNA (Deoxyribonucleic Acid) ? дезоксирибонуклеиновая кислота (ДНК) LINE (Long Interspersed Nuclear Element) - длинный диспергированный повтор

PCR (Polymerase Chain Reaction) - полимеразная цепная реакция (ПЦР) SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) - додецилсульфат натрия

SINE (Short Interspersed Nuclear Element) - короткий диспергированный повтор

SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) - однонуклеотидный полиморфизм SSR (Simple Sequence Repeats) - короткие простые повторы (short simple repeats)

STR (Short Tandem Repeats) - короткие тандемные повторы ТBE-буфер - Трис-боратный-ЭДТА буфер (ТБЭ-буфер)

ТЕ-буфер - Трис-ЭДТА буфер (ТЭ-буфер)

VNTR (variable number of tandem repeats) ? тандемный повтор с изменяющимся числом копий

ПААГ - полиакриламидный гель

ТЕМЕD - N,N,N',N' - тетраметилэтилендиамин (N,N,N',N' tetramethylethylenediamine)

ЭДТА (EDTA) - динатриевая соль этиледиаминтетрауксусной кислоты (ethylenediaminetetraacetic acid)

Размещено на Allbest.ru