Микрофлора нефтешламов и нефтезагрязненных грунтов различного происхождения
Особенности микробиологических сообществ в различных по происхождению нефтезагрязнённых субстратах. Исследование морфологических и культуральных признаков выделенных штаммов, их идентификация по белковым профилям время-пролетной масс-спектрометрии.
| Рубрика | Экология и охрана природы |
| Вид | дипломная работа |
| Язык | русский |
| Дата добавления | 06.01.2016 |
| Размер файла | 309,7 K |
Отправить свою хорошую работу в базу знаний просто. Используйте форму, расположенную ниже
Студенты, аспиранты, молодые ученые, использующие базу знаний в своей учебе и работе, будут вам очень благодарны.
Буровые отходы Западной Сибири
2.22 1а (1)
(В) (+)
Dietzia maris
МАЛДИ, морфолого-культуральные признаки
Буровые отходы Западной Сибири
2.22 1а (2)
(С) (-)
Acidovoraх avenae ssp avenae DSM 7227 HAM
Не соответствует идентификации по морфолого-культуральным признакам
Буровые отходы Западной Сибири
5.5у 5.1
(В) (+)
Pseudomonas
МАЛДИ, морфолого-культуральные признаки
Буровые отходы Западной Сибири
№ 5 5А
(А) (++)
Acinetobacter shindleri
МАЛДИ, морфолого-культуральные признаки
Буровые отходы Западной Сибири
№7 2.1 2a
(А) (++)
Rhodococcus erythropolis
МАЛДИ, морфолого-культуральные признаки
Буровые отходы Западной Сибири
№3 2.1
(А) (++)
Rhodococcus erythropolis
МАЛДИ, морфолого-культуральные признаки
Буровые отходы Западной Сибири
P 9
С (-)
Васillus
морфолого-культуральные признаки
Буровые отходы Западной Сибири
№ 6 4.4 Б
С (-)
Рseudomonas
морфолого-культуральные признаки
Буровые отходы Западной Сибири
Согласно таблице 9 из 94 изолятов по белковому профилю и морфолого-культуральным признакам до вида идентифицированы 24 культуры:
Pseudomonas stutzeri: 5.1, 3.10, 1.17, 1.1, 1.8 (2), 5.14, 5.10, 2.2 (2)
Аcinetobacter johnsonii: 4.11, 3.13
Аcinetobacter lwofii: 4.7
Bacillus thuringiensis: 4.6 (2)
Kocuria rosea: 1.13
Аrthrobacter crystallopoietes: 1.2
Pseudomonas mandelii: 2.11
Bacillus licheniformis: 3.11
Rhizobium radiobacter: 3.12
Eхiguobacterium aurantiacum: 5.3
Pseudomonas chlororaphis: 4.3
Acinetobacter shindleri: № 5 5А
Dietzia maris: 2.22 1 а (1)
Rhodococcus erythropolis: 2А, №7 2.1 2a, №3 2.1
Также до рода идентифицировано культур:
р Рseudomonas (18 культур): 5.7, 5.8, 5 5у 5.1, 4.4, 5.16, 1.11, 1.14, 1.9, 1.10, 1.4, 1.6, 1.7, 1.18, 1.19, 1.26, 1.10 (2), 1.24; 1.5 (2) б (2).
р. Bacillus (16 культур): 3.3 (2), 3.8 (1), 3.6 (2), 4.1, 2.10, 2.13, 3.22,,
5.19, 5.12, 5.18 (1), 5.18 (3), 5.21 (1), 1.22 (1), 1.22 (2), 3.2 (1) а, 5.21 (2)
р. Acinetobacter: 1.3, 3.9, 2.8, 2.9
р. Tsukamurella: 2.5
32 культуры не идентифицированы: 1.15, 1.16, 2.3, 2.4, 2.6, 2.7, 2.1, 3.1 (2) б, 3.8 (2), 3.6, 3.33, 3.5, 4.9, 4.13, 5.9 (1), 5.17, 5.4 (2), 5.4 (1), 5.5, 5.13, 2.22 1а (2),5.18 (2).1.20, 1.21, 5.15, № 6 4.4Б, P9, 3.33а, 4.5 (2), 4.5 (1) а, 3.7, 1.3
Это связано с тем, что база данных МАЛДИ ориентирована на патогенных и условно патогенных микроорганизмов человека, а не на почвенную микрофлору. Поэтому большинство штаммов не идентифицированы (0.000-1.699).
Таким образом, можно считать метод МАЛДИ не достоверным при определении видового состава почв, что подтверждается морфолого-культуральными признаками.
Как уже выяснено, из 94 штаммов не идентифицировано 32. Из них 4 культуры: активные нефтеокисляющие штаммы, выделенные из буровых отходов Западной Сибири: №7 2.1 2a, №3 2.1, № 6 4.4 Б, P 9, были отправлены на перепроверку их таксономической принадлежности во Всероссийскую коллекцию микроорганизмов (ВКМ) ИБФМ им. Г.К. Скрябина РАН, г. Пущено.
Таблица 10 - Результаты идентификации культур методом МАЛДИ (г. Пущено)
|
Номер анализируемого образца |
Подходящая характеристика |
Оценка значения |
Цвет |
|
|
№72.1 2a |
Rhodococcus erythropolis |
1.887 |
Желтый |
|
|
№32.1 |
Rhodococcus erythropolis |
1.836 |
Желтый |
|
|
№6 4.4 Б |
Ненадежная идентификация |
1.634 |
Красный |
|
|
Р9 |
Ненадежная идентификация |
1.166 |
Красный |
В результате проведенной идентификации методом МАЛДИ до вида определилось 2 штамма: №7 2.1 2a, №3 2.1 Культуры № 6 4.4 Б, P 9 не были идентифицированы методом МАЛДИ. Для них было произведено ПРЦ с последующим секвенированием гена 16р РНК
Таблиц 11 - Уровни сходства по генам 16S рРНК исследуемых штаммов с ближайшими типовыми штаммами
|
Штамм ВКМ |
Ближайший типовой штамм |
% сходства |
|
|
Pseudomonas sp. №6 |
Pseudomonas stutzeri ATCC 17588 (T) |
98.77 |
|
|
Bacilus sp.8 (P9) |
Bacilus beringensis BR035 (T) |
99.74 |
В результате проведённого анализа штаммы были идентифицированы как Pseudomonas stutzeri, Bacilus beringensis.
Также среди неидентифицированных 32 культур методом МАЛДИ были представители филума Асtinobacteria. Для таких штаммов 4.5 1 (а), 4.5 (2), 2А, 3.7, 2.1, 1.3 был произведён тест на определение содержание миколовых кислот. В результате чего культуры были все отнесены к р. Rhodococcus sp.
Остальные же 24 неидентифицированных штамма были отнесены к различным группам по определителю Берджи (9-го издания).
Таблица - 12 Распределение неидентифицированных штаммов в различные группы по определителю Берджи (9-е издание)
|
Образец |
Группа 4. Грамотриц., Аэробные/ микроаэробные палочки и кокки |
Группа 18. Грамполож. палочки и кокки, образ. эндоспоры |
Группа 20. Грамполож. неспорообразующ. палочки неправ. формы |
|
|
Незагрязненный грунт |
- |
Г +, прямые палочки, 3-4 мкм, субтермин. распол. спор, споры цилиндрической формы, Ш 0,7 - 0,9 |
- |
|
|
Нефтеза-грязнённый грунт |
Г-, прямые палочки, 1-1,5 мкм, спор нет, Ш 0,5мкм |
Г +, палочки, 2-2,5 мкм, субтерминальное расположение спор, споры цилиндрической формы, Ш 0,7-0,8 мкм |
Г +, правильные палочки, 2-2,5 мкм, клетки часто образуют зигзагообразные цепочки, субтерминальное расположение спор, споры вытянутой цилиндрической формы, Ш 0,7-0,8 мкм |
|
|
Свежий шлам |
Г-, прямые палочки, 2-3 мкм спор нет, Ш 0,4-0,5 мкм |
Г +, правильные палочки, с заострёнными концами, 2-3 мкм, субтерминальное распол. спор, споры цилиндрические, Ш 0,5-0,7 мкм |
Г +, одиночные кокки, объединяются в скопления, встречаются палисадные структуры, V-образные структуры |
|
|
Шлам в процессе биоремедиации |
Г-, прямые палочки, 2-3 мкм спор нет, Ш 0,5 мкм |
Г+, палочки, 1 мкм, субтерминальное распол. спор, споры вытянуто цилиндрические, Ш 0,4 мкм |
Г+, палочки, встречаются палисадные структуры, V-образные структуры, разнообразные по форме и длине, спор нет |
|
|
Шлам длительного срока хранения |
Г-, прямые палочки, 1-1,5мкм, спор нет, Ш 0,4-0,5 мкм |
Г+, прямые палочки, 3-4 мкм, субтерминальное распол. спор, споры цилиндрической формы, Ш 0,3-0,4 мкм |
- |
|
|
Буровые отходы Западной Сибири |
Г +, прямые палочки, 2-3 мкм спор нет, Ш 0,5 мкм |
- |
- |
Так, в незагрязнённом грунте неидентифицированы 4 культуры отнесенны к группе 18 (грамположит. палочки и кокки образ. эндоспоры), в шламе длительного рока хранения 5 штаммов относящ. к группе 4и 18. Самый большое количество недентифициранных штаммов (9культур) наблюдается в шламе в процессе биоремедиации, такие культуры по определителю были отнесены к 4,18,20 группам, что говорит об активной биоочистке и высоком видовом разнообразии и преобладанием актинобактерий в образце (основных бодемструктров нефти в нефтешламах).
3.2 Анализ микрофлоры исследуемых образцов и учёт нефтеокисляющей активности выделенных культур
В результате проведённой идентификации различными методами было выявлено, что:
В образце с незагрязнённым грунтом из 17 выделенных штаммов преобладал р. Ваcillus (8 культур), кроме того в образце с меньшей частотой встречались представители рода Pseudomonas, Аcinetobacter, Kocuria, Rhizobium, что свидельствует о большом микробиологическом разнообразии в чистом грунте, здесь встречаются как биодеструкторы нефти, так и обычные представитель микрофлоры почв.
В образце с нефтезагрязнённым грунтом можно заметить более низкий видовой состав, по сравнению с незагрязнённым грунтом, так из 10 выделенных штаммов наиболее часто встречаются Pseudomonas, Аcinetobacter, Ваcillus что, предположительно, связано с развитием узкоспециализированного сообщества микроорганизмов биодеструкторов нефти.
В образце со свежим шламом, где наблюдается высокое разнообразие (из 25 штаммов) преобладают р. Pseudomonas.
Это объясняется тем, что представители это рода плохо переносит условия конкуренции, но быстро заселяют новые ниши благодаря высокой скорости роста и способности усваивать лёгкие парафины и нафталины нефти, а также свидетельствует о начальных процессах биоремедиционных процессов. Также встречаются представители родов Аcinetobacter, Ваcillus,Kocuria, Аrthrobacter.
В шламе длительного срока хранения же из 12 культур преобладают р. Pseudomonas, Ваcillus, Аrthrobacter, Tsukamurella, что свидетельствует постепенной смене грамположительных спорообразующих форм неспорообразующими формами.
В шламе в процессе биоремедиации из 22 - х выделенных изолятов преобладают рода: Ваcillus, Pseudomonas, а выявлены представители рода Rhizоbium, Eхiguobacterium, что также свидетельствует об процессах биодеструкции и формировании нефтеокисляющих сообществ микроорганизмов.
В буровых отходах Западной Сибири наблюдается наименьшее видовое разнообразие и преобладание нефтеокисляющих бактерий из таких родов как: Аcinetobacter, Pseudomonas, Dietzia, Rhodococcus.
Обнаружили, что представители рода Pseudomonas чаще всего встречались в образце со свежим шламом, доставленным с полигона ООО "АРБ" Абинского района, ст. Хомская.
Это свидетельствует о том, что в данном образце происходят начальные стадии биоремедиации. А представители рода Bacillus чаще всего встречались в образце со шламом в процессе биоремедиации с того же полигона. Это показывает, что в данном образце интенсивно происходит процесс деструкции нефти.
|
Количество неиден-тифицированных штаммов |
4 |
4 |
4 |
8 |
5 |
3 |
|
|
Нефтеокислящ. активность |
++++ (1) ++ (1) + (10) (5) |
++ (2) + (8) |
+++ (1) ++ (2) + (21) (2) |
+++ (4) ++ (2) + (14) (2) |
+++ (2) ++ (1) + (10) |
++ (2) ++++ (1) +++ (2) |
|
|
Tsukamurella |
- |
- |
- |
- |
1 |
- |
|
|
Rhodococcus |
- |
- |
- |
- |
- |
3 |
|
|
Dietzia |
- |
- |
- |
- |
- |
1 |
|
|
Eхiguobacte-rium |
- |
- |
- |
1 |
- |
- |
|
|
Rhizobium |
1 |
- |
- |
1 |
- |
- |
|
|
Аrthrobacter |
- |
- |
1 |
- |
- |
- |
|
|
Kocuria |
1 |
- |
1 |
- |
- |
- |
|
|
Bacillus |
8 |
2 |
1 |
6 |
2 |
- |
|
|
Аcinetobacter |
2 |
2 |
1 |
- |
2 |
1 |
|
|
Pseudomonas |
1 |
2 |
13 |
6 |
2 |
1 |
|
|
Количество выделенных штаммов |
17 |
10 |
25 |
22 |
12 |
8 |
|
|
Образец |
Незагрязненный грунт |
Нефтеза-грязнённый грунт |
Свежий шлам |
Шлам в процессе биореме-диации |
Шлам длительного срока хранения |
Буровые отходы Запад. Сибири |
Рисунок 3 - Доля нефтеокисляющих культур от общего количества выделенных штаммов, %
Нефтеокисляющая активность штаммов в исследуемых образцах:
Незагрязнённый грунт 17 штаммов из них:
Kocuria rosea (++++)
Рseudomonas stutzeri (++)
10 (+): 6 Bacillus sp, Аcinetobacter johnsonii, Acinetobacter sp, Rhizobium radiobacter, Bacillus licheniformis
Нефтезагрязнённый грунт10 штаммов из них:
2 (++) Группа 18 Грамполож. палочки и кокки, образ. эндоспоры;
8 (+): Аcinetobacter johnsonii, Аcinetobacter lwofii, Bacillus thuringiensis, Pseudomonas chlororaphis, Pseudomonas sp, Bacillus sp,
1 Г +, прямые палочки. Группа 4. Грамотриц., Аэробные/микроаэробные палочки и кокки (++)
1 Группа 18. Грамполож. палочки и кокки, образ. эндоспоры
Свежий шлам25 штаммов из них:
Kocuria rosea (+++),
Рseudomonas sр (++),Bacillus sp (++),
21 (+): 11Pseudomonas sp,5Рseudomonas stutzeri, Bacillus sp, 2 Группа 18. Грамполож. палочки и кокки, образ. эндоспоры, 2Группа4. Грамотриц., Аэробные/микроаэробные палочки и кокки
Шлам в процессе биоремедиации 21 штамм из них:
2 Г+, палочки. Группа 20. Грамполож. неспорообразующ. палочки неправ. формы (+++), 2 Рseudomonas sp (+++)
Bacillus sp (++), Рseudomonas stutzeri (++)
14 (+): 1Eхiguobacterium aurantiacum
3 Рseudomonas stutzeri
4 Bacillus sp
1Группа4. Грамотриц., Аэробные/микроаэробные палочки и кокки
1Группа 20. Грамполож. неспорообразующ. палочки неправ. формы
2Группа 18. Грамполож. палочки и кокки, образ. эндоспоры 2Группа4. Грамотриц., Аэробные/микроаэробные палочки и кокки
Шлам длительного срока хранения 12 штаммов из них:
2Acinetobacter sp (+++)
Tsukamurella sp. (++)
9 (+): 2 Bacillus sp, 1Рseudomonas stutzeri, 1Pseudomonas mandelii,
4Группа4. Грамотриц., Аэробные/микроаэробные палочки и кокки
1Группа 18. Грамполож. палочки и кокки, образ. эндоспоры
Буровые отходы Сибири 9:
1 Аcinetobacter shindleri (++)
2Г +, прямые палочки. Группа4. Грамотриц., Аэробные/микроаэробные палочки и кокки, 1 Г - Acinetobacter shindleri,Рseudomonasstutzri,Bacilus beringensis (++)
Dietzia maris (+++)
3Rhodococcus erythropolis (++++);
Заключение
По результатам проделанной работы можно сделать следующие выводы:
1. Из выделенных 91 штаммов преобладали р. Bacillus, Pseudomonas, Acinetobacter, самым распространённым видом среди образцов являлся Pseudomonas stutzeri.
2. Результаты, полученные с помощью метода МАЛДИ масс-спектрометрии, не всегда согласуются с данными, полученными на основании морфолого-культуральных признаков.
3. Из 92 штамма 14 относятся к филуму Actinobacteria, что составляет 16% от общего числа выделенных культур.
4. Из 94 выделенных культур 90 являются нефтеокисляющими штаммами, свидетельствует об активной деструкции углеводородов в данных образцах.
Библиографический список
1. Oборин А.А., Рубинштейн Л.М., Хмурчик В.Т. Роль подземной микробиоты в потоках углерода в верхней части литосферы // Геология, геофизика и разработка нефтяных и газовых месторождений. 2005. № 9-10. С.34-36.
2. Бактерии-деструкторы полициклических ароматических углеводородов, выделенные из почв и донных отложений района солеразработок / Е.Г. Плотникова [и др.] // Микробиология. 2001. Т.70. № 1. С.61 - 70.
3. Беседина E.Н. Микрофлора нефтешлама длительного срока хранения, подвергнутого биоремидиации / Дипломная работа. Краснодар. 2007.63с.
4. Видовая структура угеводородокисляющих бактериоценозов водных экосистем разных климатических зон / Т.М. Коронелли [и др.] // Микробиология. 1994. Т.63. № 5. С.917 - 922.
5. Влияние источника углерода на устойчивость к тяжёлым металлам штаммов нефтеокисляющих актинобактерий, используемых в процессах биоремидиации / А.А. Худокормов [и др.] // Научный журнал КубГАУ. 2012. Т.9. № 83. С.1-10.
6. Выбор активного микроорганизма - деструктора углеводородов для очистки нефтезагрязнённых почв / Е.В. Стабникова [и др.] // Прикладная биохимия и микробиология. 1995. № 5. Т.31. С.534 - 539.
7. Звягинцев Д.Г. Взаимодействие микроорганизмов с твёрдыми поверхностями. 1973. Изд-во МГУ.176 с.
8. Неведрова О.А. Микробиологический контроль процессов биоремидиации нефтешламов и нефтезагрязненных почв / Дипломная работа. Краснодар. 2002.44с.
9. Особенности распределения и физиологического состояния микроорганизмов нефтешлама - отхода нефтяного производства / Е.В. Никитина [и др.] // Микробиология. 2003. Т.72. № 15. С.699-706.
10. Особенности химического состава нефтешлама - отхода нефтехимического производства / О.И. Якушева [и др.] // Материалы 6 Международной концеренции "Нефтехимия - 2002". 2002. С.271 - 276.
11. Перспективные методы очистки нефтешламов и нефтесодержащих сточных вод / С.Н. Степаненко [и др.] // Фундаментальные исследования. 2005. № 6. С.76-79.
12. Плешакова Е.В. Эколого-функциональные аспекты микробной ремедиации нефтезагрязнённых почв. Автореферат дис. д. б. н. 2010.48 с.
13. Родококки как природный сорбент углеводородов / С.Г. Коронелли [и др.] // Микробиология. 1986. Т.55. № 4. С.683 - 685.
14. Ягафарова Г.Г., Барахнина В.Б. Утилизация экологически опасных бурвых отходов // Нефтегазовое дело. 2006. № 2. С.48-61.
15. Беляков А.Ю., Плешакова Е.В. Скрининг микроорганизмов-деструкторов // Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия. Химия. Биология. Экология. 2013. Т.13. № 4. С.39-41.
16. Яковлев А.С., Прохоров А.Н., Решетина Т.В. Об охране почв // Бюллетень "Использование и охрана природных ресурсов в России". 2001. № 7. С.49-52.
17. Создание и применения жидкого препарата на основе ассоциации нефтеокисляющих бактерий / В.А. Чугуров [и др.] // Прикладная биохимия и микробиология. 2000. Т 36. № 6. С.666-671.
18. Сопрунов О.Б., Клюянова М.А. Штаммы - деструкторы нефтяных углеводородов // Вестник АГТУ. 2007. Т.36. № 1. С.180-182.
19. Хомякова Д.В., Ботвинко И.В., Нетрусов А.И. Выделение психроактивных углеродокисляющих бактерий из нефтезагрязнённых почв // Прикладная биохимия и микробиология. 2003. Т 39. № 6. С.661-664.
20. Биодеградация углеводородов Rhodococcus sp. (R.ruber) 1718 и Rhodococcus sp. (R. erythopolis) 1715/А.А. Мац [и др.] // Тезисные доклады Международного симпозиума "Интродукция микроорганизмов в окружающую среду", 18-21 апреля 1994.1994. С.68 - 69.
21. Большой Энциклопедический словарь "Химия" / под ред. Кнунянц. М., 1998.800с.
22. Выделение и характеристика микроорганизмов - деструкторов полициклических ароматических углеводородов / И.Ф. Пунтус [и др.] // Микробиология. 1997. Т.66. № 2. С.269-272.
23. Якушева О.И., Никоноров В.Н., Кияненко Г.В. Особенности химического состава нефтешлама - отхода нефтехимического производства // Материалы 6 Международной конференции " Нефтехимия-2002". 2002. С.271 - 276.
24. Нефтеокисляющий штамм Rhodococcus erythopolis В2 как основа создания биопрепарата для ликвидации углеводородных загрязнений и рекультивации земель / Э.В. Карасёва [и др.] // Научный журнал КубГАУ. 2012. Т.9. № 83. С.1-13.
25. Использование бактерии Arthobacter при биоремедиации нефтезагрязнённых почв / Н.Б. Градова [и др.] // Прикладная биохимия и микробиология. 2003. Т.39. № 3. С.318 - 322.
26. Волченко Н.Н., Карасёва Э.В. Скрининг углеводородокисляющих бактерий - продуцентов поверхностно - активных веществ биологической природы и их применение в опыте по ремедиации нефтезарязнённой почвы и нефтешлама // Биотехнология. 2006. № 2. С.57 - 62.
27. Никитина Е.В., Зарипов С.А., Частухина И.Б. Нефтешлам - источник микроорганизмов-деструкторов // Международная конференция студентов и аспирантов "Локомотив-2000", 10-14 апреля 2000.2000. С.143 - 144.
28. Тeske A. P. Тhe deep subsurface biosphere is alive and well // Trends in Microbiology. 2005. Vol.13. № 9. P.402 - 404.
29. Attached and unattached microbial communities in a simulated basalt a simulated aquifer under fracture - and porous-flow conditions / Lehman R. M [et al.] // Аррlied and Environmental Microbiology. 2001. Vol.67. № 6. P.27.
30. Humic substances as a mediator for microbially catalised metal reduction / Lovley D. R [et al.] // Acta Hydrochimica et Hydrobiologia. 1998. Vol.26. № 3. Р.152-157.
31. Sinclair J. L.,. Ghiorse W.С. Distribution of aerobic bacteria,рrotozoa,algae and fungi in deep subsurface sediments // Geomicrobiol. J. 1989. Vol.7. № 1. P.9-16.
32. Практикум по микробиологии / под. ред. Н.С. Егорова. Изд-во МГУ. 1976.306 с.
Приложения
Приложение А
Таблица А 1 - Результаты идентификации культур по белковым профилям (МАЛДИ), выделенные из свежего шлама
|
Номер анализируемого образца |
Лучшее совпадение |
Оценка значения |
Второе лучшее совпадения |
Оценка значения |
|
|
1.11 (С) (-) |
Pseudomonas aeruginosa |
1.203 |
Pseudomonas aeruginosa |
1.176 |
|
|
1.13 (А) (++) |
Kocuria rosea |
2.001 |
Kocuria роlaris |
1.924 |
|
|
1.14 (С) (-) |
Pseudomonas libanensis |
1.492 |
Ненадежная идентификация |
||
|
1.16 (С) (-) |
Arthobacter kerguelensis |
1.413 |
Ненадежная идентификация |
||
|
1.9 (В) (+) |
Рseudomonas stutzeri |
1.774 |
Ненадежная идентификация |
1.471 |
|
|
1.10 (С) (-) |
Рseudomonas stutzeri |
1.415 |
Ненадежная идентификация |
||
|
1.4 (В) (+) |
Рseudomonas stutzeri |
1.791 |
Рseudomonas stutzeri |
1.771 |
|
|
1.6 (B) (+) |
Рseudomonas хаnthomarina |
1.737 |
Ненадежная идентификация |
1.557 |
|
|
1.7; 1.1 (С) (-) |
Рseudomonas stutzeri |
2.196 |
Рseudomonas stutzeri |
2.04 |
|
|
1.8 (2) (А) (++) |
Рseudomonas stutzeri |
2.11 |
Рseudomonas stutzeri |
2.09 |
|
|
1.2 (А) (++) |
Arthrobacter crystallopoietes |
2.001 |
Ненадежная идентификация |
||
|
1.3 |
Асinetobacter lwoffii |
1.334 |
Асinetobacter lwoffii |
1.302 |
|
|
1.20 (С) (-) |
Рseudomonas хаnthomarina |
1.472 |
Ненадежная идентификация |
||
|
1.21 (С) (-) |
Bacillus acidicola |
1.383 |
Ненадежная идентификация |
||
|
1.22 (1); 1.22 (2) |
Bacillus simplex |
1.771 |
Bacillus muralis |
1.705 |
|
|
1.18 (В) (+) |
Рseudomonas stutzeri |
1.714 |
Ненадежная идентификация |
||
|
1.17 (А) (++) |
Рseudomonas stutzeri |
2.09 |
Ненадежная идентификация |
||
|
1.19 (В) (+) |
Рseudomonas stutzeri |
1.821 |
Ненадежная идентификация |
||
|
1.26 (В) (+) |
Рseudomonas хanthomarina |
1.737 |
Ненадежная идентификация |
||
|
1.10 (2); 1.24 (С) (-) |
Pseudomonas stutzeri B367 UFL |
1,604 |
|||
|
1.5 (2) б2 (С) (-) |
Рseudomonas stutzeri |
1.524 |
Ненадежная идентификация |
||
|
1.15 (С) (-) |
Stenotrophomonas maltophilia (PХ) 23086229 MLD |
1.417 |
Приложение Б
Таблица Б 1 - Результаты идентификации культур по белковым профилям (МАЛДИ), выделенные из шлама длительного хранения
|
Номер анализируемого образца |
Лучшее совпадение |
Оценка значения |
Второе лучшее совпадения |
Оценка значения |
|
|
2.9; 2.8 (А) (++) |
Асinetobacter lwoffii |
2.081 |
Асinetobacter lwoffii |
2.016 |
|
|
2.10 (В) (+) |
Bacillus thuringiensis |
1.822 |
Bacillus certus |
1.807 |
|
|
2.11 (А) (++) |
Рseudomonas mandelii |
2.191 |
Рseudomonas frederiksbergensis |
1.987 |
|
|
2.13 (В) (+) |
Вacillus firmus |
1.721 |
Ненадежная идентификация |
1.43 |
|
|
2.3 (С) (-) |
Clostridium innocuum |
1.446 |
Ненадежная идентификация |
1.293 |
|
|
2.4 (С) (-) |
Staphylococcus vitulinus |
1.221 |
Ненадежная идентификация |
1.216 |
|
|
2.5 (С) (-) |
Tsukamurella sp |
1.372 |
Ненадежная идентификация |
1.28 |
|
|
2.2 (2) (А) (++) |
Рseudomonas stutzeri |
2.175 |
Рseudomonas stutzeri |
2.105 |
|
|
2.6 (С) (-) |
Clostridium bifermintas |
1.372 |
Ненадежная идентификация |
||
|
2.7 (С) (-) |
Еnretococcus faecium |
1.073 |
Ненадежная идентификация |
||
|
2.1 (С) (-) |
Аromatoleum buckelii |
1.49 |
Ненадежная идентификация |
Приложение В
Таблица В 1 - Результаты идентификации культур по белковым профилям (МАЛДИ), выделенные из незагрязнённого грунта
|
Номер анализируемого образца |
Лучшее совпадение |
Оценка значения |
Второе лучшее совпадения |
Оценка значения |
|
|
3.1 (2) б (С) (-) |
Novosphingobium resinovorum DSM 10700 HAM |
1,374 |
|||
|
3.8 (2) (С) (-) |
Chryseobacterium scophthalmum |
1.611 |
Ненадежная идентификация |
1.447 |
|
|
3.22 (В) (+) |
Bacillus muralis |
1.702 |
Ненадежная идентификация |
1.682 |
|
|
3.33 (В) (+) |
Bacillus аrsenicus |
1.851 |
Ненадежная идентификация |
1.563 |
|
|
3.6 (С) (-) |
Stahylococcus hominis ssp novobiosepticus |
1.339 |
Ненадежная идентификация |
1.317 |
|
|
3.8 (1) (С) (-) |
Bacillus megaterium |
1.611 |
1.447 |
||
|
3.9 (В) (+) |
Асinetobacter lwoffii |
1.938 |
Асinetobacter lwoffii |
1.915 |
|
|
3.10 (А) (++) |
Рseudomonas stutzeri |
2.015 |
Рseudomonas stutzeri |
1.911 |
|
|
3.11 (2) (А) (++) |
Bacillus licheniformis |
2.045 |
Ненадежная идентификация |
1.571 |
|
|
3.12 (А) (++) |
Rhizobium radiobacter |
2.217 |
Rhizobium radiobacter |
2.182 |
|
|
3.6 (2) (В) (+) |
Bacillus simрlex |
1.861 |
Ненадежная идентификация |
||
|
3.2 (1) а |
Bacillus simрlex |
1.861 |
Ненадежная идентификация |
||
|
3.33а (С) (-) |
Lodderomyces elongisporus |
1.286 |
Ненадежная идентификация |
||
|
3.5 (С) (-) |
Тrauera chlorobenzoica |
1.305 |
Ненадежная идентификация |
||
|
3.13 (А) (++) |
Аcinetobacter johnsonii |
2.298 |
Аcinetobacter johnsonii |
2.243 |
|
|
3.7 (В) (+) |
Kocuria rosea |
1.881 |
Kocuria rosea |
1.819 |
Приложение Г
Таблица Г 1 - Результаты идентификации культур по белковым профилям (МАЛДИ), выделенные из шлама в процессе биоремидиации
|
Номер анализируемого образца |
Лучшее совпадение |
Оценка значения |
Второе лучшее совпадения |
Оценка значения |
|
|
5.9 (1) (С) (-) |
Сlostridium cochlearium 1050 NCTC 2909 BOG |
1,395 |
|||
|
5.10; 5.14 (А) (++) |
Рseudomonas stutzeri |
2.06 |
Рseudomonas stutzeri |
2.049 |
|
|
5.17 (С) (-) |
Clostridium sphenoides |
1.331 |
Ненадежная идентификация |
1.323 |
|
|
5.19 (С) (-) |
Bacillus pumilus |
1.555 |
Ненадежная идентификация |
1.547 |
|
|
5.12 (С) (-) |
Bacillus horikoshii |
1.698 |
Ненадежная идентификация |
||
|
5.18 (1) (С) (-) |
Bacillus safensis |
1.243 |
Не надежная идентификация |
1.229 |
|
|
5.18 (2) (С) (-) |
Bacillus safensis |
1.243 |
Ненадежная идентификация |
1.229 |
|
|
5.18 (3) (С) (-) |
Bacillus safensis |
1.243 |
Ненадежная идентификация |
1.229 |
|
|
5.4 (2) (С) (-) |
Trichosporon mucoides |
1.384 |
Ненадежная идентификация |
1.361 |
|
|
5.4 (1) (С) (-) |
Trichosporon mucoides |
1.384 |
Ненадежная идентификация |
1.361 |
|
|
5.16 (В) (+) |
Рseudomonas stutzeri |
1.73 |
Ненадежная идентификация |
||
|
5.21 (1) (С) (-) |
Bacillus pumilus |
1.436 |
Не надежная идентификация |
||
|
5.21 (2) (С) (-) |
Bacillus pumilus |
1.436 |
Не надежная идентификация |
||
|
5.1 (А) (++) |
Рseudomonas stutzeri |
2.15 |
Рseudomonas stutzeri |
2.033 |
|
|
5.7; 5.8 (С) (-) |
Рseudomonas хаnthomarinа |
1.539 |
Ненадежная идентификация |
||
|
5.15 (А) (++) |
Rhizobium radiobacter |
2.128 |
Rhizobium radiobacter |
2.126 |
|
|
5.3 (А) (++) |
Eхiguobacterium aurantiacum |
2.18 |
Ненадежная идентификация |
||
|
5.5 (С) (-) |
Lactobacillus parahlantarum |
1.355 |
Ненадежная идентификация |
||
|
5.13 (С) (-) |
Stenotrophomonas maltophilla |
1278 |
Ненадежная идентификация |
Приложение Д
Таблица Д 1 - Результаты идентификации культур по белковым профилям (МАЛДИ), выделенные из буровых отходов Западной Сибири
|
Номер анализируемого образца |
Лучшее совпадение |
Оценка значения |
Второе лучшее совпадения |
Оценка значения |
|
|
2А (А) (++) |
Rhodococcus erythropolis |
2.217 |
Rhodococcus erythropolis |
1.735 |
|
|
2.22 1а (1); 2.22 1а (2) (В) (+) |
Dietzia maris |
1.758 |
|||
|
5.5у 5.1 (В) (+) |
Pseudomonas mendocina |
1.814 |
Pseudomonas oleovorans |
1.806 |
|
|
№ 5 5А (А) (++) |
Acinetobacter shindleri |
2.052 |
Ненадежная идентификация |
||
|
№7 2.1 2a (В) (+) |
Rhodococcus erythropolis |
1.887 |
|||
|
№3 2.1 (В) (+) |
Rhodococcus erythropolis |
1.836 |
|||
|
P 9 (С) (-) |
Васillus |
||||
|
№ 6 4.4 Б (С) (-) |
Рseudomonas |
Приложение Е
Таблица Е 1 - Результаты идентификации выделенных культур по белковым профилям (МАЛДИ), выделенные из нефтезагрязнённого грунта
|
Номер анализируемого образца |
Лучшее совпадение |
Оценка значения |
Второе лучшее совпадения |
Оценка значения |
|
|
4.1 (С) (-) |
Bacillus megaterium |
1.589 |
Ненадежная идентификация |
||
|
4.5 (2); 4.5 (1) а (В) (++) |
Enterobacter cloacae |
2.161 |
Enterobacter ludwigii |
2.081 |
|
|
4.6 (2) (С) (-) |
Bacillus thuringiensis DSM 2046T DSM |
1.679 |
|||
|
4.7 (А) (++) |
Асinetobacter lwoffii |
2.048 |
Асinetobacter lwoffii |
2.03 |
|
|
4.11 (А) (++) |
Аcinetobacter johnsonii |
2.275 |
Аcinetobacter johnsonii |
2.213 |
|
|
4.9 (В) (+) |
Enterobacter cloacae |
1.782 |
Ненадежная идентификация |
||
|
4.13 (С) (-) |
Lactobacillus amylovorus |
1.424 |
Не надежная идентификация |
||
|
4.3 (А) (++) |
Pseudomonas chlororaphis |
2.014 |
Pseudomonas kilonrnsis |
||
|
4.4 (С) (-) |
Рseudomonas stutzeri |
1.653 |
Ненадежная идентификация |
Приложение Ж
Сиквенс фрагмента гена 16S рРНК штамма №6
GGGGGACAACGTTTcGAAAGGAACGCTAATACCGCATACGTCCTACGGGAGAAAGCAGGGGACCTTCGGGCCTTGCGCTATCAGATGAGCCTAGGTCGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCGACGATCCGTAACTGGTCTGAGAGGATGATCAGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGYGAAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAAGCACTTTAAGTTGGGAGGAAGGGCAGTAAGCTAATACCTTGCTGTTTTGACGTTACCGACAGAATAAGCACCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGTGGTTCGTTAAGTTGGATGTGAAAGCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATCCAAAACTGGCGAGCTAGAGTATGGCAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGGCTAATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTAGCCGTTGGGATCCTTGAGATCTTAGTGGCGCAGCTAACGCaTTAAGT
Сиквенс фрагмента гена 16S рРНК штамма 8 (P9)
CcTATGAGAcTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGGCTAATACCGGATAATTCTTTTCTACACATGTAGAAAAGCTGAAAGATGGTTTCGGCTATCACTCATAGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGGAGTAACTGCCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTCTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGGAGAGAAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTTTGGCCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCAAACGCATTAАGCAСTCCGCСTGG
Размещено на Allbest.ru
Подобные документы
Понятие и характеристика метода масс-спектрометрии. Масс-спектрометры с двойной фокусировкой в масс-спектрометрии с индуктивно-связанной плазмой. Использование хромато–масс–спектрометрии в идентификации загрязнителей природных сред, оборудование.
курсовая работа [71,9 K], добавлен 07.01.2010Методика и технология восстановления нефтезагрязнённых земель. Виды и способы получения биопрепаратов, их показатели. Эффективность технологии рекультивации загрязненных земель нефтью на основе аборигенных штаммов, разработанная ЗАО НПС "Элита-комплекс".
дипломная работа [57,8 K], добавлен 18.07.2010Компоненты нефти и их негативное влияние на окружающую природную среду. Виды микроорганизмов-деструкторов нефти и нефтепродуктов. Понятие и подходы биоремедиации, способы рекультивации нефтезагрязнённых почв и грунтов с применением методов биоремедиации.
реферат [72,0 K], добавлен 18.05.2015Бактерии группы кишечной палочки (БГКП). Соотношение исследуемых штаммов с родами БГКП. Обнаружение БГКП в объектах внешней среды. Загрязнение выделениями человека или животного. Идентификация выделенных штаммов микроорганизмов в почвах Тульской области.
статья [15,6 K], добавлен 13.07.2015Характеристика методов и способов обезвреживания нефтезагрязненных субстратов. Анализ методов оценки нефтяного загрязнения почв и подходов к их восстановлению. Биоремедиация и трансформация нефти в почве микробиологическим препаратом и дождевыми червями.
дипломная работа [115,1 K], добавлен 01.04.2011Анализ основных методов переработки нефтешламов и очистки сточных вод предприятия. Обоснование и выбор аппаратов для механической, физической переработки нефтешламов. Технологическая схема переработки нефтешламов и очистки сточных вод предприятия.
дипломная работа [1,6 M], добавлен 05.09.2010Экологически чистые материалы - решение проблемы утилизации полимерных отходов. Идентификация бактерий-деструкторов полигидроксиалканоатов, выделенных из пресной воды тропических искусственных водоемов и бактериальной микрофлоры почвы дендрария.
курсовая работа [2,2 M], добавлен 11.12.2014Сущность технологии электроогневой утилизации нефтешламов, устройство экспериментальной установки. Последовательность этапов новой технологии переработки нефтешпамов, состоящей в сжигании тяжелых фракций нефтешламов в сильном электрическом поле.
реферат [354,5 K], добавлен 12.12.2011Влияние нефти и нефтепродуктов на окружающую природную среду. Компоненты нефти и их действие. Нефтяное загрязнение почв. Способы рекультивации нефтезагрязненных почв и грунтов с применением методов биоремедиации. Характеристика улучшенных методов.
курсовая работа [56,5 K], добавлен 21.05.2016Значение сообществ организмов мейобентоса в функционировании экосистем водоёмов разных типов. Особенности жизнедеятельности представителей пресноводной мейофауны озера Байкал. Классификация и экологическая роль бентосных коловраток как ее компонента.
статья [280,1 K], добавлен 18.07.2013
