Размещено на http://www.allbest.ru/

Размещено на http://www.allbest.ru/

Вступ

екологічний біотип водорості наземний

Актуальність. XXІ століття разом з активним розвитком науково-технічного прогресу поставило перед вченими всього світу проблему пізнання та збереження видового різноманіття (Ситник, 2005). Першим етапом будь-яких робіт, що стосуються проблеми збереження ботанічних ресурсів території, є інвентаризаційні дослідження. Ці роботи особливо актуальні для заповідних або мало трансформованих територій людиною.

Антарктида є зоною жорсткого обмеження техногенної діяльності, і тому de facto являє собою найбільшу на планеті заповідну територію. Тому вивчення складу біоти Антарктики у вирішенні проблеми збереження біорізноманітності є найактуальнішим завданням серед актуальних (Макгонигал, Вудворт, 2004). На думку вчених, в Антарктиці багато антарктичних видів ґрунтових водоростей, які є невід'ємним компонентом будь-якого біоценозу, представляють унікальну або ендемічну частину світової флори (Broady 1996).

Однією з таких груп є одноклітинні зооспороутворюючі зелені водорості з асиметричними мішкоподібними клітинами, які схожі на представників роду Coleochlamys. У колекції культур ACKU (Algae Culture Collection of Kyiv University) зберігається вісім неідентифікованих штамів таких водоростей з району Аргентинських островів.

Наразі прийнято вважати, що аналіз некодуючих послідовностей кластеру рибосомальних генів дозволяє оцінити рівень репродуктивної ізоляції конкретного представника від інших близьких таксонів шляхом аналізу відмін у вторинній стуруктурі ITS, зокрема, за наявністю та кількістю компенсаторних та напівкомпенсаторних змін основ, наявністю мутацій, що порушують або не порушують вторинну структуру окремих спіралей [Coleman, May, 1997; Coleman, 2000; Muller & al., 2007; Ruhl & al., 2009]. Рівень репродуктивної ізоляції надалі набуває таксономічної інтерпретації згідно з молекулярною концепцією виду, розробленою А. Колеман [Coleman, 2000; 2007; 2009].

Сучасне застосування методу аналізу вторинних структур транскриптів ITS грунтується майже виключно на ITS2. Для цієї послідовності показано її пан-евкаріотичні риси [Coleman, 2007], запропоновано універсальну модель вторинної структури для зелених водоростей та вищих рослин [Mai, Coleman, 1997], визначено клас-специфічні мотиви та «паттерн» для різних груп організмів [Coleman, 2007]. На основі аналізу вторинної структури ITS2 протягом останніх років описано та ревізовано значну кількість родів та видів вищих рослин, водоростей, тварин та грибів.

Мета роботи - провести морфологічну та молекулярно-генетичну ідентифікацію восьми штамів Coleochlamys-подібних водоростей колекції культур ACKU, ізольованих з наземних біотопів околиць української антарктичної станції «Академік В.І. Вернадський».

Завдання:

1. На основі аналізу літературних даних, зокрема, світових флористичних зведень з'ясувати діакритичні ознаки роду Coleochlamys Korshikov та окреслити коло його ймовірних родів-двійників.

2. Провести морфологічну обробку Coleochlamys-подібних штамів колекції культур ACKU та перевірити кожний штам на відповідність морфологічним ознакам роду Coleochlamys.

3. Провести редагування первинних хроматограм послідовностей ITS1-5.8S-ITS2 кластеру ядерних рибосомальних генів, анотувати послідовності ITS2 у секвенованих штамів даного роду з колекції ACKU та, використовуючи алгоритм локального вирівнювання BLAST із залученням вибірки таксонів з NCBI, виявити найбільш близькі до Coleochlamys-подібних штамів колекції ACKU.

4. Використовуючи засоби Mfold, отримати модель вторинної структури ITS2, та, на основі аналізу цієї моделі, встановити ступінь відмін досліджуємих штамів від близьких таксонів, послідовності яких депоновані в NCBI

Наукова новизна. Вперше для території Аргентинських островів описано групу Сoleochlamys-подібних водоростей (8 штамів ACKU).

Практичне значення. Отримані результати можуть бути використані для інвентаризації видового складу ґрунтових водоростей, створення чек-лісту, а в подальшому - флори наземних водоростей морської Антарктики, в межах якої також розташована зона міжнародної наукової відповідальності України - Аргентинські острови.

1. Фізико-географічна характеристика району дослідження

1.1 Загальна характеристика Антарктики

Антарктика - південна полярна частина Землі - область, яка включає в себе Антарктиду а також води південного океану (частини Атлантичного, Тихого та Індійського океанів). Також до її складу входять острови: Південна Джорджія, Південні Сандвічеві, Південні Оркнейські, Південні Шетландські, Крозе, Кергелег, Баленні, Петра Першого та деякі інші. Загалом важко визначити точні межі Антарктики. Прийнято вважати крайньою межею ізотерм +10⁰С найтеплішого місяця, або рахується по крайній межі пакового льоду, або по межі розповсюдження айсбергів. Взагалі у сучасному світі прийнято вважати Антарктикою зону, що описана у антарктичній конвергенції, тобто зону де сходяться полярні води із водами помірних широт, що фактично відповідає зоні між 48^{0 -} 55⁰ південної широти.

Якщо говорити про площу Антарктики, то близько 75% припадає на водні простори, які багаті на кригу на айсберги і лише близько одної четвертої на «суходіл». За приблизними підрахунками та різними джерелами загальна площа Антарктики коливається в межах 50-60 млн. км². Фактично Антарктика бере участь у формуванні тут навколо антарктичної течії західних вітрів. Вона омиває всю земну кулю із заходу на схід на цих широтах та грає не абияку роль у формуванні клімату на суші.

За оцінками експертів Антарктика - дуже багата як на корисні копалини, так і на цінні стратегічні ресурси, такі як звичайна прісна вода. ЇЇ тут нараховують до 80% по відношенню до всіх запасів прісної води у світі. Фізико-географічні сприятливі умови створили тут одні з найбільших природних покладів нафти (до 100 мільярдів тонн), запасів природного газу (до 15 трильйонів кубометрів), також тут знайдено не мало золотих покладів, та інших дорогоцінних металів. Однією з важливих стратегічних запасів для світу тут є зосередження великої кількості їжі з великою поживною цінністю, зокрема до таких запасів можна віднести вилов криля. При правильному розпорядженні та екологічному супроводі його вилов тут може доходити до 700міліонів тон на рік.

Низькі температури - головна ознака водної складової Антарктики. Взимку верхні шари здебільшого не замерзають, їх температурне коливання сягає від -1,8 С⁰ до -1,9 С⁰, ця температура дещо відрізняється та є теплішою у районі антарктичної конвергенції - від +1 С⁰ до +2 С⁰. Влітку у високих широтах температура підіймається здебільшого не вище +2 С^0, проте у районі антарктичної конвергенції може доходити до до +3,5 С⁰.

Антарктична частина дна океану являє собою низку басейнів та западин, наприклад: Австрало-Антарктична, Тихоокеансько-Антарктична та інші. Між собою їх розділяють підводні хребти та височини, такі як: Південно-Антільський, Кергелен, Південно-Тихоокеанський, тощо. Один з одним їх також поєднують острова, які переважно мають вулканічне походження.

Загалом території Антарктики не мають корінного населення. Єдині люди які можуть тимчасово знаходитися на цих територіях - науковці, які приїжджають сюди на літній сезон, також тут можуть перебувати робочі різноманітних моніторингових та сервісних служб. У зв'язку з тендітною екосистемою надмірна діяльність людей у деяких районах може спричинити загрозу для екологічних зв'язків та їх опосередкованого регулювання між собою. У якості яскравого прикладу сильного антропогенного навантаження можна привести острів Роса, який має сильну інфраструктуру на станції Хат-Пойнт, Ларсем-Хіллс, на більш-менш невеликій території, яка вільна від криги знаходяться австралійська, китайська та російська наукові станції. Також острів Короля Георга, що знаходиться на території Південних Шетланських островів, де одночасно працюють науковці на своїх наукових станціях аж восьми країн світу.

Якщо розглянути правовий бік Антарктики, то можна з впевненістю сказати, що вона не перебуває ні під чиїм суверенітетом, а являється міжнародним надбанням та призначена для користування всіх держав, для збагачення людства цінними науковими даними. Води Антарктики повністю відкриті також для всіх держав, тому тут можна займатися як їхнім дослідженням, так і природокористуванням - риболовство, мореплавство, мисливство, тощо.

У ході історії Антарктика не раз була штучно поділена на сектори з метою присвоєння її територій певним країнам. Наприклад в період з 1907-1940 роки такі спроби було здійснено низкою країн - Англією, Норвегією, Францією, Аргентиною, Чилі та Новою Зеландією. У свою чергу СРСР офіційно виразила свою незгоду щодо такої ситуації 27 січня 1939 року і фактично резервувала свою точку по відношенню до суверенітету Антарктики. В історії ще було декілька спроб привласнити землі цього континенту, зокрема США у 1939 та Японія у 1940 роках. У серпні 1946 року США поступило по-іншому, а саме було розпочато неофіційні переговори з Аргентино, Чилі, Норвегією, Австралією, Новою Зеландією, Великобританією і Францією про «інтернаціоналізацію» регіону, але через велику кількість учасників та розходження думок ця спроба не увінчалася успіхом. У 1950 році уряд СРСР прийняв радикальне рішення, яке мало на меті отримати свою частку земель та ближніх територій Антарктики, а саме не погодження з членами-учасниками щодо їх правомірності у розподілі земель та визнання будь-яких рішень не дійсними, без втручання третьої сторони, а саме безпосередньо самої СРСР.

Згодом було прийнято єдине правильне рішення - на міжнародній конференції по Антарктиці у Вашингтоні було підписано Антарктичний договір. У ньому приймали участь 12 країн - СРСР, США, Англія, Франція, Бельгія, Норвегія, Аргентина, Чилі, Японія, Австралія, Нова Зеландія та Південно-Африканський союз. Договір підписано 1 грудня 1959 року з метою збереження Антарктики. Було вирішено використовувати землі Антарктики винятково для мирних цілей (територія південніше 60⁰ південної широти - нейтралізована та демілітаризована). З того моменту і до сьогодні землі Антарктики та її прибережна зона використовується виключно для наукових досліджень. Тут можливе рибальство та мисливство, граничні норми якого визначає міжнародне товариство із захисту природо-охороних територій.

Україна є однією з 28 країн світу, що мають право відносно будь-яких дій інших держав в Антарктиці. Кабінет міністрів України не так давно у 2010 році затвердив Державну цільову науково-технічну програму проведення досліджень в Антарктиці на 2011-2020 роки. Участь української науково-дослідницької станції «Академіка Вернадського» у дослідженнях даного регіону є дуже важливою частиною реалізації майбутніх геостратегічних інтересів України.

1.2 Загальна характеристика Антарктиди

Географічне положення Антарктиди - континентальної частини Антарктики - є унікальним. Це єдиний материк на землі, який повністю займає собою територію полярної області планети. Такі фізико-географічні умови стали приводом до формування тут певних кліматичних умов. Зокрема дуже низьких температурних режимів, зледеніння покривів землі, скупчення великої кількості снігу, тощо. Безпосередня площа Антарктиди близько 14 мільйонів км². Однією із характерних особливостей можна також вважати максимальну протяжність материку, що від берега до берега становить близько 6 тисяч кілометрів. На самому півдні материк декілька разів пересікається з Північним Полярним кругом. Тому із південних точок можна назвати мис Сіфре (63°12' 48» ю. ш., 57°18' 8»), що знаходиться на Антарктичному півострові.

Материк знаходиться в субантарктичному та антарктичному кліматичних поясах Землі. Антарктида омивається Північним океаном. Якщо його не брати до уваги, то фактично 3 ьома океанами: Атлантичним, Індійським та Тихим. Материк займає крайнє північне положення, сам по собі від не з'єднаний ні з одним із інших материків, а також має унікальне положення хоча б ще й тим, що найбільш віддалений від усіх інших частин світу.

Антарктида та прилеглі до неї території материків - окреме флористичне царство. У мезозої Антарктида представляла собою дуже крупний центр формування флори, але зміна кліматичних умов привела до міграцій основних жителів континенту а також до різкого збіднення та переселень на південь.

З наземних рослин на самому материку зустрічаються лише мохи, лишайники, а також водорості, гриби та бактерії. Чи не найбільшого різноманіття тут досягають лишайники, чисельність яких нараховують близько 300 видів. Їх локалітет дуже простий - на всіх ділянках суші, вільних від льоду. Мохи також дуже розповсюджені тут, особливо на островах де вони формують невеликі торф'яники. В Антарктиді нараховують близько 80 видів мохів.

Прісноводні водорості селяться у літню пору у водоймах, а також розмножуються на поверхні снігу. Сприятливими умовами є такі фактори, як підтавання верхнього шару льоду/снігу, відслоєння частин льодовиків, інші рослини, які слугують основою та своєрідним поживним середовищем для простіших форм існування. На снігу водорості зазвичай утворюють корки різноманітного кольору: чорні, червоні, зелені та жовті.

Квіткові рослини в Антарктиді відсутні. Найближчі квіткові рослини можна знайти на межі із зоною материка, а себто на 64⁰ пд. ш. на Антарктичному півострові. Там зростають 10 видів низькорослих квіткових рослин, з них такі, як злак щучка - Deschampsia flexuisa та гвоздичний колобантус - Colobantus quitansis з дрібними майже непомітними квітками та блідно-зеленим листям. Де не де ці рослини утворюють незначні галявинки. На островах рослинність більш багата та різноманітна. Тут можна зустріти види хрестоцвітих, наприклад: Pringlea antiscorbutica - кергеленська капуста (цінна харчова рослина, з високим вмістом вітаміну С, яка здатна врятувати від цинги). Із Злакових тут дуже часто можна зустріти тусок - Poa flabellate (ряд мятлик, являє собою дуже цінну рослину дял годування овець). Всі рослини на півострові трав'янисті, квіти та листя майже позбавлені кольору, це спричинено вітрозапильний механізм розмноження.

Антарктида - материк, який являється дуже бідним на наземних тварин. Зокрема тут взагалі немає ссавців. Тут зустрічаються деякі черви, примітивні ракоподібні та безкрилі комахи. Тут всі пристосування зосередженні на збережені сил, тепла та енергії. Так зокрема безкрилість комах спричинена сильними вітрами, що не дають здійматися комахам у повітря. На островах Антарктики загалом знайдено деякі види жуків, павуків, прісноводних молюсків а також один з видів нелітаючого метелика. Прісноводні риби відсутні. Із птахів, що живуть на суші, тут відомі наступні види: біла ржанка, конек, один вид утки, що гніздиться виключно на острові Південного Георгія.

При такій бідності наземної фауни Антарктида дуже багата морськими та напів-сухопутними тваринами. З безхребетних тут особливо розповсюджені та багаточисленні рако образні (криль), що слугують їжею для багатьох інших ссавців, птахів та навіть риб. Тут у водах можна знайти цікаві для вивчення медузи, що можуть сягати до 150 кг. Більша частина риб належить до ендемічних родин натотенієвих та білокровних (щуковидна та китова білокровки).

Із ссавців - багаточисленні різноманітні ластоногі та кити. Ластоногі представлені різноманітними видами тюленей. Найбільш розповсюджені з них Тюлень Уеделла, тюлень-крабоїд, тюлень-леопард, а також морський слон. У водах поблизу континенту живуть найбільш з існуючих ссавців - кити. Найбільший із них синій кит - Balaenoptera musculus.

Досить особливими є птахи, що живуть в Антарктиді. Всі вони тримаються прибережної зони та харчуються рибою та дрібними молюсками. Один із характерних виді пташок притаманний лише для Антарктиди - є пінгвіни. Із них найменший за розмір вид Аделі, а найбільший - імператорський пінгвін. Досить великими птахами даного регіону також вважають альбатросів.

У п'ятдесяті роки двадцятого століття основним видом людської діяльності в Антарктиді були різноманітні промисли, здебільшого пов'язані з виловом риби, криля, тощо. Зараз все більшої популярності та людської свідомості набувають наукові дослідження. Антарктида - унікальне місце за своєю первобутністю. Низка сурових умов унеможливлюють повноцінне існування та нормальне життя людини у цій місцевості, проте відривають незліченні можливості щодо вивчення первобутньої природи, зміни кліматичних умов глобального характеру, а також слугують бездоганними умовами, для збереження здобутків минулих століть, які науковці відкривають знов і знов, адже льодовики скривають багато таємниць минулого.

2. Дослідження наземних біотопів Антарктиди

2.1 Перші дослідження Coleochlamys-подібних водоростей

Перші вагомі дослідження водоростей наземних біотопів Антарктиди варто віднести до часів появи перших станцій на материку та ближніх до нього островах (Valov, Sdobnikova, 1961; Cameron, 1971; Friedmann, 1977, 1978; та інші). Найбільший вклад у вивчення видового різноманіття наземних біотопів Антарктиди та островів зробив П. Броаді (P.A. Broady - 1976, 1977, 1979, 1981, 1982, 1984, 1986, 1987). Результатом досліджень перечислених науковців та їх праць став достатньо великий список, до якого увійшли водорості із багатьох відділів. На основі досліджень описано нові роди, види та їх різновиди.

У нашій роботі розглядається група Coleochlamys-подібних водоростей, а саме такі види, як - Coleochlamys oleifera (Schussnig) Fott 1975 та Myrmecia Printz. Дані види вперше було розглянуто у роботі P.A. Broady за 1976 рік (Broady, P.A. Quantitative studies on the terrestrial algae of Signy Island, South Orkne Islands. Br. Antarct. Surv. Bull. 47, 31-41) «Quantitative studies on the terrestrial algae of Signy island, south Orkney islands». У своїй роботі автор обробив близько 50 проб наземних біотопів Антарктиди, островів Оркней. Після опрацювання зразків у роботі описано основні родини водоростей - Euchlorophyceae, Ulothricophyceae, Xanthophyceae, Cyanohyceae і Diatomophyceae. Підрахунки було виконано з використанням методу культури, що дала, нажаль, гарні показники лише для перших трьох перерахованих родин. Cyanohyceae і Diatomophyceae - потребували підрахунку за допомогою мікроскопа, що ускладнювало роботу та зведення даних. Головним показником посіяних водоростей став кількісний аналіз, який показав - 219?10³ см^-2 клітин - кам'яниста пустеля, мох; 7641?10³ см^-2 клітин - в ґрунті нижче трав'янистої рослинності. Крім того, досліджували розподіл глибини існування водоростей (у двох місцях), зокрема вертикальній мікророзподіл у шарах моху. Чіткої думки стосовно причин відмінностей у підрахунку водоростей в різних місцях проживання немає, отримані дані продовжують обговорюватися та порівнюватися з аналогічними дослідженнями в інших країнах.

Із даної роботи особливу цікавість становило наступне - враховуючи кількісні показники водоростей у різних ареолах існування можна зробити припущення, що «ґрунт», який знаходиться прямо під трав'янистою рослинністю є більш поживним середовищем для водоростей ніж кам'яниста пустеля та мохи Антарктиди (за кількісними показниками статті майже у 35 разів). Проте використовуючи таблицю яку було описано у статті - Рис. 1. можемо побачити, що наші об'єкти, а саме роди Coleochlamys (Schussnig) Fott 1975 та Myrmecia Printz обрали локалітетом свого проживання мохи.

Так ми можемо зазначити, що згідно таблиці Myrmecia bisecta Reisigl була знайдена на вологому моху Andreaea sp. Hedwig, а Rhopalocystis oleifera Schussnig на вологому коврі утвореному мохом роду Calliergon sp Hedwig., який можна побачити на Рис. 2.1.

Рис. 2.1 Частота зустрічання домінантів та їх локалітети

Другою, не менш важливою статтею при вивченні питання водоростей Антарктиди можна важчати статтю Broady за 1995 рік «Diversity, distribution and dispersal of Antarctic terrestrial algae». Ця стаття описує різноманітність, поширення і розповсюдження в Антарктиці наземних водоростей. Також у даній роботі були спроби вивчення повного флористичного різноманіття видів на території Антарктиди та островів, що до неї входять. Перше враженням від аналізу - те, що в основному наземні біотопи представлені видами-космополітами. Але існує і невелика кількість ендемічних видів, однак їх відсоткова частка значно менша порівняно з аналогічними біотопами інших континентів. Слід зазначити, що існує невелика кількість ендемічних видів, які мало чим відрізняються від споріднених видів із інших місць. Відсутність базової лінії таксономії через неможливість збору проб одного історичного віку), не дуже точна характеристика кліматичних умов (на даний час ми можемо робити лише вірогіднісні припущення щодо клімату, який панував у далекому минулому на континенті), а також - неможливість застосування багатовимірного аналізу (кліматичні умови Антарктиди далеко не найсприятливішими для великої кількості науковців, а також специфічність району потребує не лише специфічного технічного обладнання, а й нових технічних розробок досліджень) обмежують наукове вивчення даних територій.

У статті проаналізовано та виділено основні фактори розповсюдження водоростей на континенті та прилеглих до нього територіях. У 1991 Панков [Pankow et al., 1991] підрахував, що близько 700 таксонів (не враховуючи морські види) є первинно визаченими в Антарктиді. Із них, в свою чергу, близько 200 - мешканці наземних біотопів. На даний час наведені вище дані мають більше ознайомлюючий та історичний характер, через те, що останнім часом кількість описаних видів, а тому і таксонів, дещо збільшилась. Проте Панков досить гарно підмітив співвідношення та один із перших розглядав наземні водорості, як види, що належать до континентальних районів Антарктиди.

Загалом водорості зустрічаються на всіх вільних від льоду місцях [Smith, 1984]. Вони утворюють поверхневі кірочки, килимки, скупчення. У флорі домінують ціанобактерії, хлорофіли, жовто-зелені водорості і дещо у меншій мірі діатомові водорості. Останні є більш зосередженими у холодних і посушливих прибережних зонах. Тут же також велике значення відіграє рослинність. На самому континенті вона представлена виключно мохоподібними та лишайниками. Тут в свою чергу дослідження були проведені Хірано [Hirano, 1965], Кообом [Koob, 1967], Вінсентом [Vincent, 1988] та іншими, які описали екологічний стан континенту та підтвердили панування тут із рослинних форм лише перераховані. Багато століть назад тут панувала дуже різноманітна рослинність, проте зараз через тривалого часу несприятливих специфічних кліматичних умов вона дуже збідніла.

У цій статті для повноцінного вивчення територію Антарктиди та прибережних до неї територій було поділено на 21 локалітет. Таблиці із місцезнаходженням локалітетів можемо бачити на Рис. 2.2 та Рис. 2.3

У таблицях зазначаються регіони дослідження, із відповідною літературою стосовно кожного окремого району, а також - відмічаються основні екологічні ніші місцезростання/місцезнаходження водоростей. Загалом таких груп 9 (за Хабітатом) - літофіли, епілітні, ендолітичні, хазмолітичні, кріптоендолітичні, гіполітичні, грунтові, епіфітні та кріофільні. У кожному з 21 району відмічено їх екологічні ніші та присутність (наявність).



Рис. 2.2 Локалітети, їх екологічні ніші та відповідна література

Рис. 2.3 Локалітети, їх екологічні ніші та література (частина 2)

екологічний біотип водорості наземний

У роботі також зазначається приклади основних родів водоростей наземних біотопів Антарктиди:

Ціанобактерії (синьо-зелені водорості)

· одноклітинні, в тому числі у слизових колоніях

Aphanocapsa Nageli, Chroococcidiopsis Geitler, Gloeocapsa Kutzing, Synechococcus Nageli

· Недиференційовані «oscillatoriales» -

Lyngbya Anagnostidis & Komarek, Oscillatoria Vaucher ex Gomont, Microcoleus Desmazieres ex Gomont, Phormidium Kutzing ex Gomont, Plectonema Thuret ex Gomont, Pseudanabaena Lauterborn

· Нерозгалужені ланцюги з клітин, які диференціюються -

Anabaena Bory de Saint-Vincent ex Bornet & Flahault, Calothrix C. Agardh ex Bornet & Flahault, Microchaete Thuret ex Bornet & Flahault, Nodularia Mertens ex Bornet & Flahault, Nostoc Vaucher ex Bornet & Flahault, Scytonema C. Agardh ex Bornet & Flahault, Tolypothrix Kutzing ex Bornet & Flahau

· Розгалужені ланцюги клітин, які диференціюються - Mastigocladus, Stigonema

Chlorophyta (зелені водорості)

· Одноклітинних, з джгутиками - Chloromonas Gobi

· Нерухомі одноклітинні -

Bracteacoccus Tereg, Chlorococcum Meneghini, Elakatothrix Wille, Hemichloris Tschermak-Woess & Friedmann, Rhopalocystis Schussnig, Pseudococcomyxa Korshikov, Pseudodictyochloris Vinatzer, Scotiella Fritsch, Tetracystis R.M. Brown, Jr & Bold, Trochiscia Kutzing

· Нерухомі одноклітинні в слизових колоній -

Coccomyxa Schmidle, Diplosphaera M.W. Bialosuknia

· нерозгалужені нитки -

Stichococcus Nageli, Fottea F. Hindak, Hormidiospora Vinatzer, Ulothrix Kutzing

· Розгалужені нитки або регулярні агрегати клітин -

Desmococcus F. Brand, Microthamnion Nageli, Prasiococcus Vischer, Pleurococcus Meneghini

· Розширені стрічки і листи клітин - Prasiola Meneghini

· одноклітинні «десмідієві» -

Actinotaenium (Nageli) Teiling, Cylindrocystis Meneghini ex De Bary, Mesotaenium Nageli

Xanthophyta (жовто - зелені водорості)

· Одноклітинні - Botrydiopsis Borzi, Monodus Chodat

· Нерозгалужені і розгалужені нитки - Heterothrix Pascher, Heterococcus Chodat

Bacillariophyta (діатомові водорості)

· Одноклітинні -

Achnanthes Bory de Saint-Vincent, Eunotia Ehrenberg, Hantzschia Grunow, Navicula Bory de Saint-Vincent, Pinnularia Ehrenberg

Pyrrhophyta (дінофлагелляти)

· Одноклітинних в невеликих слизових колоній - Gloeodinium. Klebs

2.2 Водорості наземних біотопів району дослідження

Відповідно до огляду П. Броаді (Broady, 1996), у наземних біотопах Антарктики водорості утворюють чотири основних типи угруповань: а) літофільні (розвиваються на поверхні та в тріщинах гірських порід; б) едафофільні (розвиваються в ґрунті); в) епіфітні (ростуть на поверхні таломів мохів та печіночників); та г) кріофільні (вегетують в товщі та на поверхні снігу та льоду). Крім того водорості як фотобіонти розвиваються в таломах лишайників.

Видове різноманіття водоростей наземних біотопів Антарктики залишається невстановленим, оскільки флори та чек-лісти по даній території відсутні. Наш аналіз літературних даних, що містять первинні відомості про знахідки мікроводоростей, дозволяє стверджувати, що на сьогодні для позаводних біотопів Антарктики наводиться близько 267 назв видів та внутрішньовидових таксонів водоростей, включаючи 57 таксонів, що були ідентифіковані лише до рівня. роду.

Виявлені види належать до 6 відділів (Cyanophyta - 101 вид, Chrysophyta - 1, Eustigmatophyta - 1, Xanthophyta - 24, Bacillariophyta - 19, Chlorophyta - 121). (Akiyama, 1968, 1979; Broady, 1976, 1977; 1979 a, b, c, 1981 a, b; 1982 a, b; 1983; 1984; 1985, 1986, 1987 a, b; 1989 a, b; 1996; Cameron and Benoit, 1970; Саmeron, 1970, a b); Ohtani, 1990; Cameron, 1970; Engelskjon, 1986; Fogg, 1967; Gain, 1912; Kol, 1968, 1970, 1971, 1972, 1973; Ling, 2001, 2002; Ling, Seppelt, 1990, 1993; Ohtani, Kanda, 1987; Pankow & al., 1987; Olech, 1998; Mataloni et al., 2000; Cavacini, 2001).

Територіально дослідження наземних водростей в Антарктиці проводилось в 21-му локалітеті, зокрема в 5 внутрішніх та 11-ти прибережних провінціях континентальної Антарктики, також в 5-ти районах Морської Антарктики, а саме: а) на Південних Сандвічевих островах (Longton, Holdgate, 1979) вивчали епілітні та едафофільні угрупування водоростей різних типів грунтів, переважно методом прямого мікроскопіювання; б) на Південних Оркнейських островах (Fogg, 1967; Kol, 1972; Broady, 1979a) досліджували водорості угруповань всіх типів з використанням методів накопичувальних та чистих культур; в) на Південних Шетландських островах (Cameron and Benoit, 1970; Broady, 1979b), вивчалися кріофільні водорості та водорості різних типів ґрунтів з використанням методу накопичувальних культур; г) на острові Буветойя (Klaveness and Rueness, 1986) вивчалися епілітні кріофільні та едафофільні водорості; д) на Антарктичному півострові та прилеглих островах (Broady, 1979b; Corte, 1966; Curl and Becker, 1970; Davey and Rothery, 1993; Mataloni, Tell, Win-Williams, 2000) вивчалися грунтові та кріофільні водорості.

За літературними даними (Mataloni, et al., 2000) для території Антарктичного півострова відомо 49 видів ґрунтових водоростей що належать до чотирьох відділів: Cyanophyta, Xanthophyta, Bacillariophyta та Chlorophyta. Домінуючими є види відділів Cyanophyta (31%) та Chlorophyta (35%). Незважаючи на те що район Антарктичного півострова в порівнянні з іншими вивчений непогано, відомості про наземні водорості Землі Грейяма майже відсутні.

Так, дані про наземну альгофлору Землі Грейяма є лише в одній роботі (Gain 1912). В ній автор наводить один вид водорості Mycanthococcus antarcticus Wille (=Chlamydomonas antarcticus Wille in Gain 1912), акінети якого зумовлюють червоне цвітіння снігу. Даний вид був знайдений на острові Пітерман (Земля Грейама). У 2001 році Г.Лінг у своїй роботі (Ling. 2001) відніс знахідку Гайна до іншого роду і встановив новий вид - Desmotetra antarctica (Fritsch) H.U. Ling 2001. В роботі 2002 року (Ling, 2002) цей же автор переніс встановлений ним вид у рід Chlorosarcina і дав йому сучасну назву Chlorosarcina antarctica (Wille in Gain) H.U. Ling 2002. Таким чином наземні водорості Землі Грейяма залишаються фактично не вивченими.

Найбільший цікавими у флористико-таксономічному відношенні були знахідки двох видів. Перший - Coleochlamys cf. oleifera - майже усім нагадував типовий штам даного виду (Schussnig, 1955), описаний із грунтів острову Сайні (Південих Оркнейських острова), від якого відрізняється іншим типом крохмальної обгортки піреноїду. Такий штам раніше був віділений із грунтів о-ву Короля Георга (Kostikov, Massalski, Olech, 2003). Варто зауважити, що ці відмінності у структурі піреноїду було доведено на ультраструктурному рівні. Також було зроблене припущення, що ізоляти із грунтів як о-ву Короля Георга, так і о-ву Галіндез представляют один і тот самий новый таксон видового чи внутрішньовидового рангу, близький до типової форми Coleochlamys oleifera.

Другий вид - Elliptochloris cf. bilobata, не мав морфологічних відхилень від номенклатурного типу. Цей вид був описаний як фотобіонт високогірних альпійських лишайників (Tschermak-Woess, 1980), а пізніше знайдений у ґрунті північно-східного Кавказу (Андреева, 1996) та Бельгійських Арденн (Hoffmann, Ector, Kostikov, 2007). Оскільки даний вид на території Антарктики раніше не відмічався, а рівень внутрішньовидової мінливості європейських популяцій досить високий (Hoffmann, Ector, Kostikov, 2007), існує припущення, що одних лише морфологічних критеріїв для остаточної ідентифікації у даному випадку недостатньо, тому визначення таких видів потребує підтвердження методами геносистематики.

3. Матеріали і методи

3.1 Матеріали і методи

Для дослідження використовували наступні штами - ACKU 151-02, ACKU 821-08, ACKU 822-08, ACKU 823-08, ACKU 824-08, ACKU 826-08, ACKU 833-08, ACKU 836-08 із колекції культур Київського Національного Університету імені Тараса Шевченка. Дані щодо цих штамів занесені до таблиці 3.1.

Культури вирощували на твердому поживному агаризованому середовищі 1,5N BBM + V у пробірках та чашках Петрі на освітлювальній установці при інтенсивності в 1800-2400 лк та при температурі 18-22 ⁰С з 16/8 годинним чергуванням світлової та темнової фаз.

Із культур було виготовлено тимчасові водні препарати. Для цього у стерильних умовах масу клітин розміщували на склі (у випадку проб, які забирались із твердого поживного середовища додавали краплину води). При кожному мікроскопіюванні переглядали близько 100 клітин.

Для вивчення морфологічної структури та анатомічних особливостей використовували світлові мікроскопи «Carl Zeiss» PrimoStar (Німеччина), r і Ulab XY-B2T (Китай), та камери Canon PC 1089 Power shot. Особливості культур водоростей документували за допомогою малюнків у робочому журналі, детальних описів із підрахунками та зазначенням характерних структур або їх частин, а також за допомогою цифрової фотокамери Tucsen TCA та програми TSView7, які згодом оброблялись за допомогою програми AxioVision Rel. 4.8.

Таблиця 3.1. Основні данні щодо використаних у роботі штамів

№ штаму	Назва ACKU	Місце збору, ким ізольований, дата
ACKU №151-02	Coleochlamys cf. oleifera var. antarctica (Schussnig) Fott	Антарктида, Південні Шетланські о-ви, о-в Короля Георга, околиці польської антарктичної станції «Генрих Арктовський», екологічна трансекта біля глетчеру (Site of Special Scientific Interest), грунт (проба Olech-4), приблизно 2000 р.Ізольований Костіков І.Ю. 28.09.2002 р.
ACKU №821-08	cf. Coleochlamys oleifera (Schussnig) Fott	Антарктика, Аргентинські о-ви, о-в Галіндез, біогеоценологічний стаціонар Українського антарктичного центру, постійна пробна площа №14, зразок моху Sanionia georgico-uncinata (мох визначила Тищенко О.В). Ізольований Костіков І.Ю. 4.02.2008
ACKU №822-08	cf. Coleochlamys sp (Schussnig) Fott	Антарктика, Аргентинські о-ви, о-в Галіндез, біогеоценологічний стаціонар Українського антарктичного центру, постійна пробна площа №14, зразок моху Sanionia georgico-uncinata (мох визначила Тищенко О.В). Ізольований Костіков І.Ю. 3.02.2008
ACKU №823-08	cf. Myrmecia irregularis (J.B. Petersen) Ettl & Gartner	Антарктика, Аргентинські о-ви, о-в Галіндез, біогеоценологічний стаціонар Українського антарктичного центру, постійна пробна площа №14, зразок моху Sanionia georgico-uncinata (мох визначила Тищенко О.В). Ізольований Костіков І.Ю. 9.03.2007
ACKU №824-08	cf. Myrmecia irregularis (J.B. Petersen) Ettl & Gartner	Антарктика, Аргентинські о-ви, о-в Галіндез, біогеоценологічний стаціонар Українського антарктичного центру, постійна пробна площа №14, зразок моху Sanionia georgico-uncinata (мох визначила Тищенко О.В). Ізольований Костіков І.Ю. 12.01.2008
ACKU №826-08	cf. Myrmecia irregularis (J.B. Petersen) Ettl & Gartner	Антарктика, Аргентинські о-ви, о-в Галіндез, біогеоценологічний стаціонар Українського антарктичного центру, постійна пробна площа №14, проба відкритого грунту.Ізольований Костіков І.Ю. 23.02.2008
ACKU №833-08	cf. Coleochlamys oleifera (Schussnig) Fott	Антарктика, Аргентинські о-ви, о-в Галіндез, біогеоценологічний стаціонар Українського антарктичного центру, постійна пробна площа №14, зразок моху Sanionia georgico-uncinata (мох визначила Тищенко О.В). Ізольований Костіков І.Ю. 2.03.2008
ACKU №836-08	Coleochlamys sp. (Schussnig) Fott	Антарктика, Аргентинські о-ви, о-в Галіндез, біогеоценологічний стаціонар Українського антарктичного центру, постійна пробна площа №21, пластичний грунт коричневого кольору з дна висохлого озерця, зарослого мохом.Ізольований Костіков І.Ю. 18.06.2007

Аналіз вторинної структури ITS2 було проведено шляхом моделювання засобами Mfold [Zuker, 2003] вторинної структури термінальної ділянки 5.8S та комплементарної до неї стартової ділянки LSU (19 п.н.) згідно до моделі 5.8S, запропонованої для динофітових водоростей [Gottschling & Plotner, 2004].

Пошук проводили за допомогою алгоритму множинного вирівнювання ClustalW в програмі BioEdit.

Моделі вторинної структури ITS2 будували прямим складанням транскриптів за допомогою mFOLD [Zuker, 2003]. Вторинну структуру ITS2 визначали шляхом послідовної збірки спіралей H1-H4. При цьому спочатку збирали третю та другу спіралі, правильність укладки якої тестували за положенням консервативного мотиву А. Колеман - NRTGGT [Coleman, 2007] в апікальный частині на 5' стороні спіралі H3 та положенням універсального консервативного піримідин-піримідин неспівпадіння у суббазальній частині спіралі H2 [Mai, Coleman, 1997]. Отримані моделі вторинних структур ITS2 візуалізували за допомогою Pseudoviewer 3.0 [Byun & Kyungsook, 2006].

4. Результати та обговорення

4.1 Морфологічний аналіз Coleochlamys-подібних водоростей

У ході роботи обрані проби водоростей вирощували на 1,5N BBM із додаванням вітамінів у чашках Петрі при температурі 18-22 ⁰С із світло/темновим режимом - 16/8. Із кожної проби було взято живі клітини для виготовлено тимчасових препаратів. Під час перегляду було виготовлено фотографії при збільшені об'єктиву мікроскопу 100х, які передали основні морфологічні особливості водоростей (Рис. 4.1 - 4.8). Фотографії та описи надано нижче.

Рис. 4.1 ACKU 151-02 Coleochlamys cf. oleifera var. antarctica

Рис. 4.2 ACKU 821-08 cf. Coleochlamys oleifera



Рис. 4.3 ACKU №822-08 Coleochlamys sp

Рис. 4.4 ACKU №833-08 cf. Coleochlamys oleifera

Рис. 4.5 ACKU №836-08 Coleochlamys sp



Рис. 4.6 ACKU №823-08 cf. Myrmecia irregularis

Рис. 4.7 ACKU №824-08 cf. Myrmecia irregularis

Рис. 4.8 ACKU №826-08 cf. Myrmecia irregularis

Обрані штами попередньо представляють собою фактично 2 роди - Coleochlamys та Myrmecia. Обрані штами було поділено на 2 групи:

· штами роду Coleochlamys -

ACKU №151-02

ACKU №821-08

ACKU №822-08

ACKU №833-08

ACKU №836-08

· штами роду Myrmecia -

ACKU №823-08

ACKU №824-08

ACKU №826-08

Отримані морфологічні дані були занесені у таблиці, де вони відразу порівнювались відповідно до первинних описів.

Таблиця 4.1. Морфологічні ознаки штамів роду Myrmecia у порівняні до діагнозу Ettl, H. & Gartner, G. 1995

Ознака	Опис виду Ettl, H. & Gartner, G. 1995.	штами роду Myrmecia ACKU №823-08; ACKU №824-08; ACKU №826-08
форма вегетативних клітин	кулята	Куляста, шаровидна
форма автоспор	кулясті	Яйцеподібні (рідше кулясті)
форма апланоспорангіїв	округлі	округлі
Кулькість клітин у спорангіях	4	4, положення хрестоподібне
зооспори	голі	голі
Особливість зооспор	базальна стигма	не завжди видно ізза асимілянтів
оболонки	гладка, звичайного типу	гладка, звичайного типу
Хлоропласт у вегетативних клітинах	Один, парієтальний переважно сітчастий, буває лопатевий	Один, парієтальний переважно лопатевий (2-4)
Піреноїд	відсутній	відсутній
Включення	незначні	незначні
аbс. Розміри вегетативних клітин M. irregularis	Довжина 16-24 мкм Ширина 15-20 мкм	Довжина 17-25 мкм, ширина здебільшого 14-17

Таблиця 4.2. Морфологічні ознаки штамів роду Coleochlamys у порівняні до діагнозу Ettl, H. & Gartner, G. 1995

Ознака	Опис виду Ettl, H. & Gartner, G. (1995. Syllabus der Boden-, Luft - und Flechtenalgen)	штами роду Coleochlamys ACKU №152-02; ACKU №821-08; ACKU №822-08; ACKU №833-08; ACKU №836-08
форма вегетативних клітин	Яйце-, грушо-подібна, здебільшого булавовидна (у молодому віці - куляста)	булавовидна (неправильно-округла, куляста - ACKU №833-08)
форма автоспор	кулясті	яйцеподібні)
форма апланоспорангіїв	округлі	округлі
зооспори	Витягнуто-грушовидні	Грушовидні
Кратність клітин у зооспорангіях	2n	2n
Особливості кріплення зооспор у спорангіях	Формують щільні скупчення «грона»	Формують щільні скупчення «грона» за допомогою прикріплення носовими частинами один до одного
Кількість зооспор у зооспорангії	32	10,16,18 (32)
відносні розміри зооспор у зооспорангіях	рівні	рівні, злегка нерівні
оболонки	гладка, звичайного типу	гладка, звичайного типу
Хлоропласт у вегетативних клітинах	Мантієподібний, боковий	Мантієподібний, боковий
Піреноїд	Один, досить гарно видно	Один, досить гарно видно
Особливості піреноїду	чіткий край, не має певного положення	чіткий край, не має певного положення
Включення	У молодих клітинах багато	Багато у молодих клітинах
аbс. Розміри вегетативних клітин С.oleifera	Довжина до 30 мкм Ширина 12-14 мкм	Довжина до 30 мкм, ширина здебільшого 12-14
аbс. Розміри зооспор	Довжина 8-9 мкм Ширина 3-3.5 мкм	Довжина 8-9 мкм Ширина 3-3.5 мкм (здебільшого трошки менша)

Аналіз морфологічних показників обраної досліджуваної групи не показав суттєвих відхилень від авторських описів родів. Проте склалося враження, що серед представлених штамів ми спостерігаємо один таксон, який виглядає як одноклітинні зооспороутворюючі зелені водорості з асиметричними мішкоподібними клітинами, схожі на представників роду Coleochlamys. Також здається, що цей цей таксон представлений двома морфотипами. Так ми можемо умовно назвати їх, як - морфотип Coleochlamys та перехідний від Myrmecia до Coleochlamys. Тому у ході роботи обрані штами також було проаналізовано на раритетність, цінність у таксономічному плані та наявність секвенованих послідовностей (Таб.4.3).

Таблиця 4.3. Порівняльна таблиця раритетність/ цінність / сіквеннованість

№ штамма	Попередня назва (назва в ACKU)	RR*	TT*	SS*
ACKU №151-02	Coleochlamys cf. oleifera var. antarctica	+	-	-
ACKU №821-08	cf. Coleochlamys oleifera	+	+	-
ACKU №822-08	cf. Coleochlamys sp	+	+	+
ACKU №823-08	cf. Myrmecia irregularis	+	+	-
ACKU №824-08	cf. Myrmecia irregularis	+	+	-
ACKU №826-08	cf. Myrmecia irregularis	+	+	-
ACKU №833-08	cf. Coleochlamys oleifera	+	-	-
ACKU №836-08	Coleochlamys sp.	-	+	+

*R - раритетний, T - цінний у таксономічному плані, S - секвенований

Із таблиці видно, що всі види - раритетні та цінні у таксономічному відношенні, а тому актуальне їх вивчення. Сіквенованих видів лише 2 - ACKU №822-08 cf. Coleochlamys sp та ACKU №836-08 Coleochlamys sp.

4.2 Молекулярно-філогенетичний аналіз сіквенованих зразків

У ході нашого дослідження всі обрані види Coleochlamys-подібних водоростей потребували більш ретельної ідентифікації та вивчення. Тому в основу лягли: морфологічний аналіз, який не показав досить суттєвих відмінностей видів від авторських описів та визначників, тому особливу увагу приділимо молекулярно-філогенетичному аналізу. Нажаль, із обраних видів лише 2 сіквеновані - ACKU №822-08 cf. Coleochlamys sp та ACKU №836-08 Coleochlamys sp. Обрані види було секвеновано (Скребовська, Березовська - замовлення №131017 SN 131 (822-sample 66) та №131001 FR 016 (836 - sample 67)). Для секвенування було використано універсальні праймери: ITS1 та ITS4 - для ампліфікації та ITS4 яксеквенуючий.

Варто зауважити, що до цього моменту у базі NCBI послідовності ДНК виду Coleochlamys не були задепоновані.

Послідовність зразку ACKU №822-08 загальною довжиною 933 пар нуклеотидів (п.н.) має задовільну якість, містила частковий сіквенс 18S рДНК, ITS1, 5.8S рДНК (625-645), ITS2 (647-899), та частковий сіквенс 28S рДНК (907-927). Послідовність зразку ACKU №836-08 загальною довжиною 405 п.н. має також задовільну якість, містила частковий сіквенс ITS1 (1-127), 5.8S рДНК (128-148), ITS2 (150-405). Ці 2 зразки співпали на 404 н.п., у тому числі частина 18S, ITS1, а також частини 5,8S rDNA (21 п.н.), ITS2 - петля H1 (36 п.н.), петля H2 (44 п.н.), петля H3 (118 п.н.) та петля H4 (49 п.н.).

Таким чином, два секвеновані зразки штами ACKU №822-08 та ACKU №836-08 повністю перекриваються у ділянках 5,8S rDNA та ITS2, що становить близько - 268 н.п. послідовність зразку ACKU №836-08 повністю співпадаєз послідовністю штаму ACKU №822-08 - 405 п.н. За ділянками перекриття послідовності 18S, ITS1, ITS2 та 28S у всіх зразків були ідентичні. Це дає підстави стверджувати, що ці зразки є різними морфотипами одного виду. Для встановлення положення об'єктів, для яких було секвеновано зазначені вище послідовності, ми виконали BLAST-ідентифікацію. Оскільки як ми визначили що зразки штамів скоріше за все є одним видом, то у подальшому будемо використовувати більш якісний сіквенс послідовності штаму ACKU №822-08. Таким чином, маючи послідовність Coleochlamys-подібної водорості, було проведено спроби встановити найбільш подібні сіквенси до неї та визначити приналежність до досліджуваної групи водоростей. Для цього було використано алгоритм послідовностей ITS1-5.8S-ITS2 кластеру ядерних рибосомальних генів BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/).

Найбільш перекриття до отриманих нами послідовностей виявила Parachlorella sp CCAP 206/1 із кодом доступу в NCBI - GQ 502287.1 на 95%; на 94% - Micractinium sp (код доступу KF 689572.1), Meyerella planktonica isolate itas 6/3 M-1d (A4543046), Microactinium pusillum (FR865692.1), Choricystis minor (FN 870434.1), Uncultured Chlorella (AB903014.1), Raphidonema pyrenoidifera (AJ 431675.1), Koliella sempervirens (AJ431673.1), Koliella Antarctica (AJ431672.1), Pseudochlorella pyrenoida (AM 4229986.1) та після Heynigia riparia CCAP 222/47 (GQ 487225.1) ступінь перекриття зменшується. Загалом зразків із перекриттям 95-94% - 34 сіквенси. Здебільшого детектовані види відносяться до Trebouxiophyceae, що вказує на вірогідну приналежність наших власних штамів до даного класу.

Для подальшої ідентифікації досліджуваної групи водоростей будемо використовувати молекулярно-філогенетичні методики. У сучасній науці широкого використання набуло застосування методу аналізу вторинної структури транскриптів ITS, зокрема ITS2. Для цієї послідовності А. Колеман [Coleman, 2007] зі співавторами показала у серії робіт універсальність моделі будови вторинної структури ITS2 та наявність у ній пан-евкаріотичних мотивів. [Mai, Coleman, 1997]. На основі аналізу вторинної структури ITS2 встановлюється клас-специфічний мотив, що являє собою незмінну ділянку в нуклеотидній послідовності на рівні класу.

На основі результатів попередньої BLAST-ідентифікації беремо за основу клас-специфічний мотив Trebouxiophyceae - ATTGGTAAG. У ході проведеного пошуку виявилось, що послідовність водорості Trebouxia decolans SW-19b із кодом доступу в NCBI - FJ 705180.1 окрім одного нуклеотиду є ідентичної до шуканої послідовності клас-специфічного мотиву требукціофіцієвих водоростей. Наступні пошуки привели нас для водорості під назвою Dictyochloropsis symbiontica CAUP H8603 з кодом доступу в NCBI - KC 333517.1. Встановлено що секвеновано послідовність сіквенс даної водорості цілком співпадає із виявленим нами мотивом ATTGGTAAG Наведена вище водорість відноситься до Trebouxiophyceae, класу Microthamniales. Найкращі показники перекриття показала - Parachlorella sp. CCAP 206/1 із кодом доступу GQ 502287.1. Дана водорість співпала із нашою нуклеотидною послідовностю Coleochlamys на цілих 160 нуклеотидів [3926-4086], в тому числі і за самим клас-специфічним мотивом (Таб. 4.4.).

Таблиця 4.4. Детекція клас-специфічного мотиву Trebouxiophyceae (Coleman 2007)

Клас - специфічний мотив Trebouxiophyceae [Coleman, 2007]	A	T	T	G	G	T	A	A	G
Частина нуклеотидної послідовності Trebouxia decolans	A	T	T	G	G	T	A	G	-
Частина нуклеотидної послідовності Dictyochloropsis symbiontica	A	T	T	G	G	T	A	G	G
Частина нуклеотидної послідовності Parachlorella sp. CCAP 206/1*	A	T	T	G	G	T	A	G	G

На основі отриманих даних нами було побудовано реконструкцію вторинної ITS2 для штаму ACKU 822 Coleochlamys Рис. 4.9 засобами Mfold [Zuker, 2003]. Початок та кінець ITS2 детектували за допомогою побудови ніжки-гібрида з термінальної ділянки 5.8S та комплементарної до неї стартової ділянки LSU (19 п.н.) згідно до моделі, запропонованої для динофітових водоростей [Gottschling & Plotner, 2004].