Война потребовала перестройки всей деятельности прокуратуры. Директивой Совнаркома СССР и ЦК ВКП (б) от 29 июня 1941 г. партийным и советским организациям прифронтовых областей предлагалось перестроить всю работу на военный лад, всё подчинить интересам фронта, делу борьбы с врагом. Среди мер, содержавшихся в директиве для укрепления тыла, советским и хозяйственным организациям предлагалось беспощадную борьбу с дезорганизаторами тыла, дезертирами, паникёрами, распространителями слухов, уничтожать шпионов, диверсантов, вражеских парашютистов, немедленно предавать суду военного трибунала всех тех, кто своей трусостью и паникёрством мешает делу обороны.

В этих условиях особую актуальность приобрела деятельность прокуратуры по борьбе с нарушителями государственной, трудовой и воинской дисциплины, с самовольным оставлением работы на предприятиях промышленности и транспорта, с нарушением прав защитников Родины и их семей, с детской беспризорностью и безнадзорностью; за сохранность государственного, общественного и военного имущества. Прокуратура осуществляла также надзор за выполнением предприятиями планов поставки боеприпасов и вооружения и других постановлений ГКО. Прокуроры тех районов СССР, куда были эвакуированы предприятия из европейской части СССР, кроме того, осуществляли надзор за решением о восстановлении эвакуированных заводов и фабрик, а военные прокуроры, помимо надзора за исполнением законодательства военного времени в Советской Армии и ВМФ, - надзор за соблюдением всеми видами транспорта планов перевозок и графика движения, за сохранностью перевозимых грузов. На прокуратуру были возложены функции контроля за точным исполнением постановлений ГКО (для этого в 1942 г. в Прокуратуре СССР была создана специальная оперативная группа). Особые задачи выполнялись органами прокуратуры в районах, освобождённых Советской Армией от гитлеровских войск. Там работники прокуратуры помогали партийным и советским органам восстанавливать советский правопорядок, вели борьбу по выявлению коллаборационистов (лиц, сотрудничавших с оккупантами, в том числе военных преступников) с целью предания этих лиц суду Воронцов С.А. Правоохранительные органы. Спецслужбы. История и современность. Ростов-на-Дону: Феникс. 2009 - С.166.

В годы войны сохранилась в основном структура Прокуратуры СССР, установленная в 1936 г. В некоторых местностях, объявленных на военном положении, органы прокуратуры были военизированы. В 1942 г. на военное положение были переведены органы транспортной прокуратуры, действовавшие в местностях, объявленных на военном положении, а в 1943 г. все транспортные прокуратуры были переведены на военное положение. Особый порядок дисциплинарной ответственности прокурорско-следственных работников, а также меры их поощрения регулировались приказом Прокурора СССР от 17 октября 1942 г. В 1943 г. для прокурорско-следственных работников были введены классные чины и форменная одежда.

Особое внимание следует уделить деятельности военной прокуратуры. В период войны сохранились основные принципиальные направления деятельности военной прокуратуры как органа надзора за соблюдением законности и борьбы с преступностью. Однако условия военного времени выдвинули новые задачи перед военной прокуратурой, существенно возрос объём её работы. На военной прокуратуре лежала обязанность обеспечить строжайший надзор за точным соблюдением и безоговорочным исполнением законов военного времени, содействовать военным властям в использовании средств для нужд обороны. Прокуроры в пределах своих полномочий должны были обеспечивать общественный порядок и государственную безопасность, а в дальнейшем и принимать неотложные меры к возрождению правопорядка в освобождённых от оккупации гитлеровскими войсками районах, восстановлению законности. В соответствии с указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 июня 1941 г. «О военном положении» расширилась подсудность военных трибуналов, а соответственно и подследственность военных прокуратур. В местностях, объявленных на военном положении, военные прокуратуры расследовали дела о государственных преступлениях, о разбое, умышленных убийствах, насильственном освобождении из домов заключения и из-под стражи, об уклонении от исполнения всеобщей воинской обязанности, о хищении, незаконной купле-продаже и хранении оружия, все дела о преступлениях, совершённые военнослужащими, и некоторые другие. Расследование преступлений возлагалось на военных следователей.

Условия военного времени потребовали некоторого изменения организации структуры военной прокуратуры, приближения их к воинским формированиям. В качестве низового звена была создана система дивизионных (вместо корпусных) прокуратур; организовывались также военные прокуратуры районов авиационного базирования (РАБ), сапёрных и резервных соединений, запасных и учебных дивизий, бригад, военно-морских укреплённых районов (УР). Территориальные прокуратуры в прифронтовой полосе были военизированы, а транспортные - преобразованы в военные прокуратуры. В остальном структура органов военной прокуратуры оставалась прежней: военная прокуратура армии, фронта, Главная военная прокуратура, Прокурор СССР. В центре органы военной прокуратуры возглавлялись Главной военной прокуратурой Красной Армии и Главной прокуратурой Военно-Морского Флота. В связи с перестройкой транспортного хозяйства на работу в условиях военного времени и введением военного положения на железнодорожном, морском и речном транспорте в системе Прокуратуры СССР были образованы на правах самостоятельных управлений: Главная военная прокуратура железнодорожного транспорта (январь 1942 г.), которая руководила Военной прокуратурой железнодорожных войск и подвижных восстановительных формирований Главного управления восстановительных работ НКПС; в мае 1943 г. - Главная военная прокуратура морского и речного флота, в ведении которой находились военные прокуратуры бассейнов Хрусталев В.Н. Система чрезвычайных органов власти СССР в годы Великой Отечественной войны. - М.: РЭА им. Г.В.Плеханова, 2006 - С.67.

Основные направления деятельности военной прокуратуры как на фронте, так и в тылу, включали:

· надзор за исполнением законов, уставов, постановлений ГКО, Совнаркома СССР и других военно-правовых актов всеми органами управления, учреждениями, предприятиями, организациями, должностными лицами, военнослужащими и другими гражданами (общий надзор);

· организация и активное проведение борьбы с преступностью, розыск и привлечение к уголовной ответственности лиц, совершивших преступления;

· руководство предварительным следствием и дознанием;

· надзор за расследованием дел органами контрразведки;

· поддержанием обвинения в суде, надзор за исполнением законов при рассмотрении дел в военных трибуналах, законностью и обоснованностью выносимых ими приговоров (судебный надзор);

· надзор за соблюдением законов в местах лишения свободы, дисциплинарных и штрафных частях;

· принятие мер к предупреждению преступлений и других правонарушений, проведение правовой пропаганды.

В настоящее время можно утверждать, что органы военной прокуратуры в годы войны полностью подтвердили своё предназначение как органа обеспечения правопорядка среди военнослужащих. Оправдали себя структура, используемые формы и методы деятельности. Владение военными прокурорами и следователями основами ведения боевых действий, знание и понимание боевой обстановки и нахождение непосредственно в боевых порядках частей и соединений стало определяющим в повышении действенности прокурорского надзора, залогом успешного решения задач по пресечению правонарушений. Являясь военнослужащими, они были вместе с войсками на поле боя, знали изнутри жизнь и быт бойцов и командиров, специфику воинской службы, что способствовало укреплению воинской дисциплины среди военнослужащих.

В качестве примера повсеместного владения обстановкой в действующей армии можно привести направление Главным военным прокурором Красной Армии в высшие органы государственного управления о преступности в частях Красной Армии, войсках НКВД, милиции, на транспорте, среди гражданского населения в местностях, объявленных на военном положении за период с 22 июня по 1 сентября 1941 г. Этот доклад был представлен 3 октября на 120 страницах машинописного текста и содержал всесторонний анализ состояния преступности в действующей армии и в местностях, находящихся в районе военных действий. Следует заметить, что это один из самых тяжёлых и напряжённых периодов войны и, как признано, период наибольшей паники и неразберихи.

Конечно, говоря о конкретной деятельности военных прокуроров и военных следователей, следует иметь в виду правовой режим, следует иметь в виду правовой режим, существовавший тогда в стране, и требования высших органов государственной власти, предъявлявшиеся к ним.

Боевая обстановка, прежде всего, обусловила расширение полномочий органов военной прокуратуры, повлекла существенные изменения в них самих, использование новых форм и методов деятельности. Все усилия военных прокуроров снизу доверху были нацелены на обеспечение законности в войсках, оказание максимальной помощи командованию в укреплении воинской дисциплины среди военнослужащих, пресечение любых правонарушений, от кого бы они ни исходили.

Организационно органы военной прокуратуры возглавляли, как уже указывалось, Главная военная прокуратура Красной (затем - Советской) Армии и Главная военная прокуратура Военно-Морского Флота, существовавшие раздельно. Далее, в действующей армии функционировали военные прокуратуры фронтов, флотов, армий, флотилий, корпусов и дивизий. Кроме того, были созданы военная прокуратура железнодорожных войск и военная прокуратура войск НКВД, которые были подчинены Главной военной прокуратуре и имели свою структуру применительно к организации обслуживаемых ими войск. Военные прокуратуры фронтов (флотов), армий (флотилий) и корпусов функционировали каждая на своём уровне, осуществляя контроль и надзор в нижестоящих военных прокуратурах, давали задания по различным вопросам прокурорской деятельности, а при необходимости оказывали им методическую помощь. Наиболее действенной формой руководства подчинёнными в то время признавалось направление работников вышестоящих органов в нижестоящие. В ходе таких выездов устранялись выявленные недостатки, причём инспектирующий, как правило, находился на месте до тех пор, пока не исправлял положение дел. Кроме того, прокуратуры этих звеньев осуществляли надзорные функции в войсках непосредственно фронтового, армейского или корпусного подчинения.

Низовым и основным звеном органов военной прокуратуры в действующей армии были военные прокуратуры дивизий, отдельных бригад и гарнизонов тыловых частей прифронтовой полосы. На них легла основная тяжесть работы по обеспечению законности в войсках. На начало войны штат этих военных прокуратур составлял четыре офицера (военный прокурор и три военных следователя). В 1942 г. ввиду недостатка кадров её штат был сокращён до двух человек (военный прокурор и следователь). Технических работников и транспорта не было. В ходе боевых операций военный прокурор, как правило, находился в управлении дивизии, а следователь - в полку, который решал наиболее ответственную задачу. Они в период боя посещали медицинские учреждения, находящиеся в расположении дивизии.

Ведение боевых действий наложило отпечаток на те основные направления прокурорского надзора, который характеризовался многосторонностью, динамичностью и осуществлялся в тесном взаимодействии с военным командованием и политорганами с учётом обстановки на фронте. В основах организации деятельности военных прокуроров и следователей было положено временное наставление по работе военных прокуроров. Деятельность органов прокуратуры осуществлялась при значительном расширении полномочий командования, включая внесудебное направление военнослужащих за совершение преступлений в штрафные роты вместо отбывания уголовного наказания, право утверждения приговоров военных трибуналов соответствующим командованием, производство органами дознания предварительного расследования в полном объёме. Главное внимание военные прокуроры и следователи уделяли борьбе с агентурой противника, с правонарушениями, посягающими на боевую мощь Вооружённых Сил СССР, пресечению трусости и паникёрства, дезертирства, членовредительства, получившими распространение в армии и во флоте. Одновременно были значительно расширены пределы прокурорского надзора за исполнением законов, в связи с чем на военные прокуратуры были возложены многие несвойственные им функции. Они стали осуществлять надзор не только за исполнением законов, но фактически контролировали выполнение всеми должностными лицами и красноармейцами постановлений Государственного Комитета Обороны, приказов Верховного Главнокомандующего Вооружёнными Силами СССР и народного комиссара обороны, а также военного командования на местах, включая решения военных советов фронтов. В поле зрения военных прокуроров находились и такие вопросы, как исполнение боевых приказов, осуществление боевых операций, своевременное снабжение войск вооружением, боеприпасами, продовольствием и обмундированием, сбережение военной техники и другого военного имущества, строительство оборонительных рубежей, материально-бытовое обеспечение войск, эвакуация мирного населения из прифронтовой зоны, учёт безвозвратных потерь, правильное расходование продовольственных лимитов, состояние подъездных дорог в полосе действия обслуживаемых войск и многое другое. Например, когда в стране образовалась острая нехватка ящиков для снарядов, так называемой укупорки, вследствие того, что в войсках они после стрельбы не возвращались на военные заводы, на военных прокуроров была возложена задача осуществлять контроль за их сбором на боевых позициях.

Характерный пример деятельности военного прокурора - работа по обеспечению боеприпасами войск Сталинградского фронта. В период оборонительных боёв в Сталинграде военной прокуратурой фронта были выявлены факты несвоевременной доставки боеприпасов. В ходе проверки установили, что это обусловлено, наряду с объективными причинами, ненадлежащей работой железнодорожного транспорта, в результате чего грузы скапливались на станциях и уничтожались авиацией противника. Военный прокурор фронта внёс в адрес военного совета представление с анализом выявленных недостатков и их причин, предложил меры по их устранению. Конкретные виновники были привлечены к уголовной ответственности. В результате состояние дел с доставкой боеприпасов в Сталинград значительно улучшилось. Подобным образом решались и многие другие вопросы.

И ещё один пример. С началом войны Главная военная прокуратура выступила с предложением об освобождении от отбывания наказания в дисциплинарных батальонах осуждённых за различные преступления военнослужащих, с обязательным направлением их в действующую армию, и по решению Совнаркома СССР свыше 13 тыс. советских граждан стали полноправными защитниками страны.

Наряду с уголовным преследованием лиц, совершивших преступления, военные прокуроры не оставляли без внимания и другие отрасли прокурорского надзора - общий надзор, надзор за исполнением законов в военных трибуналах. Занимались органы военной прокуратуры и разъяснением действующего законодательства. При этом примечательно, что вся повседневная работа осуществлялась на основании планов с учётом характера боевых действий - обороны, наступления на территории СССР, за границей и т. д.

Вся деятельность военных прокуроров и следователей в центре и на местах осуществлялась с учётом состояния преступности среди военнослужащих, на структуру и динамику которой определяющее влияние оказывали результаты боевых действий. На первоначальном этапе войны наиболее часто встречалось дезертирство, членовредительство, случаи дезертирства и паникёрства, а также распространение пораженческих взглядов, рассматриваемых в то время как преступление и отнесённых к контрреволюционным преступлениям. О состоянии преступности можно судить по таким данным: за период с 5 по 10 июля 1941 г. только в Красной Армии за эти преступления привлечён к уголовной ответственности 2681 человек, из них 605 приговорены к расстрелу. С наступлением перелома в войне структура и динамика преступности изменилась: меньше стало фактов трусости, паникёрства, дезертирства, оставления боевых позиций без приказа. В то же время был отмечен рост мародёрства и преступлений, совершённых в отношении местного населения, а среди офицеров - и должностных преступлений.

Значительная работа по укреплению законности и правопорядка в действующей армии проделана военными прокурорами с использованием форм и методов общего надзора. В их поле зрения находились, с одной стороны, вопросы обеспечения каждого военнослужащего всем необходимым для боя и жизнедеятельности, а с другой - полнота выполнения всеми должностными лицами и красноармейцами поставленных боевых задач. Все эти вопросы увязывались с деятельностью командования и предупреждением правонарушений. Нередко по результатам работы военных прокуроров принимались меры по укреплению правопорядка в целом в Вооружённых Силах страны.

Именно по инициативе военных прокуроров в 1942 г. были введены красноармейские книжки, что в значительной степени предупреждало дезертирство и сократило случаи незаконного привлечения военнослужащих к уголовной ответственности за уклонения от военной службы, а также позволяло улучшить учёт личного состава в частях.

Уже в первые дни войны военные прокуроры принимали меры для повышения боеспособности войск. Так, военной прокуратурой при проверке 21-го механизированного корпуса, который готовился к отправке на фронт, были выявлены факты неподготовленности частей к ведению боевых действий. При этом боевым частям не была выделена положенная по штату техника, на 6-7 бойцов имелась только одна винтовка и 30 патронов к ней, на все виды артиллерийского вооружения был только 141 снаряд, отсутствовали топографические карты, а поступившее пополнение не обмундировано. Все эти факты легли в основу информации, которая 28 июня 1941 г., т.е. на шестой день войны, была направлена Сталину.

Существенный объём работы военных прокуроров составлял надзор за исполнением приказа Верховного Главнокомандующего от 16 августа 1941 г., который предоставлял командованию право расстреливать на поле боя трусов, паникёров и других нарушителей правопорядка, а также приказов от 28 июля 1942 г. и от 21 августа 1943 г., на основании которых командиры были вправе направлять военнослужащих в штрафные роты без судебного решения. Военные прокуроры в условиях действия этих приказов принимали меры к точному их исполнению и недопущению фактов неправомерных расстрелов и применению репрессий к невиновным.

Предметом пристального внимания всех работников военной прокуратуры в центре и на местах были вопросы, соответствующие в современной терминологии социальной защите военнослужащих. Сюда входило обеспечение военнослужащих всем необходимым, включая их питание и обмундирование, а раненых - медицинской помощью. Так, в феврале 1942 г. Главный военный прокурор внёс заместителю Народного комиссара обороны СССР генерал-лейтенанту интендантской службы А. Хрулёву представление о принятии мер по устранению недостатков в содержании раненых в госпиталях. В нём указывалось на ненадлежащее их питание, отсутствие необходимого вещевого имущества и невыполнение обязанностей по контролю за исполнением требований по содержанию военнослужащих в лечебных учреждениях со стороны Главного санитарного управления Красной Армии. В представлении были предусмотрены максимально возможные в то время меры. В дни Сталинградской битвы у защитников города были выявлены вши, и это также послужило поводом для прокурорского реагирования в адрес заместителя начальника Главного санитарного управления Красной Армии.

В годы войны боевая обстановка требовала быстрого реагирования на любой факт правонарушения среди военнослужащих. В этих условиях были резко сокращены сроки производства по уголовным делам, которые составляли от одного до трёх дней, включая и их судебное рассмотрение, а подчас и приведение приговора в исполнение. При этом в ходе расследования не снижались требования по соблюдению норм уголовно-процессуального законодательства, в том числе касающихся пределов доказывания. Военные следователи при производстве следствия помимо допросов и истребования документов назначали экспертизы, проводили эксперименты, осматривали место происшествия с участием понятых, принимали меры к возмещению причинённого государству материального ущерба и выполняли другие процессуальные действия.

Военные прокуроры, осуществляя надзорные функции, принимали непосредственное участие в расследовании по уголовным делам, находящимся в производстве не только военных следователей, но и следователей органов контрразведки и военных дознавателей. Органы контрразведки в период войны в соответствии с директивами своего руководства расследовали так называемые контрреволюционные преступления, а также ряд уголовных (дезертирство, членовредительство и некоторые другие). Одновременно в силу требований приказа Народного комиссара обороны СССР 1942 г. № 357 были значительно расширены полномочия органов дознания, в подследственность которых были переданы такие преступления, как побег с поля боя, дезертирство, промотание военного имущества, преступные нарушения уставных правил караульной службы. Нередко они расследовали в полном объёме должностные и хозяйственные преступления. Военные прокуроры в целях обеспечения действенного надзора за расследованием дел этими органами непосредственно участвовали в допросах, решали вопросы о даче санкции на арест обвиняемых, выполняли другие процессуальные действия, что было дополнительной гарантией обеспечения законности в ходе следствия Хрусталев В.Н. Чрезвычайное управление государством и обществом в годы Великой Отечественной войны: сущность, принципы и особенности // Ученые записки Российского государственного социального университета. - М.: Союз, 2006. № 2(50) - С.24.

Судебное рассмотрение уголовных дел также не оставалось без внимания военных прокуроров. От них в то время требовалось осуществлять постоянный надзор за рассмотрением дел в военных трибуналах. С этой целью военным прокурорам предписывалось принимать участие в подготовительных и судебных заседаниях по всем делам. Участие прокурора в подготовительном заседании по делу давало ему возможность проверить следственное производство с точки зрения полноты доказательств и качества следствия. В ходе судебного разбирательства в соответствии с указаниями руководства и установившейся практикой прокурор должен был выявлять недостатки в работе трибунала и принимать меры к их устранению, а также обеспечивать надлежащую в то время карательную практику. Для обеспечения гласности судебные процессы, как правило, организовывались в полку или батальоне, находящемся на передовой, в присутствии личного состава и с привлечением представителей других частей.